132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1133 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1133  cytochrome B561  100 
 
 
229 aa  456  1e-128  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  4.90304e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1134  cytochrome B561  99.56 
 
 
229 aa  453  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  1.56363e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1204  cytochrome B561  98.69 
 
 
229 aa  452  1e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  1.44641e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1222  cytochrome B561  79.13 
 
 
230 aa  367  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  9.94109e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3091  cytochrome B561  79.13 
 
 
230 aa  368  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  1.79659e-06  normal  0.0155451 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1299  cytochrome B561  79.13 
 
 
230 aa  367  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  1.18155e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1266  cytochrome B561  78.7 
 
 
230 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  4.6168e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3421  b-type cytochrome, putative  82.17 
 
 
230 aa  362  3e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2739  cytochrome B561  66.52 
 
 
230 aa  322  2e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00196146  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1061  cytochrome B561  61.74 
 
 
230 aa  295  5e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.114177  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1074  cytochrome B561  58.77 
 
 
231 aa  275  5e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0236841  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1170  cytochrome b561  56.44 
 
 
222 aa  271  7e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2911  cytochrome B561  58.52 
 
 
221 aa  266  2e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1265  cytochrome B561  55.61 
 
 
222 aa  258  7e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00348769 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0900  b-type cytochrome, putative  59.28 
 
 
222 aa  255  3e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.983268  normal  0.508758 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2745  cytochrome B561  50.66 
 
 
231 aa  208  7e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0461  cytochrome b561  45.71 
 
 
213 aa  169  5e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1324  cytochrome B561  41.33 
 
 
219 aa  166  3e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2042  cytochrome B561  44.95 
 
 
236 aa  156  2e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0005809  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2219  cytochrome B561  37.72 
 
 
229 aa  149  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.916384  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2796  cytochrome b561 family protein  37.22 
 
 
228 aa  144  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.255284  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02246  cytochrome b561 family protein  38.54 
 
 
231 aa  139  4e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.516708  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3588  cytochrome B561  44.55 
 
 
249 aa  139  5e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.509691  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1341  cytochrome B561  37.73 
 
 
226 aa  138  7e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  6.05388e-08 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0215  cytochrome B561  38.89 
 
 
228 aa  134  1e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0473  cytochrome B561  35.98 
 
 
226 aa  134  1e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.323429  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0109  cytochrome B561  38.02 
 
 
226 aa  133  2e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1784  cytochrome B561  39.78 
 
 
241 aa  130  1e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0144913 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3134  cytochrome B561  31.84 
 
 
265 aa  128  7e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0113  cytochrome B561  35.78 
 
 
241 aa  125  8e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.224549 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0326  cytochrome B561  37.17 
 
 
227 aa  121  1e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2127  cytochrome B561  37.84 
 
 
199 aa  119  5e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.906544 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0475  cytochrome b  37.84 
 
 
199 aa  119  5e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4699  cytochrome B561  38.04 
 
 
200 aa  118  9e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.399998  normal  0.327083 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0599  cytochrome B561  36.9 
 
 
221 aa  115  4e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2690  cytochrome B561  37.56 
 
 
221 aa  115  7e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.117812  normal  0.0669549 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0268  cytochrome B561  35.35 
 
 
227 aa  113  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3536  cytochrome B561  37.57 
 
 
219 aa  112  6e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0164152 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4483  cytochrome b, putative  34.83 
 
 
198 aa  109  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0285  cytochrome B561  33.85 
 
 
222 aa  109  3e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0260456  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3204  cytochrome B561  38.34 
 
 
192 aa  109  4e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2558  cytochrome B561  38.17 
 
 
224 aa  108  5e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.952608  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0290  cytochrome B561  33.33 
 
 
222 aa  108  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  3.41868e-06 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3906  cytochrome B561  39.47 
 
 
219 aa  106  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0403  cytochrome B561  38.14 
 
 
252 aa  106  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0244  cytochrome B561  35.71 
 
 
198 aa  105  4e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  9.89788e-05 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0245  cytochrome B561  35.64 
 
 
198 aa  105  7e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.64919e-09 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3777  cytochrome B561  35.64 
 
 
198 aa  105  9e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0361  cytochrome B561  38.22 
 
 
195 aa  104  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.471527  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49100  Nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  36.6 
 
 
232 aa  103  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.627972  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0249  cytochrome B561  39.27 
 
 
195 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  4.58311e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0243  cytochrome B561  39.27 
 
 
195 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0243  cytochrome B561  39.27 
 
 
195 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2397  cytochrome B561  35.68 
 
 
198 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0117421  normal  0.865597 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1764  cytochrome B561  33.69 
 
 
212 aa  103  3e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.432878  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0246  cytochrome B561  39.27 
 
 
195 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3282  cytochrome B561  32.98 
 
 
231 aa  102  5e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00209273  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2200  cytochrome c' family protein  30.29 
 
 
239 aa  98.6  7e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2545  cytochrome B561  34.9 
 
 
193 aa  98.6  8e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6192  cytochrome B561  34.62 
 
 
195 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0590  cytochrome B561  36.73 
 
 
266 aa  97.4  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0744  cytochrome B561  30.8 
 
 
387 aa  97.1  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0597147  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1276  cytochrome B561  35.81 
 
 
225 aa  96.7  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.37979  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4935  cytochrome B561  33.15 
 
 
187 aa  94.4  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.43888 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0574  cytochrome B561  32.03 
 
 
243 aa  94.7  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.599646  normal  0.211296 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1882  cytochrome B561  31.02 
 
 
182 aa  94  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0586  cytochrome B561  32.5 
 
 
203 aa  92  6e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3716  cytochrome B561  32.78 
 
 
229 aa  89.7  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.254842  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3010  cytochrome B561  33.88 
 
 
236 aa  89.7  4e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1811  cytochrome B561  33.33 
 
 
184 aa  87  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0526  cytochrome B561  35.14 
 
 
190 aa  86.3  3e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.815272  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0510  cytochrome B561  34.95 
 
 
190 aa  86.3  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0112107 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6037  cytochrome B561  33.7 
 
 
181 aa  86.7  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.151215  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6334  cytochrome B561  29.26 
 
 
242 aa  86.3  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.741666 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6225  cytochrome B561  32.12 
 
 
245 aa  85.9  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414079  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5867  cytochrome B561  31.48 
 
 
245 aa  85.1  7e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0502  cytochrome B561  30.63 
 
 
237 aa  85.1  8e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.677446  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2494  cytochrome b561  32.41 
 
 
214 aa  83.6  3e-15  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1243  cytochrome B561  29.67 
 
 
222 aa  82.8  4e-15  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.822746  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0067  CybP  30.48 
 
 
349 aa  82.8  4e-15  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06855  cytochrome b  34.36 
 
 
213 aa  80.9  1e-14  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0691  cytochrome B561  29.73 
 
 
202 aa  80.9  2e-14  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.731454  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2422  cytochrome B561  32.31 
 
 
204 aa  79.7  3e-14  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.308564  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3658  cytochrome B561  30.68 
 
 
179 aa  77.8  1e-13  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.76446 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2022  cytochrome b/diheme cytochrome c hybrid protein  32.31 
 
 
363 aa  77.8  1e-13  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0733  cytochrome B561  32.31 
 
 
363 aa  77.8  1e-13  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.104984  normal  0.400495 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4513  cytochrome B561  28.65 
 
 
177 aa  77  2e-13  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.299836  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3286  cytochrome B561  32.26 
 
 
210 aa  75.1  9e-13  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0957495 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2354  putative transmembrane hydrogenase cytochrome B- type subunit  30.65 
 
 
175 aa  74.3  1e-12  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.678128 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5579  cytochrome b561 family protein  30.34 
 
 
184 aa  73.9  2e-12  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.851973  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2075  putative nickel-dependent hydrogenase cytochrome b-type subunit  29.89 
 
 
202 aa  73.9  2e-12  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  2.288e-05  normal  0.934611 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4949  cytochrome B561  34.02 
 
 
207 aa  73.6  2e-12  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3424  cytochrome B561  29.73 
 
 
218 aa  73.2  4e-12  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1491  cytochrome B561  33.89 
 
 
182 aa  72.8  4e-12  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.268011 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0316  cytochrome B561  33.68 
 
 
191 aa  72  7e-12  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2729  cytochrome B561  31.1 
 
 
246 aa  71.2  1e-11  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2814  cytochrome B561  29.95 
 
 
201 aa  71.2  1e-11  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.395552  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2214  cytochrome B561  27.16 
 
 
247 aa  71.6  1e-11  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.312058  hitchhiker  0.00138122 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2807  putative cytochrome b  33.15 
 
 
212 aa  71.6  1e-11  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5695  putative cytochrome b561 family protein  29.67 
 
 
193 aa  69.7  3e-11  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.101845  normal  0.510651 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>