More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1111 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02629  (p)ppGpp synthetase I/GTP pyrophosphokinase  59.92 
 
 
744 aa  898    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000829976  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0904  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  59.92 
 
 
744 aa  898    Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.00000000000660798  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3115  GDP/GTP pyrophosphokinase  60.24 
 
 
744 aa  901    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0106723  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1656  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  48.4 
 
 
746 aa  727    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.764333  normal  0.672411 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03528  GTP pyrophosphokinase  55.47 
 
 
739 aa  845    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1217  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  48.26 
 
 
746 aa  725    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.212214  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4115  GTP pyrophosphokinase  56.02 
 
 
737 aa  840    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3162  GDP/GTP pyrophosphokinase  60.38 
 
 
744 aa  901    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.00447218  normal  0.0412564 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3455  GTP pyrophosphokinase  98.23 
 
 
735 aa  1483    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1694  GTP pyrophosphokinase  50.74 
 
 
744 aa  726    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2922  GDP/GTP pyrophosphokinase  60.11 
 
 
744 aa  897    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000016084  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3178  GDP/GTP pyrophosphokinase  60.24 
 
 
744 aa  899    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00141228  normal  0.185279 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1413  GTP pyrophosphokinase  47.87 
 
 
734 aa  658    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1571  GTP pyrophosphokinase  48.02 
 
 
734 aa  660    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3695  RelA/SpoT protein  50.74 
 
 
747 aa  727    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.120676  hitchhiker  0.00160014 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37060  RelA/SpoT protein  49.49 
 
 
749 aa  711    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00582579  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2928  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.92 
 
 
744 aa  898    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000188713  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1202  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  83.81 
 
 
734 aa  1268    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000141345  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4217  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  50.88 
 
 
747 aa  729    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.630753  normal  0.166967 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2518  GTP pyrophosphokinase  55.44 
 
 
745 aa  845    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.326663  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2029  GTP pyrophosphokinase  55.89 
 
 
738 aa  858    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000178935  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3319  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.7 
 
 
744 aa  897    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000026158  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3548  GDP/GTP pyrophosphokinase  60.65 
 
 
745 aa  919    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.0000488354  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03401  GTP pyrophosphokinase  57.01 
 
 
727 aa  853    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00113456  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3276  GDP/GTP pyrophosphokinase  60.38 
 
 
744 aa  900    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00140611  normal  0.0304818 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4062  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  48.4 
 
 
746 aa  726    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.733474  normal  0.507158 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02591  hypothetical protein  59.92 
 
 
744 aa  898    Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.0000104096  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0928  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.92 
 
 
744 aa  898    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000382583  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4044  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.92 
 
 
744 aa  898    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000409177  normal  0.332873 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1287  GTP diphosphokinase  83.67 
 
 
735 aa  1293    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000126799  unclonable  0.000000000190177 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2238  GTP diphosphokinase  45.82 
 
 
746 aa  637    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.338893  hitchhiker  0.000119577 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002504  GTP pyrophosphokinase (p)ppGpp synthetase I  55.39 
 
 
739 aa  843    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000545051  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3146  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  95.38 
 
 
736 aa  1443    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000043894  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1225  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  95.11 
 
 
736 aa  1439    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000385822  hitchhiker  0.0000000464674 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1193  RelA/SpoT family protein  82.59 
 
 
735 aa  1290    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000349735  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1638  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  48.61 
 
 
750 aa  701    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.34257  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1735  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  51.33 
 
 
747 aa  733    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3389  GDP/GTP pyrophosphokinase  60.73 
 
 
744 aa  916    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000633248  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3144  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  95.65 
 
 
735 aa  1450    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000386215  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0792  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.38 
 
 
743 aa  895    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000258134  normal  0.259843 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3088  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.92 
 
 
744 aa  898    Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000221392  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3707  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  60.96 
 
 
720 aa  870    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000687808  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0849  GDP/GTP pyrophosphokinase  60.57 
 
 
746 aa  897    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.0000221192  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0095  GTP diphosphokinase (GTP pyrophosphokinase)  56.86 
 
 
745 aa  861    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.000291848  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3449  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.7 
 
 
744 aa  897    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000378764  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1111  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  100 
 
 
735 aa  1507    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000170035  normal  0.84646 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1177  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  100 
 
 
735 aa  1507    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000122235  normal  0.0382614 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1049  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  83.95 
 
 
756 aa  1289    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000145818  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3353  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  82.31 
 
 
735 aa  1278    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000634706  hitchhiker  0.000162185 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52180  GTP pyrophosphokinase  52.06 
 
 
747 aa  742    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00224344  normal  0.0200902 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1182  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  82.31 
 
 
735 aa  1223    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000045957  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0983  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.7 
 
 
744 aa  897    Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000424886  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1253  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  45.15 
 
 
749 aa  668    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000616192  normal  0.537629 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3236  GDP/GTP pyrophosphokinase  60.41 
 
 
743 aa  911    Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000465507  normal  0.0411901 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3097  GDP/GTP pyrophosphokinase  60.24 
 
 
744 aa  901    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000040075  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3089  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.92 
 
 
744 aa  898    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000014869  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1111  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  99.73 
 
 
735 aa  1503    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000524023  normal  0.850048 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3289  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  95.24 
 
 
736 aa  1441    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000182723  hitchhiker  0.000963897 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1033  GTP diphosphokinase  84.9 
 
 
734 aa  1296    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0165822  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0815  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.89 
 
 
745 aa  907    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000200525  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0530  (p)ppGpp synthetase I and guanosine-3',5'-bis pyrophosphate 3'-pyrophosphohydrolase  55.48 
 
 
737 aa  858    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.000055023  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4576  GTP pyrophosphokinase  52.06 
 
 
747 aa  744    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2238  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  49.49 
 
 
745 aa  697    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2765  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  95.51 
 
 
735 aa  1446    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000517482  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1257  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  48.4 
 
 
746 aa  725    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.648227  normal  0.0100627 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2113  GTP diphosphokinase  44.34 
 
 
770 aa  629  1e-179  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.978919  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1097  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  44.25 
 
 
735 aa  627  1e-178  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00537939  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1533  RelA/SpoT family protein  42.05 
 
 
714 aa  619  1e-176  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000577209  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1462  GTP pyrophosphokinase  42.05 
 
 
714 aa  615  1e-175  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.00122903  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1052  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  45.23 
 
 
733 aa  607  9.999999999999999e-173  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1740  metal dependent phosphohydrolase  46.49 
 
 
736 aa  605  1.0000000000000001e-171  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1920  GTP pyrophosphokinase  43.62 
 
 
718 aa  587  1e-166  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.682982  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2827  RelA/SpoT protein  43.36 
 
 
740 aa  587  1e-166  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00393712  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1300  RelA/SpoT protein  41.69 
 
 
714 aa  587  1e-166  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00320424  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1298  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  43.53 
 
 
740 aa  579  1e-164  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000189131  hitchhiker  0.0061753 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3099  RelA/SpoT family protein  43.79 
 
 
718 aa  573  1.0000000000000001e-162  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1274  RelA/SpoT protein  41.97 
 
 
741 aa  568  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.266642  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1159  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  42.02 
 
 
742 aa  568  1e-160  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.123492  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01592  GTP pyrophosphokinase (ATP:GTP 3'-pyrophosphotransferase)(ppGpp synthetase I) ((P)ppGpp synthetase)  46.03 
 
 
728 aa  565  1e-160  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0998  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  42.69 
 
 
721 aa  564  1.0000000000000001e-159  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1559  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  41.37 
 
 
746 aa  560  1e-158  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1212  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  41.52 
 
 
716 aa  560  1e-158  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2505  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  43.95 
 
 
729 aa  561  1e-158  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_5  relA/spoT protein, GTP pyrophosphokinase  41.73 
 
 
728 aa  559  1e-158  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0005  GTP pyrophosphokinase  41.52 
 
 
728 aa  556  1e-157  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2097  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  41.53 
 
 
725 aa  558  1e-157  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1758  GTP diphosphokinase, RelA/SpoT protein  42.46 
 
 
722 aa  558  1e-157  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.76617  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2280  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  42.58 
 
 
734 aa  556  1e-157  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0122723  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1398  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  42.04 
 
 
739 aa  556  1e-157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000892312  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1978  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  41.17 
 
 
741 aa  556  1e-157  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.699321  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0939  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  40.7 
 
 
732 aa  553  1e-156  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3609  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  40.9 
 
 
726 aa  553  1e-156  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00130344  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0991  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  41.34 
 
 
745 aa  552  1e-156  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.00000121371  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1358  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  41.83 
 
 
739 aa  555  1e-156  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0562025  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1473  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  41.34 
 
 
745 aa  552  1e-156  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0014242  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1288  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  40.96 
 
 
729 aa  553  1e-156  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0314087  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1648  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  40.88 
 
 
741 aa  553  1e-156  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0787569 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0960  GTP pyrophosphokinase  40.45 
 
 
745 aa  550  1e-155  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00215739  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1887  GTP pyrophosphokinase  40.59 
 
 
716 aa  550  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.190857  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1780  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  40.56 
 
 
744 aa  551  1e-155  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0214553  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>