More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1100 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_1166  transcription antitermination protein NusB  100 
 
 
134 aa  272  1e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00313304  normal  0.241653 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1100  transcription antitermination protein NusB  100 
 
 
134 aa  272  1e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  5.96608e-05  normal  0.728168 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1100  transcription antitermination protein NusB  100 
 
 
134 aa  272  1e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  2.0777e-09  normal  0.579105 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3465  transcription antitermination protein NusB  99.25 
 
 
134 aa  270  6e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3156  transcription antitermination protein NusB  96.27 
 
 
134 aa  265  2e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  1.55816e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1215  transcription antitermination protein NusB  96.27 
 
 
134 aa  265  2e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  4.78736e-09  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3154  transcription antitermination protein NusB  96.27 
 
 
134 aa  265  2e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.67856e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2774  transcription antitermination protein NusB  96.27 
 
 
134 aa  265  2e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.45309e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3299  transcription antitermination protein NusB  96.27 
 
 
134 aa  265  2e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  2.41409e-05  decreased coverage  9.53408e-05 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1191  transcription antitermination protein NusB  80.6 
 
 
134 aa  237  3e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000719059  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1386  transcription antitermination protein NusB  80.6 
 
 
134 aa  237  4e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  2.24744e-05  unclonable  1.73343e-08 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1277  transcription antitermination protein NusB  80.6 
 
 
134 aa  236  7e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  1.99863e-06  unclonable  5.34165e-11 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1020  transcription antitermination protein NusB  84.96 
 
 
134 aa  235  1e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1166  transcription antitermination protein NusB  84.21 
 
 
135 aa  235  2e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  3.79162e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1148  transcription antitermination protein NusB  84.21 
 
 
133 aa  233  6e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  1.66968e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1039  transcription antitermination protein NusB  83.58 
 
 
134 aa  232  2e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  4.4365e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0603  transcription antitermination protein NusB  58.65 
 
 
139 aa  178  3e-44  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.016248  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3283  transcription antitermination protein NusB  68.99 
 
 
139 aa  176  7e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1027  transcription antitermination protein NusB  67.44 
 
 
139 aa  174  4e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3088  transcription antitermination protein NusB  66.67 
 
 
139 aa  171  3e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2897  transcription antitermination protein NusB  65.89 
 
 
139 aa  170  6e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.580225  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0487  transcription antitermination protein NusB  65.89 
 
 
139 aa  167  5e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0337  transcription antitermination protein NusB  65.89 
 
 
139 aa  167  5e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.570636  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00364  transcription antitermination protein NusB  65.89 
 
 
139 aa  167  5e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.997296  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3217  transcription antitermination protein NusB  65.89 
 
 
139 aa  167  5e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  1.05955e-06 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0498  transcription antitermination protein NusB  65.89 
 
 
139 aa  167  5e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00368  hypothetical protein  65.89 
 
 
139 aa  167  5e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.801313  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0452  transcription antitermination protein NusB  65.89 
 
 
139 aa  167  5e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3193  NusB antitermination factor  65.89 
 
 
139 aa  167  5e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0447  transcription antitermination protein NusB  65.89 
 
 
139 aa  167  5e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1074  transcription antitermination protein NusB  63.08 
 
 
138 aa  166  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.547473  hitchhiker  0.000302454 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0459  transcription antitermination protein NusB  64.34 
 
 
139 aa  164  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0465  transcription antitermination protein NusB  64.34 
 
 
139 aa  164  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0520  transcription antitermination protein NusB  64.34 
 
 
139 aa  164  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0478  transcription antitermination protein NusB  64.34 
 
 
139 aa  164  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0457  transcription antitermination protein NusB  64.34 
 
 
139 aa  164  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.478814  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0884  transcription antitermination protein NusB  64.34 
 
 
139 aa  162  1e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3256  transcription antitermination protein NusB  62.31 
 
 
138 aa  162  2e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.05376  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3165  transcription antitermination protein NusB  62.31 
 
 
138 aa  162  2e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3115  transcription antitermination protein NusB  62.31 
 
 
138 aa  162  2e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1532  transcription termination/antitermination factor NusB  57.25 
 
 
138 aa  158  3e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.318402  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1049  transcription antitermination protein NusB  56.82 
 
 
159 aa  156  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11450  transcription antitermination protein NusB  56.82 
 
 
159 aa  156  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0546593  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3853  transcription antitermination protein NusB  55.47 
 
 
159 aa  152  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1315  transcription antitermination protein NusB  56.49 
 
 
140 aa  152  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4049  NusB antitermination factor  50.36 
 
 
174 aa  148  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01422  transcription antitermination protein NusB  56.49 
 
 
140 aa  148  3e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0163631  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0846  NusB antitermination factor  53.79 
 
 
158 aa  147  4e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.423141  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01170  transcription antitermination protein NusB  48.95 
 
 
155 aa  144  3e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0926  transcription antitermination protein NusB  49.65 
 
 
155 aa  144  6e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1444  NusB antitermination factor  54.26 
 
 
145 aa  144  6e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004261  transcription termination protein NusB  48.95 
 
 
155 aa  143  8e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00012061  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1857  transcription antitermination protein NusB  48.95 
 
 
156 aa  142  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0201856  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0803  NusB antitermination factor  51.15 
 
 
148 aa  141  3e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1563  NusB antitermination factor  51.2 
 
 
149 aa  140  4e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06760  transcription antitermination protein NusB  53.33 
 
 
131 aa  138  3e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0831  transcription antitermination protein NusB  51.15 
 
 
144 aa  136  8e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  1.97838e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4458  transcription antitermination protein NusB  47.73 
 
 
165 aa  136  9e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0584  transcription antitermination protein NusB  50.39 
 
 
159 aa  136  1e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.708112  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5015  transcription antitermination protein NusB  48.48 
 
 
166 aa  136  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0694  N utilization substance protein B  46.97 
 
 
165 aa  135  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3454  transcription antitermination protein NusB  51.16 
 
 
150 aa  134  5e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00262306 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0553  transcription antitermination protein NusB  45.74 
 
 
166 aa  131  4e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0564  transcription antitermination protein NusB  45.74 
 
 
166 aa  131  4e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0518  transcription antitermination protein NusB  45.74 
 
 
166 aa  131  4e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.360149  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0571  transcription antitermination protein NusB  45.74 
 
 
166 aa  130  5e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0896  NusB antitermination factor  46.46 
 
 
155 aa  128  3e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.361769  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04396  transcription antitermination protein NusB  49.57 
 
 
156 aa  127  4e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.371265  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0704  transcription antitermination protein NusB  47.69 
 
 
155 aa  127  6e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  0.913014 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1680  NusB antitermination factor  45.97 
 
 
187 aa  126  8e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.429573  normal  0.936323 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2582  NusB antitermination factor  46.1 
 
 
166 aa  125  1e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1396  NusB antitermination factor  45.24 
 
 
161 aa  124  3e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3919  transcription antitermination protein NusB  47.29 
 
 
166 aa  125  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.174656  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0711  transcription antitermination protein NusB  47.69 
 
 
161 aa  124  4e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.872315  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0660  transcription antitermination protein NusB  46.88 
 
 
155 aa  124  4e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.141063 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2937  NusB antitermination factor  44.96 
 
 
171 aa  123  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0617  transcription antitermination protein NusB  43.85 
 
 
145 aa  121  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2442  transcription antitermination protein NusB  42.11 
 
 
145 aa  120  5e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495821  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0301  transcription antitermination factor NusB  47.06 
 
 
147 aa  120  7e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.605543  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0477  NusB antitermination factor  47.06 
 
 
147 aa  120  7e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.144816  hitchhiker  0.000124521 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2595  transcription antitermination protein NusB  42.11 
 
 
145 aa  119  1e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.694144  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3071  transcription antitermination protein NusB  42.11 
 
 
145 aa  119  1e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0762  transcription antitermination protein NusB  42.11 
 
 
145 aa  119  1e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2018  transcription antitermination protein NusB  42.11 
 
 
145 aa  119  1e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.415369  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0579  transcription antitermination protein NusB  44.62 
 
 
179 aa  119  1e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3018  transcription antitermination protein NusB  42.11 
 
 
145 aa  119  1e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2147  transcription antitermination protein NusB  42.11 
 
 
145 aa  119  1e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1529  transcription antitermination protein NusB  42.11 
 
 
145 aa  119  1e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.34192  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0012  NusB antitermination factor  41.67 
 
 
158 aa  119  2e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1904  transcription antitermination protein NusB  47.79 
 
 
157 aa  119  2e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1844  transcription antitermination protein NusB  47.79 
 
 
157 aa  119  2e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1578  transcription antitermination protein NusB  44.62 
 
 
138 aa  119  2e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  7.6307e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0476  transcription antitermination protein NusB  42.11 
 
 
145 aa  118  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2695  transcription antitermination protein NusB  43.08 
 
 
171 aa  118  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.32403  normal  0.840878 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0917  transcription antitermination protein NusB  42.11 
 
 
145 aa  118  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.204208  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4056  transcription antitermination protein NusB  41.35 
 
 
145 aa  118  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0955  transcription antitermination protein NusB  42.11 
 
 
145 aa  118  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0816  transcription antitermination protein NusB  41.35 
 
 
145 aa  117  5e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3103  transcription antitermination protein NusB  42.31 
 
 
144 aa  117  5e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0825  transcription antitermination protein NusB  41.35 
 
 
145 aa  117  5e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.61519 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>