168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1085 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  100 
 
 		 264 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  98.11 
 
 		 264 aa  530  1e-150  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  87.88 
 
 		 264 aa  481  1e-135  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  83.33 
 
 		 264 aa  429  1e-119  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  75.57 
 
 		 264 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  75.57 
 
 		 264 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  75.57 
 
 		 264 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  75.57 
 
 		 264 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  55.51 
 
 		 262 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  53.21 
 
 		 248 aa  236  4e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  44 
 
 		 286 aa  205  5e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  30.34 
 
 		 245 aa  104  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  29.24 
 
 		 245 aa  102  5e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  26.64 
 
 		 245 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 		 232 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.27 
 
 		 245 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  30.36 
 
 		 246 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  28.7 
 
 		 288 aa  97.8  2e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  26.97 
 
 		 245 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 		 251 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  28.96 
 
 		 247 aa  92  8e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.32 
 
 		 265 aa  91.3  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  27.73 
 
 		 243 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  25.2 
 
 		 251 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.73 
 
 		 251 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1937  ABC transporter  31.33 
 
 		 241 aa  89.7  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.579626  normal  0.017487 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  28.32 
 
 		 253 aa  89  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 262 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  26.58 
 
 		 297 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  29.13 
 
 		 274 aa  86.3  5e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  26.13 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00601  probable ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.33 
 
 		 265 aa  84  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  30.94 
 
 		 270 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  26.43 
 
 		 269 aa  82.4  0.000000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2355  ABC transporter  28.22 
 
 		 250 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0184824  normal  0.0716025 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0258  hypothetical protein  33.89 
 
 		 247 aa  82.4  0.000000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  26.2 
 
 		 254 aa  82  0.000000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2473  succinate dehydrogenase (ubiquinone)  27.92 
 
 		 243 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.675099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4000  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 		 245 aa  80.9  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.26 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2283  ABC transporter  27.62 
 
 		 250 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0261619  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0100  extracellular solute-binding protein family 3  25.74 
 
 		 251 aa  80.1  0.00000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.246862  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  28.42 
 
 		 252 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  25.65 
 
 		 258 aa  78.6  0.00000000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  27.16 
 
 		 262 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2719  ABC transporter  30 
 
 		 248 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.860262 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1741  conserved hypothetical ABC transporter protein  30 
 
 		 248 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.497041  hitchhiker  0.00104039 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2644  ABC transporter  30 
 
 		 248 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2148  hypothetical protein  28.65 
 
 		 258 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.8287  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2605  ABC transporter  26.72 
 
 		 248 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  22.71 
 
 		 270 aa  73.6  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  27.78 
 
 		 262 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.69 
 
 		 247 aa  73.2  0.000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  27.78 
 
 		 262 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0719  hypothetical protein  29.45 
 
 		 251 aa  72  0.000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0507397  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  28.65 
 
 		 262 aa  72  0.000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2584  hypothetical protein  25.95 
 
 		 257 aa  70.5  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.685098  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  28.25 
 
 		 264 aa  70.1  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1879  ABC transporter  26.27 
 
 		 263 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  27.54 
 
 		 295 aa  70.5  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2682  ABC transporter  28.65 
 
 		 235 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.76928 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  24.47 
 
 		 272 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  25.12 
 
 		 275 aa  68.9  0.00000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  24.8 
 
 		 258 aa  68.9  0.00000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4250  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.21 
 
 		 251 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190529 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5333  hypothetical protein  26.64 
 
 		 269 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2954  hypothetical protein  25.7 
 
 		 244 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0499  extracellular solute-binding protein  25.56 
 
 		 457 aa  65.5  0.0000000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4891  hypothetical protein  26.98 
 
 		 251 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.27 
 
 		 264 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1910  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.59 
 
 		 256 aa  63.2  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0380327 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54230  hypothetical protein  25 
 
 		 250 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.638501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0619  hypothetical protein  25.33 
 
 		 248 aa  63.2  0.000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566502  normal  0.917839 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1574  ABC transporter  28.65 
 
 		 259 aa  63.2  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00475707  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1973  ABC transporter  28.19 
 
 		 235 aa  62.8  0.000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  24.32 
 
 		 259 aa  62.4  0.000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4742  hypothetical protein  25.53 
 
 		 250 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177685  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3857  hypothetical protein  22.44 
 
 		 255 aa  60.8  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  24.48 
 
 		 254 aa  60.8  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3307  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 		 286 aa  60.1  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67850  putative ABC-type amino acid transport protein, periplasmic component  24.67 
 
 		 250 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.349677 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5873  hypothetical protein  25 
 
 		 250 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4230  hypothetical protein  26.18 
 
 		 247 aa  58.5  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0328  hypothetical protein  25.21 
 
 		 251 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2873  hypothetical protein  24.71 
 
 		 267 aa  57.4  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0466901  normal  0.646305 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67840  putative ABC-type amino acid transporter  24.61 
 
 		 251 aa  57  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.288914 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5872  hypothetical protein  24.61 
 
 		 251 aa  57  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1683  hypothetical protein  25.2 
 
 		 251 aa  57  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3879  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.03 
 
 		 235 aa  56.6  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4365  hypothetical protein  26.18 
 
 		 247 aa  56.2  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.08 
 
 		 255 aa  55.1  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2149  ABC transporter  25.84 
 
 		 286 aa  54.7  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4251  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.6 
 
 		 244 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4249  extracellular solute-binding protein  25.44 
 
 		 251 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199527 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3223  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding  23.02 
 
 		 255 aa  53.9  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.338771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1185  extracellular solute-binding protein family 3  22.73 
 
 		 257 aa  53.5  0.000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148046 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4158  extracellular solute-binding protein family 3  25.75 
 
 		 247 aa  53.1  0.000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  25.64 
 
 		 252 aa  52.4  0.000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 		 272 aa  51.6  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2979  extracellular solute-binding protein  24.67 
 
 		 285 aa  51.6  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>