More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0894 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_3653  octaprenyl-diphosphate synthase  98.14 
 
 
323 aa  647  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0894  trans-hexaprenyltranstransferase  100 
 
 
331 aa  675  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  2.38398e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3126  trans-hexaprenyltranstransferase  99.4 
 
 
331 aa  671  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  2.73118e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1068  polyprenyl synthetase  93.05 
 
 
331 aa  634  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  2.53104e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3220  polyprenyl synthetase  99.7 
 
 
331 aa  672  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  5.94957e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0966  polyprenyl synthetase  93.05 
 
 
331 aa  634  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  3.09131e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1035  polyprenyl synthetase  93.05 
 
 
331 aa  634  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  5.87704e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3324  Polyprenyl synthetase  92.75 
 
 
331 aa  631  1e-180  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  4.03675e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0978  trans-hexaprenyltranstransferase  94.26 
 
 
331 aa  614  1e-175  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  2.34439e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  83.73 
 
 
333 aa  562  1e-159  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  4.46804e-07  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1003  polyprenyl synthetase  84.83 
 
 
323 aa  557  1e-158  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.27512e-05  decreased coverage  5.00836e-06 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0953  trans-hexaprenyltranstransferase  83.28 
 
 
323 aa  555  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0940385  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3090  trans-hexaprenyltranstransferase  83.23 
 
 
323 aa  546  1e-154  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0851  polyprenyl synthetase  81.73 
 
 
323 aa  545  1e-154  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  6.84066e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0868  trans-hexaprenyltranstransferase  82.04 
 
 
323 aa  541  1e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  6.12724e-08  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2928  trans-hexaprenyltranstransferase  79.26 
 
 
323 aa  525  1e-148  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  1.91483e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4513  octaprenyl-diphosphate synthase  69.16 
 
 
327 aa  468  1e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3739  trans-hexaprenyltranstransferase  68.85 
 
 
323 aa  458  1e-128  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  2.25438e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  65.02 
 
 
323 aa  451  1e-126  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.5877e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  64.13 
 
 
370 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  64.13 
 
 
370 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  64.13 
 
 
370 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  64.13 
 
 
370 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  64.13 
 
 
370 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  5.67296e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3361  octaprenyl diphosphate synthase  66.87 
 
 
323 aa  450  1e-125  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  7.77945e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  64.91 
 
 
323 aa  448  1e-125  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  65.22 
 
 
323 aa  449  1e-125  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  3.24786e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  64.91 
 
 
323 aa  448  1e-125  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.39544e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  64.91 
 
 
323 aa  448  1e-125  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  64.91 
 
 
323 aa  448  1e-125  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  4.47788e-09  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  64.91 
 
 
323 aa  448  1e-125  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  9.96752e-11  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  64.91 
 
 
323 aa  448  1e-125  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  64.6 
 
 
323 aa  446  1e-124  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.59787e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2852  octaprenyl-diphosphate synthase  64.6 
 
 
348 aa  446  1e-124  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  3.55591e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3481  octaprenyl diphosphate synthase  65.53 
 
 
323 aa  446  1e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  1.72444e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3613  octaprenyl diphosphate synthase  65.73 
 
 
323 aa  441  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  7.38852e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3758  octaprenyl diphosphate synthase  65.73 
 
 
323 aa  441  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  2.53501e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3973  octaprenyl diphosphate synthase  66.04 
 
 
323 aa  442  1e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  6.94297e-10  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0557  octaprenyl diphosphate synthase  64.6 
 
 
323 aa  443  1e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  8.13107e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0792  octaprenyl diphosphate synthase  64.6 
 
 
323 aa  444  1e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  4.11512e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  62.54 
 
 
323 aa  435  1e-121  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  1.29591e-06  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00798  octaprenyl-diphosphate synthase  63.55 
 
 
323 aa  435  1e-121  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0524  octaprenyl-diphosphate synthase  62.92 
 
 
331 aa  437  1e-121  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0360  octaprenyl-diphosphate synthase  63.04 
 
 
323 aa  434  1e-121  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00089716  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0472  octaprenyl diphosphate synthase  63.04 
 
 
323 aa  426  1e-118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  4.37093e-10  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001674  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  62.31 
 
 
323 aa  427  1e-118  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  1.0929e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03732  Geranylgeranyl pyrophosphate synthase  63.98 
 
 
324 aa  416  1e-115  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.100816  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0244  octaprenyl-diphosphate synthase  58.82 
 
 
326 aa  405  1e-112  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  2.22684e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0340  trans-hexaprenyltranstransferase  61.61 
 
 
321 aa  391  1e-108  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  1.04163e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1814  farnesyltranstransferase  58.51 
 
 
322 aa  384  1e-105  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3032  trans-hexaprenyltranstransferase  57.28 
 
 
345 aa  380  1e-104  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  57.75 
 
 
343 aa  378  1e-104  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0833  trans-hexaprenyltranstransferase  59.19 
 
 
322 aa  375  1e-103  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3205  octaprenyl-diphosphate synthase  61.18 
 
 
322 aa  373  1e-102  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.192377  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2823  octaprenyl-diphosphate synthase  60 
 
 
322 aa  367  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  4.62084e-05  normal  0.156809 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0658  polyprenyl synthetase  57.63 
 
 
341 aa  367  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.586121  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2004  Trans-hexaprenyltranstransferase  58.51 
 
 
322 aa  364  1e-99  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4239  polyprenyl synthetase  54.52 
 
 
326 aa  363  1e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  7.59134e-08  hitchhiker  3.48565e-07 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2996  octaprenyl-diphosphate synthase  57.68 
 
 
340 aa  364  1e-99  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0510  dimethylallyltransferase  57.96 
 
 
330 aa  361  8e-99  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0303508 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1651  Trans-hexaprenyltranstransferase  57.88 
 
 
322 aa  358  7e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00299697  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3278  polyprenyl synthetase  56.77 
 
 
313 aa  358  1e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000293097 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1849  trans-hexaprenyltranstransferase  56.21 
 
 
323 aa  355  4e-97  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3068  Polyprenyl synthetase  58.06 
 
 
325 aa  355  6e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447396  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  57.93 
 
 
322 aa  354  1e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2220  trans-hexaprenyltranstransferase  55.73 
 
 
322 aa  350  2e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  3.07661e-08  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02016  polyprenyl synthetase  55.38 
 
 
332 aa  349  3e-95  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  55.79 
 
 
322 aa  349  4e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2658  Polyprenyl synthetase  58.71 
 
 
325 aa  349  4e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0590185  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  55.79 
 
 
322 aa  349  5e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60470  octaprenyl-diphosphate synthase  55.11 
 
 
322 aa  348  1e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456687  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  55.79 
 
 
322 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0164  Trans-hexaprenyltranstransferase  57.28 
 
 
325 aa  347  2e-94  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0195554  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5209  octaprenyl-diphosphate synthase  55.11 
 
 
322 aa  347  2e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  55.49 
 
 
322 aa  346  3e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0473  trans-hexaprenyltranstransferase  56.48 
 
 
337 aa  345  5e-94  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.521014  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1007  phage tail region protein  55.14 
 
 
320 aa  343  3e-93  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000193077  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3107  polyprenyl synthetase  57.74 
 
 
325 aa  342  5e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.339313  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0700  trans-hexaprenyltranstransferase  55.84 
 
 
322 aa  342  7e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0796  octylprenyl diphosphate synthase  55.84 
 
 
322 aa  340  2e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40810  Trans-hexaprenyltranstransferase  54.8 
 
 
322 aa  339  3e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.368005  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2959  trans-hexaprenyltranstransferase  56.77 
 
 
325 aa  338  1e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0367555  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0211  Polyprenyl synthetase  52.87 
 
 
334 aa  335  7e-91  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.301992 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3683  polyprenyl synthetase  55.49 
 
 
322 aa  333  2e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.719488  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4861  polyprenyl synthetase  56.15 
 
 
322 aa  331  1e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.615334  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0193  farnesyltranstransferase  54.31 
 
 
334 aa  329  5e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000332441  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0506  octylprenyl-diphosphate synthase  57.42 
 
 
330 aa  327  1e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.282953  normal  0.531544 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1016  Polyprenyl synthetase  54.8 
 
 
332 aa  326  3e-88  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00162211  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3450  Polyprenyl synthetase  57.1 
 
 
330 aa  326  4e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.024256  hitchhiker  0.00543361 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2653  polyprenyl synthetase  56.45 
 
 
330 aa  324  1e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00415418  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4219  Trans-hexaprenyltranstransferase  57.68 
 
 
345 aa  324  2e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.830845  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0840  dimethylallyltranstransferase  55.93 
 
 
327 aa  319  5e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.440008 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0752  trans-hexaprenyltranstransferase  55.3 
 
 
327 aa  317  2e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0130726 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0840  trans-hexaprenyltranstransferase  55.96 
 
 
327 aa  313  3e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.24671  normal  0.90387 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0447  octaprenyl-diphosphate synthase  55.16 
 
 
330 aa  311  7e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3257  octaprenyl-diphosphate synthase  55.16 
 
 
330 aa  311  7e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1306  octaprenyl-diphosphate synthase  55.16 
 
 
330 aa  311  7e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2524  octaprenyl-diphosphate synthase  55.16 
 
 
330 aa  311  7e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0921642  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3491  octaprenyl-diphosphate synthase  55.16 
 
 
330 aa  311  7e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.133442  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0769  Polyprenyl synthetase  55.67 
 
 
327 aa  311  1e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>