More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0819 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0819  two component transcriptional regulator  100 
 
 
238 aa  481  1e-135  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.309816  decreased coverage  4.1871e-06 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3204  two component transcriptional regulator  99.58 
 
 
238 aa  480  1e-135  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.294731 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3307  two component transcriptional regulator  97.9 
 
 
240 aa  442  1e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.199606  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0804  two component transcriptional regulator  58.87 
 
 
234 aa  270  2e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0162077  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0632  response regulator receiver protein  54.71 
 
 
235 aa  250  1e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0950707  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2699  response regulator receiver protein  45.29 
 
 
233 aa  191  9e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.824129  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3978  two component transcriptional regulator  43.44 
 
 
234 aa  180  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.832558 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3172  DNA-binding response regulator  41.38 
 
 
238 aa  179  3e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3501  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.99 
 
 
234 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0749  two component transcriptional regulator  42.99 
 
 
234 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.326027  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3569  two component transcriptional regulator  42.99 
 
 
234 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.401849  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3690  two component transcriptional regulator  42.99 
 
 
234 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.038332  normal  0.0151663 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1211  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 
232 aa  178  9e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.676109  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2325  two component transcriptional regulator  42.15 
 
 
238 aa  177  1e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0521181  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1181  winged helix family two component transcriptional regulator  42.73 
 
 
232 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.037877  normal  0.73042 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1193  two component transcriptional regulator  41.85 
 
 
232 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0519929  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2022  two component transcriptional regulator  42.15 
 
 
238 aa  176  3e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.730555 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4235  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 
232 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207223  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0844  two component transcriptional regulator  43.89 
 
 
231 aa  175  6e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000690184  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3062  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  42.08 
 
 
234 aa  174  1e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0557  response regulator receiver  41.82 
 
 
234 aa  172  4e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0981  two component transcriptional regulator  40.35 
 
 
237 aa  171  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0593139  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2321  two component transcriptional regulator  40.61 
 
 
244 aa  171  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.483652  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1030  two component transcriptional regulator  40.35 
 
 
237 aa  169  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  5.42446e-07  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2800  response regulator receiver protein  40.54 
 
 
236 aa  170  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0122786  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0196  two component transcriptional regulator  40.53 
 
 
238 aa  170  2e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  8.15382e-05  hitchhiker  0.00535544 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1010  two component transcriptional regulator  41.03 
 
 
237 aa  169  4e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.99702e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0896  two component transcriptional regulator  41.26 
 
 
237 aa  168  5e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.89871e-08  normal  0.423328 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4245  two component transcriptional regulator  43.29 
 
 
240 aa  169  5e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0492398  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0878  two component transcriptional regulator  40.36 
 
 
237 aa  168  6e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00260237  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0550  two component transcriptional regulator  41.96 
 
 
229 aa  167  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000958325  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1002  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 
237 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  4.71824e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3287  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.17 
 
 
237 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  2.00523e-05  normal  0.324308 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3571  two component transcriptional regulator  39.38 
 
 
232 aa  167  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000262211  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1104  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 
237 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00308001  normal  0.0226787 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1071  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 
237 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  6.76378e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3006  two component transcriptional regulator  40.35 
 
 
237 aa  166  3e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  3.24706e-06  normal  0.0671955 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3087  two component transcriptional regulator  40.35 
 
 
237 aa  166  3e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.26315e-06  normal  0.467683 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3594  transcriptional regulatory protein RstA, putative  40.35 
 
 
237 aa  166  3e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3184  two component transcriptional regulator  40.35 
 
 
237 aa  166  3e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0220819  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0290  response regulator receiver domain-containing protein  37.05 
 
 
236 aa  165  5e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.870097  hitchhiker  5.82863e-05 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4222  two-component response regulator  39.66 
 
 
236 aa  165  7e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.560932  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1426  transcriptional regulatory protein RstA  37.65 
 
 
248 aa  164  8e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0081  two component transcriptional regulator  39.64 
 
 
244 aa  164  2e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0669  two component transcriptional regulator  41.78 
 
 
239 aa  163  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.851863  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0675  two component transcriptional regulator  40.34 
 
 
245 aa  162  4e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.920274  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3146  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  42.29 
 
 
234 aa  161  8e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.119762  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49440  two-component response regulator  39.66 
 
 
236 aa  161  9e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  4.74992e-07  normal  0.747521 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1672  DNA-binding response regulator  39.83 
 
 
247 aa  160  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3716  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  40.18 
 
 
247 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.422774  normal  0.0121745 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000579  putative DNA-binding response regulator  38.46 
 
 
237 aa  160  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00151616  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3391  two component transcriptional regulator  38.39 
 
 
235 aa  159  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0154  response regulator receiver protein  40 
 
 
237 aa  158  8e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.13097  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1754  DNA-binding transcriptional regulator RstA  35.02 
 
 
247 aa  157  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.618128  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3498  putative two-component response regulator  37.61 
 
 
235 aa  156  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0401889  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3150  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 
249 aa  156  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.991698  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2892  two component transcriptional regulator  37.44 
 
 
233 aa  156  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440569  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3392  two component transcriptional regulator  38.33 
 
 
239 aa  155  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000345034  normal  0.431956 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41260  putative two-component response regulator  37.17 
 
 
235 aa  155  4e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.923976 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05293  hypothetical protein  38.46 
 
 
237 aa  155  4e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0938  DNA-binding response regulator  38.74 
 
 
234 aa  154  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.99191e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2914  two component transcriptional regulator  38.67 
 
 
245 aa  154  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634998  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0305  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 
235 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1783  DNA-binding response regulator  42.02 
 
 
252 aa  153  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1790  DNA-binding transcriptional regulator RstA  34.87 
 
 
248 aa  153  2e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.704871  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.67 
 
 
234 aa  152  4e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2590  DNA-binding transcriptional regulator RstA  35.74 
 
 
253 aa  152  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.67 
 
 
234 aa  152  5e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0309  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 
235 aa  152  6e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1032  response regulator  37.66 
 
 
232 aa  150  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0894814  normal  0.523068 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8578  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.52 
 
 
231 aa  150  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0565107  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  33.18 
 
 
223 aa  150  1e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2191  DNA-binding response regulator  41.49 
 
 
245 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1591  DNA-binding transcriptional regulator RstA  35.44 
 
 
239 aa  149  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00390701  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1683  DNA-binding transcriptional regulator RstA  35.44 
 
 
239 aa  149  3e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.160047  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3564  two component transcriptional regulator  41.52 
 
 
230 aa  149  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.153344  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4369  two component transcriptional regulator  41.6 
 
 
242 aa  149  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0241221  normal  0.010909 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01577  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with RstB  35.44 
 
 
242 aa  149  3e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.223446  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2318  DNA-binding transcriptional regulator RstA  35.44 
 
 
239 aa  149  3e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0386418  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1816  DNA-binding transcriptional regulator RstA  35.44 
 
 
239 aa  149  3e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0513956  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2022  DNA-binding transcriptional regulator RstA  35.44 
 
 
239 aa  149  3e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2035  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.44 
 
 
239 aa  149  3e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00013009  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  33.03 
 
 
223 aa  149  3e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  37.44 
 
 
230 aa  149  3e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  33.03 
 
 
223 aa  149  3e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  33.03 
 
 
223 aa  149  3e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01567  hypothetical protein  35.44 
 
 
242 aa  149  3e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.244563  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  33.18 
 
 
223 aa  149  3e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  33.03 
 
 
223 aa  149  4e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  33.03 
 
 
223 aa  149  4e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  36.91 
 
 
241 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  32.73 
 
 
223 aa  149  5e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  36.91 
 
 
241 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  32.73 
 
 
223 aa  149  5e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0644  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.49 
 
 
236 aa  149  5e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  36.91 
 
 
241 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0936  DNA-binding response regulator  41.92 
 
 
236 aa  148  7e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1592  DNA-binding response regulator  41.92 
 
 
236 aa  148  7e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3394  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.28 
 
 
230 aa  148  7e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.103692  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0031  DNA-binding response regulator  41.92 
 
 
236 aa  148  7e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.248418  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>