More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0817 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_3054  23S rRNA methyluridine methyltransferase  83.59 
 
 
389 aa  677  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3424  23S rRNA methyluridine methyltransferase  84.16 
 
 
390 aa  679  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3496  23S rRNA methyluridine methyltransferase  83.38 
 
 
390 aa  677  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3206  23S rRNA methyluridine methyltransferase  99.22 
 
 
384 aa  785  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.520782 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3309  23S rRNA methyluridine methyltransferase  97.92 
 
 
384 aa  776  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0980  23S rRNA methyluridine methyltransferase  90.79 
 
 
382 aa  723  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0868  23S rRNA methyluridine methyltransferase  83.9 
 
 
390 aa  679  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3619  23S rRNA methyluridine methyltransferase  84.16 
 
 
390 aa  679  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.934094 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0817  23S rRNA methyluridine methyltransferase  100 
 
 
384 aa  790  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  decreased coverage  5.20531e-06 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0801  23S rRNA methyluridine methyltransferase  77.19 
 
 
379 aa  592  1e-168  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3635  23S rRNA methyluridine methyltransferase  76.04 
 
 
358 aa  571  1e-162  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0579  23S rRNA methyluridine methyltransferase  70.29 
 
 
377 aa  564  1e-159  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0630  23S rRNA methyluridine methyltransferase  69.82 
 
 
384 aa  538  1e-152  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0309  23S rRNA methyluridine methyltransferase  58.31 
 
 
375 aa  461  1e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0931  23S rRNA methyluridine methyltransferase  55.94 
 
 
375 aa  437  1e-121  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00864  23S rRNA m(5)U747-methyltransferase  55.67 
 
 
375 aa  435  1e-121  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1015  23S rRNA methyluridine methyltransferase  56.2 
 
 
375 aa  437  1e-121  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.502416 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2737  23S rRNA methyluridine methyltransferase  55.67 
 
 
375 aa  435  1e-121  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.438081  normal  0.757831 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0887  23S rRNA methyluridine methyltransferase  56.2 
 
 
375 aa  435  1e-121  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.848351  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0962  23S rRNA methyluridine methyltransferase  55.67 
 
 
375 aa  435  1e-121  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00870  hypothetical protein  55.67 
 
 
375 aa  435  1e-121  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2783  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  55.64 
 
 
375 aa  435  1e-121  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.720743  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1373  23S rRNA methyluridine methyltransferase  54.45 
 
 
375 aa  432  1e-120  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1568  23S rRNA methyluridine methyltransferase  55.82 
 
 
376 aa  427  1e-118  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2472  23S rRNA methyluridine methyltransferase  54.62 
 
 
375 aa  424  1e-117  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.112425  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1650  23S rRNA methyluridine methyltransferase  53.68 
 
 
375 aa  421  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.401467 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2640  23S rRNA methyluridine methyltransferase  55.44 
 
 
376 aa  421  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  8.31969e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1697  23S rRNA methyluridine methyltransferase  53.42 
 
 
376 aa  421  1e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.723414  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2725  23S rRNA methyluridine methyltransferase  55.44 
 
 
376 aa  421  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0987  23S rRNA methyluridine methyltransferase  51.98 
 
 
375 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197479  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0919  23S rRNA methyluridine methyltransferase  52.24 
 
 
375 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.983812  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2381  23S rRNA methyluridine methyltransferase  54.33 
 
 
376 aa  413  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.624238  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0955  23S rRNA methyluridine methyltransferase  51.84 
 
 
376 aa  411  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1016  23S rRNA methyluridine methyltransferase  51.72 
 
 
375 aa  408  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1963  23S rRNA methyluridine methyltransferase  52.77 
 
 
375 aa  410  1e-113  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.333439  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1035  23S rRNA methyluridine methyltransferase  51.45 
 
 
375 aa  407  1e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2390  23S rRNA methyluridine methyltransferase  47.12 
 
 
382 aa  361  1e-98  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.437044 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1713  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  47.91 
 
 
379 aa  353  2e-96  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3753  23S rRNA methyluridine methyltransferase  46.68 
 
 
379 aa  334  2e-90  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1142  23S rRNA methyluridine methyltransferase  44.56 
 
 
375 aa  333  2e-90  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000767516 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1285  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  45.62 
 
 
374 aa  326  5e-88  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.00745486  normal  0.0225207 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3299  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  44.53 
 
 
411 aa  316  4e-85  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4319  23S rRNA methyluridine methyltransferase  45.65 
 
 
372 aa  305  9e-82  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.255085 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1448  23S rRNA methyluridine methyltransferase  43.54 
 
 
376 aa  291  1e-77  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.305727  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03620  23S rRNA methyluridine methyltransferase  40.31 
 
 
388 aa  285  9e-76  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14750  23S rRNA methyluridine methyltransferase  42.05 
 
 
413 aa  278  1e-73  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.247567 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21720  23S rRNA methyluridine methyltransferase  42.08 
 
 
403 aa  245  9e-64  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2801  RNA methyltransferase  30.34 
 
 
470 aa  175  1e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1868  RNA methyltransferase, TrmA family  29.46 
 
 
485 aa  172  9e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0333  RNA methyltransferase  27.97 
 
 
458 aa  168  1e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0318  RNA methyltransferase  27.97 
 
 
458 aa  168  1e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.875741  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0301  RNA methyltransferase  27.7 
 
 
458 aa  165  1e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0365  RNA methyltransferase, TrmA family  27.7 
 
 
458 aa  165  1e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0311  RNA methyltransferase  27.89 
 
 
458 aa  165  1e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0305  RNA methyltransferase  27.7 
 
 
458 aa  165  1e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0517475  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0363  RNA methyltransferase  27.11 
 
 
460 aa  164  2e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1225  RNA methyltransferase, TrmA family  28.76 
 
 
457 aa  164  3e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0337  RNA methyltransferase, TrmA family  27.73 
 
 
459 aa  163  5e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.95395  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0407  RNA methyltransferase, TrmA family  27.44 
 
 
458 aa  163  6e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0313  RNA methyltransferase  27.18 
 
 
458 aa  162  1e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0381  RNA methyltransferase, TrmA family  27.18 
 
 
454 aa  160  4e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.432112  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4938  RNA methyltransferase, TrmA family  26.91 
 
 
454 aa  159  1e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0464028  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2309  RNA methyltransferase  27.94 
 
 
493 aa  156  5e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.12141  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2369  RNA methyltransferase  28.16 
 
 
489 aa  155  1e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.13212e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  29.15 
 
 
460 aa  152  6e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1585  RNA methyltransferase  27.59 
 
 
471 aa  152  1e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.953972  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2695  RNA methyltransferase  28.61 
 
 
457 aa  150  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0289  RNA methyltransferase  27.86 
 
 
488 aa  149  6e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.198099  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1971  23S rRNA methyltransferase/RumA  27.73 
 
 
493 aa  149  7e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.209828  normal  0.0836094 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2028  23S rRNA methyltransferase/RumA  29.28 
 
 
477 aa  149  7e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0423  tRNA methyltransferase, TrmA family  28.24 
 
 
439 aa  147  2e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1654  RNA methyltransferase  26.26 
 
 
554 aa  148  2e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  2.78759e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0159  RNA methyltransferase  28.42 
 
 
468 aa  147  4e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0862  RNA methyltransferase, TrmA family  28.93 
 
 
472 aa  146  5e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0412  RNA methyltransferase  24.4 
 
 
458 aa  145  1e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05160  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  26.34 
 
 
401 aa  145  1e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.368035  normal  0.582976 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1383  RNA methyltransferase, TrmA family  28.43 
 
 
479 aa  144  4e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2893  RNA methyltransferase, TrmA family  28.13 
 
 
572 aa  144  4e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  26.41 
 
 
454 aa  143  6e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  1.42692e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0542  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  23.82 
 
 
459 aa  143  6e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  3.51254e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0542  RNA methyltransferase  23.82 
 
 
459 aa  142  7e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.016081  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1332  RNA methyltransferase, TrmA family  26.54 
 
 
447 aa  142  7e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.10273e-07 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0491  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  23.82 
 
 
459 aa  142  8e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.116806  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0472  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  23.82 
 
 
459 aa  142  8e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0400  RNA methyltransferase  23.82 
 
 
459 aa  142  8e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.955809  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0404  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  23.82 
 
 
459 aa  142  8e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.039244  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1438  RNA methyltransferase  28.42 
 
 
459 aa  142  1e-32  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0633  RNA methyltransferase  29.77 
 
 
451 aa  142  1e-32  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.449857  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  28.35 
 
 
436 aa  141  2e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1216  RNA methyltransferase  27.84 
 
 
452 aa  141  2e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1452  RNA methyltransferase  29.75 
 
 
495 aa  141  2e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0406  RNA methyltransferase  23.56 
 
 
459 aa  140  3e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0426  RNA methyltransferase  24.02 
 
 
459 aa  140  3e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0414  RNA methyltransferase  24.02 
 
 
459 aa  140  3e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.340399  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4832  RNA methyltransferase, TrmA family  23.68 
 
 
459 aa  139  7e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  3.74128e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2903  RNA methyltransferase, TrmA family  26.11 
 
 
438 aa  139  8e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1985  RNA methyltransferase  25.39 
 
 
453 aa  137  2e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3654  TrmA family RNA methyltransferase  26.74 
 
 
455 aa  137  2e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.412422  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1951  RNA methyltransferase  25.39 
 
 
453 aa  137  2e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.602794  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1435  RNA methyltransferase  25.13 
 
 
456 aa  138  2e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>