More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0699 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0699  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  607  1e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3323  LysR family transcriptional regulator  99.32 
 
 		 295 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0711414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  98.3 
 
 		 295 aa  595  1e-169  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  96.58 
 
 		 293 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  93.9 
 
 		 295 aa  578  1e-164  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  94.88 
 
 		 295 aa  577  1e-164  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  94.88 
 
 		 295 aa  577  1e-164  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  94.2 
 
 		 295 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  94.54 
 
 		 295 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  81.72 
 
 		 294 aa  502  1e-141  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  79.93 
 
 		 296 aa  488  1e-137  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0586  LysR family transcriptional regulator  67.47 
 
 		 302 aa  420  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.364179  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0896  LysR family transcriptional regulator  65.52 
 
 		 291 aa  410  1e-113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948666 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  41.49 
 
 		 295 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  41.49 
 
 		 295 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  41.49 
 
 		 295 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  41.49 
 
 		 295 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  41.49 
 
 		 295 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0271  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 295 aa  234  1.0000000000000001e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0648353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4429  LysR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 295 aa  221  9.999999999999999e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.353494  normal  0.612684 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1688  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 292 aa  211  1e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000776975  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 310 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 311 aa  189  4e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3760  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 320 aa  188  8e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 311 aa  188  1e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2922  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 319 aa  188  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0176  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 334 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0023  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 307 aa  182  6e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.189031  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1873  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2769  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0024  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0236  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3502  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0024  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2679  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 307 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.626987  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1795  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 296 aa  179  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00491108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0026  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 308 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0044  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 308 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4084  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0047  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 308 aa  178  9e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0063  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 308 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0045  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3228  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 308 aa  176  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.155209 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0036  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 308 aa  176  6e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.565587  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  35.05 
 
 		 294 aa  175  7e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1336  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.916876  normal  0.272272 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1401  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 297 aa  172  5e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  34.02 
 
 		 294 aa  169  3e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.85 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0898  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 		 293 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0291  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 304 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 320 aa  160  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19670  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 297 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.663565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 292 aa  159  5e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  29.21 
 
 		 292 aa  159  5e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1693  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 300 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4487  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 293 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4627  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4611  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0937251  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3794  transcriptional regulator, LysR family  32.85 
 
 		 294 aa  149  5e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.689518 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  28.82 
 
 		 295 aa  149  7e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0828  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 297 aa  149  7e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1120  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.359729  normal  0.248441 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0420  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1324  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0894  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 298 aa  143  3e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0243  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 302 aa  142  6e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.97 
 
 		 295 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0953  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0988  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 296 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0974  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 296 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.966458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3390  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 296 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  30.31 
 
 		 290 aa  135  7.000000000000001e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1046  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 305 aa  132  5e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3051  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 296 aa  132  6e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000517942  normal  0.0334887 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  27.02 
 
 		 300 aa  132  9e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 300 aa  132  9e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 300 aa  132  9e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  28.92 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  29.24 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  29.24 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  27.37 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 300 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 297 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>