More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0531 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1156  TonB-dependent receptor  51.49 
 
 		 715 aa  712    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3287  TonB-dependent siderophore receptor  52.35 
 
 		 720 aa  706    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2881  TonB-dependent siderophore receptor  51.48 
 
 		 714 aa  714    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01528  TonB-dependent receptor  46.89 
 
 		 720 aa  658    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0531  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 		 702 aa  1439    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0979  TonB-dependent siderophore receptor  53.47 
 
 		 724 aa  723    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.16439 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1044  TonB-dependent siderophore receptor  52.76 
 
 		 724 aa  716    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00225756 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3500  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 		 702 aa  1439    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3465  TonB-dependent siderophore receptor  52.49 
 
 		 720 aa  707    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.47616  normal  0.0124574 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0983  TonB-dependent siderophore receptor  53.03 
 
 		 723 aa  717    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.698273  normal  0.622732 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3329  TonB-dependent siderophore receptor  51.05 
 
 		 720 aa  709    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1080  TonB-dependent siderophore receptor  52.64 
 
 		 720 aa  707    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210628 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2950  TonB-dependent siderophore receptor  44.11 
 
 		 720 aa  595  1e-169  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3776  TonB-dependent siderophore receptor  42.46 
 
 		 707 aa  553  1e-156  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.658574  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3611  homoserine O-acetyltransferase  42.57 
 
 		 699 aa  532  1e-149  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000219924  decreased coverage  0.00028675 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2387  TonB-dependent siderophore receptor  41.29 
 
 		 712 aa  496  1e-139  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3200  TonB-dependent siderophore receptor  40.26 
 
 		 701 aa  491  1e-137  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.611474  normal  0.133436 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4928  TonB-dependent siderophore receptor  40.2 
 
 		 701 aa  490  1e-137  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92165  normal  0.0613128 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5483  TonB-dependent siderophore receptor  40.06 
 
 		 701 aa  488  1e-136  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00706275 
 
 
-
 
NC_003296  RS03023  putative ferrisiderophore receptor protein  40.18 
 
 		 703 aa  485  1e-135  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.269425 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04088  TonB-dependent outer membrane Receptor  39.02 
 
 		 713 aa  481  1e-134  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6494  TonB-dependent siderophore receptor  38.93 
 
 		 701 aa  478  1e-133  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6317  TonB-dependent siderophore receptor  39.07 
 
 		 701 aa  478  1e-133  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585153  normal  0.21494 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6729  TonB-dependent siderophore receptor  38.93 
 
 		 701 aa  478  1e-133  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.684633  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2068  TonB-dependent siderophore receptor  35.36 
 
 		 722 aa  463  1e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.500479  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2729  putative ferrichrome-iron receptor protein  38.97 
 
 		 689 aa  461  9.999999999999999e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4462  TonB-dependent siderophore receptor  35.68 
 
 		 757 aa  444  1e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0705188 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63960  putative uter membrane protein precursor  36.84 
 
 		 708 aa  434  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4000  TonB-dependent siderophore receptor  36.51 
 
 		 722 aa  434  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5556  outer membrane protein  37.13 
 
 		 703 aa  425  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.459514  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0192  TonB-dependent siderophore receptor  37.41 
 
 		 710 aa  422  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0874  TonB-dependent siderophore receptor  37.63 
 
 		 701 aa  413  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.831709  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1120  TonB-dependent siderophore receptor  36.07 
 
 		 701 aa  410  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2229  TonB-dependent siderophore receptor  35.38 
 
 		 703 aa  398  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.560265 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51930  TonB-dependent siderophore receptor  34.68 
 
 		 709 aa  396  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0887  TonB-dependent siderophore receptor  37.1 
 
 		 692 aa  396  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2463  TonB-dependent siderophore receptor, putative  35.62 
 
 		 703 aa  387  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.302631  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3325  outer membrane ferric siderophore receptor, putative  34.74 
 
 		 696 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.54373 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2419  TonB-dependent siderophore receptor  34.74 
 
 		 696 aa  379  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.56644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3135  TonB-dependent siderophore receptor  34.39 
 
 		 734 aa  357  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2232  TonB-dependent siderophore receptor  31.56 
 
 		 708 aa  356  6.999999999999999e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3808  TonB-dependent siderophore receptor  33.74 
 
 		 741 aa  351  2e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.071582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5875  TonB-dependent siderophore receptor  33.88 
 
 		 689 aa  345  1e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.18447 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1141  TonB-dependent siderophore receptor  33.48 
 
 		 736 aa  344  4e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1202  TonB-dependent siderophore receptor  33.28 
 
 		 714 aa  342  1e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534631  normal  0.117708 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1362  TonB-dependent siderophore receptor  33.14 
 
 		 732 aa  342  2e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.619941  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3294  TonB-dependent siderophore receptor, putative  30.01 
 
 		 711 aa  339  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3124  TonB-dependent siderophore receptor  30 
 
 		 710 aa  336  1e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.319333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8274  TonB-dependent siderophore receptor  33.38 
 
 		 715 aa  335  1e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0140393  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2559  TonB-dependent siderophore receptor  31.78 
 
 		 708 aa  333  4e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4886  TonB-dependent siderophore receptor  32.39 
 
 		 730 aa  333  5e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.928986 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3406  TonB-dependent siderophore receptor  32.63 
 
 		 722 aa  333  5e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.155193  decreased coverage  0.0000340201 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6070  TonB-dependent siderophore receptor  32.84 
 
 		 738 aa  333  6e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.537532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4103  TonB-dependent siderophore receptor  32.53 
 
 		 710 aa  330  4e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615047  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3155  outer membrane ferric siderophore receptor, putative  30.82 
 
 		 709 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.990361 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2891  TonB-dependent siderophore receptor  30.92 
 
 		 711 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4225  TonB-dependent siderophore receptor  33.43 
 
 		 689 aa  305  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2414  TonB-dependent siderophore receptor  32.08 
 
 		 817 aa  284  3.0000000000000004e-75  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.281451 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1016  TonB-dependent siderophore receptor  31.92 
 
 		 707 aa  278  2e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.846104 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2410  TonB-dependent siderophore receptor  32.26 
 
 		 837 aa  278  3e-73  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.110935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5758  TonB-dependent siderophore receptor  31.52 
 
 		 815 aa  276  1.0000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3001  TonB-dependent siderophore receptor  32.37 
 
 		 721 aa  276  1.0000000000000001e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.463402  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0217  TonB-dependent siderophore receptor  33 
 
 		 850 aa  271  4e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3345  TonB-dependent siderophore receptor  30.18 
 
 		 705 aa  269  1e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0305411 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0858  TonB-dependent siderophore receptor  32.22 
 
 		 796 aa  267  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4588  TonB-dependent siderophore receptor  32.61 
 
 		 796 aa  263  1e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10440  TonB-dependent siderophore receptor  31.32 
 
 		 810 aa  260  6e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0438512  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3574  TonB-dependent siderophore receptor, putative  29.35 
 
 		 706 aa  259  8e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1509  TonB-dependent siderophore receptor  31.32 
 
 		 882 aa  254  3e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.826442  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1422  TonB-dependent siderophore receptor  31.32 
 
 		 881 aa  254  3e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0020  TonB-dependent siderophore receptor  31.32 
 
 		 881 aa  254  3e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.655193  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0418  TonB-dependent siderophore receptor  31.32 
 
 		 921 aa  255  3e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0139  TonB-dependent siderophore receptor  31.32 
 
 		 921 aa  255  3e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0354912  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1180  TonB-dependent siderophore receptor  31.74 
 
 		 679 aa  254  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.14569  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1162  TonB-dependent siderophore receptor  31.32 
 
 		 881 aa  254  4.0000000000000004e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.283901  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0718  hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  31.52 
 
 		 724 aa  253  6e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4606  TonB-dependent siderophore receptor  31.93 
 
 		 796 aa  253  9.000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4465  TonB-dependent siderophore receptor  31.74 
 
 		 796 aa  253  1e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3999  putative TonB-dependent siderophore receptor  30.43 
 
 		 821 aa  251  3e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0797719  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1126  TonB-dependent siderophore receptor  32.37 
 
 		 708 aa  249  1e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.984983  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0815  TonB-dependent siderophore receptor  30.32 
 
 		 714 aa  247  4e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0815  TonB-dependent siderophore receptor  30.32 
 
 		 714 aa  247  4e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.806497  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0155  TonB-dependent siderophore receptor  31.74 
 
 		 677 aa  247  4.9999999999999997e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000133249 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0150  TonB-dependent siderophore receptor  29.11 
 
 		 843 aa  247  4.9999999999999997e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.13947  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4504  TonB-dependent siderophore receptor  30.49 
 
 		 858 aa  246  8e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.198405  normal  0.487097 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0931  TonB-dependent siderophore receptor  30.97 
 
 		 809 aa  246  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.79278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1381  TonB-dependent siderophore receptor  31.69 
 
 		 742 aa  246  9.999999999999999e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00176773  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2514  TonB-dependent siderophore receptor  29.46 
 
 		 726 aa  244  3e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0218  TonB-dependent siderophore receptor  31.61 
 
 		 859 aa  244  5e-63  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01870  putative TonB-dependent receptor  30.97 
 
 		 795 aa  243  1e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.554245 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0010  TonB-dependent siderophore receptor  31.05 
 
 		 864 aa  242  2e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.144404  decreased coverage  0.00213669 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0879  TonB-dependent siderophore receptor  30.2 
 
 		 855 aa  242  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.136442  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3442  TonB-dependent siderophore receptor  28.71 
 
 		 713 aa  242  2e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.827795  normal  0.101631 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1361  TonB-dependent siderophore receptor  30.2 
 
 		 855 aa  242  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.586931  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1057  TonB-dependent siderophore receptor  32.45 
 
 		 719 aa  241  2.9999999999999997e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0006  TonB-dependent siderophore receptor  30.57 
 
 		 709 aa  241  4e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1933  TonB-dependent siderophore receptor  30.31 
 
 		 863 aa  240  5.999999999999999e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.57776  hitchhiker  0.00557515 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3324  TonB-dependent outer membrane ferric coprogen receptor FitA  29.01 
 
 		 713 aa  239  9e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.992566  normal  0.497085 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0229  putative TonB-dependent receptor  30.74 
 
 		 795 aa  239  1e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4343  TonB-dependent outer membrane ferric coprogen receptor FitA  28.86 
 
 		 713 aa  239  1e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>