199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0530 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0530  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 295 aa  609  1e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3501  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 295 aa  609  1e-173  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0486  radical SAM domain-containing protein  94.92 
 
 		 295 aa  585  1e-166  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3965  radical SAM domain-containing protein  95.25 
 
 		 295 aa  585  1e-166  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0528  hypothetical protein  94.92 
 
 		 295 aa  579  1e-164  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0453  radical SAM domain-containing protein  80.95 
 
 		 294 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3076  radical SAM family protein  81.29 
 
 		 292 aa  497  1e-140  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0110421  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0456  radical SAM domain-containing protein  80.55 
 
 		 309 aa  498  1e-140  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4516  radical SAM domain-containing protein  78.5 
 
 		 293 aa  486  1e-136  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3395  radical SAM domain-containing protein  79.93 
 
 		 292 aa  474  1e-133  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00495336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0407  hypothetical protein  75.17 
 
 		 294 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3411  Elongator protein 3/MiaB/NifB  77.61 
 
 		 257 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1360  radical SAM domain-containing protein  70.03 
 
 		 300 aa  405  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.397431  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1475  radical SAM domain-containing protein  64.16 
 
 		 298 aa  381  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0640288  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1640  radical SAM domain-containing protein  62.8 
 
 		 297 aa  368  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.387627  normal  0.955096 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2205  hypothetical protein  62.12 
 
 		 298 aa  368  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.42445  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25810  hypothetical protein  61.77 
 
 		 298 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.723648  normal  0.254703 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1884  radical SAM family protein  58.16 
 
 		 296 aa  338  5.9999999999999996e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.295187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3838  radical SAM domain-containing protein  92.41 
 
 		 156 aa  271  7e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1151  Radical SAM domain protein  39.25 
 
 		 291 aa  215  9e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.388903 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2142  Radical SAM domain protein  39.52 
 
 		 291 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.608518  decreased coverage  0.00173745 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2529  radical SAM domain-containing protein  42.28 
 
 		 296 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.496911  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2654  Radical SAM domain protein  40.21 
 
 		 291 aa  209  3e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000344406  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3046  radical SAM family protein  39.8 
 
 		 293 aa  207  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0919  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  38.78 
 
 		 292 aa  205  7e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3059  radical SAM domain-containing protein  42.96 
 
 		 293 aa  204  1e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0201  radical SAM domain-containing protein  36.84 
 
 		 293 aa  201  9.999999999999999e-51  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2989  radical SAM domain-containing protein  42.66 
 
 		 293 aa  201  9.999999999999999e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000144866  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0717  radical SAM domain-containing protein  37.54 
 
 		 292 aa  198  9e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0423  radical SAM family protein  40.14 
 
 		 293 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2963  radical SAM domain-containing protein  41 
 
 		 293 aa  198  1.0000000000000001e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3668  radical SAM domain-containing protein  39.51 
 
 		 293 aa  192  5e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1162  Radical SAM domain protein  39.51 
 
 		 295 aa  189  7e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0199468 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3790  Radical SAM domain protein  39.71 
 
 		 338 aa  188  1e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0365  radical SAM domain-containing protein  37.2 
 
 		 289 aa  188  1e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00570597  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2265  Radical SAM domain protein  42.11 
 
 		 293 aa  188  1e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3100  Radical SAM domain protein  39.51 
 
 		 295 aa  186  4e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.358776  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3617  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  35.94 
 
 		 293 aa  179  7e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0173  radical SAM domain-containing protein  35.71 
 
 		 292 aa  176  6e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000741532  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0443  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  35.54 
 
 		 291 aa  172  6.999999999999999e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26860  Fe-S oxidoreductase  34.77 
 
 		 291 aa  166  4e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13790  Fe-S oxidoreductase  35.82 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0657  Radical SAM domain protein  36.64 
 
 		 292 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02260  Fe-S oxidoreductase  31.65 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0066  Radical SAM domain protein  30.51 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.628263  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1744  radical SAM domain-containing protein  28.48 
 
 		 380 aa  141  9.999999999999999e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00743194  decreased coverage  0.000183859 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2999  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase putative  30.79 
 
 		 388 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04170  Fe-S oxidoreductase  34.3 
 
 		 293 aa  139  4.999999999999999e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.63469 
 
 
-
 
NC_002950  PG1505  radical SAM domain-containing protein  29.03 
 
 		 292 aa  138  8.999999999999999e-32  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00044584 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25530  Fe-S oxidoreductase  30.14 
 
 		 308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.261112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24530  Fe-S oxidoreductase  35.43 
 
 		 293 aa  135  9.999999999999999e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2726  Radical SAM domain protein  28.45 
 
 		 399 aa  130  2.0000000000000002e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2640  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  27.4 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2061  radical SAM domain-containing protein  28.67 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.952171  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3023  radical SAM domain-containing protein  29.13 
 
 		 386 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1410  Radical SAM domain protein  30.72 
 
 		 377 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0622  radical SAM domain-containing protein  27.72 
 
 		 311 aa  122  7e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.044899  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2870  Radical SAM domain protein  28.37 
 
 		 373 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.578576 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25380  Fe-S oxidoreductase  32.14 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.76381  normal  0.564969 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00660  Fe-S oxidoreductase  28.15 
 
 		 321 aa  108  9.000000000000001e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1019  Radical SAM domain protein  30.95 
 
 		 390 aa  104  1e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16730  Fe-S oxidoreductase  30.53 
 
 		 332 aa  103  5e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.359613 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3579  radical SAM domain-containing protein  30.05 
 
 		 409 aa  101  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.630491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1372  radical SAM domain-containing protein  28.83 
 
 		 402 aa  98.6  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.798772 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3496  hypothetical protein  81.08 
 
 		 38 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.871156  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  28.43 
 
 		 444 aa  58.9  0.00000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  30.29 
 
 		 472 aa  58.5  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  29.89 
 
 		 473 aa  58.9  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  29.88 
 
 		 501 aa  57.8  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.8 
 
 		 472 aa  57.4  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3102  radical SAM domain-containing protein  27.92 
 
 		 487 aa  54.3  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3239  Radical SAM domain protein  27.67 
 
 		 513 aa  54.3  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0952946  normal  0.844085 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2374  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  25.23 
 
 		 448 aa  54.3  0.000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1501  radical SAM domain-containing protein  26.73 
 
 		 341 aa  54.3  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.166226  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  28.48 
 
 		 520 aa  53.9  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3422  Radical SAM domain protein  24.35 
 
 		 541 aa  53.5  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0100  radical SAM domain-containing protein  26.83 
 
 		 705 aa  53.1  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0253265  normal  0.373771 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1423  radical SAM/B12 binding domain protein  28.12 
 
 		 715 aa  53.1  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.623089  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  26.86 
 
 		 472 aa  52.8  0.000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.28 
 
 		 515 aa  52.4  0.000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1944  Radical SAM domain protein  26.79 
 
 		 374 aa  52  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0450295  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3373  radical SAM domain-containing protein  24.51 
 
 		 503 aa  52  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.319005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0098  radical SAM domain-containing protein  28.83 
 
 		 716 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.21534  normal  0.126108 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3038  radical SAM family Fe-S protein  28.12 
 
 		 523 aa  51.2  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.345739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3411  coproporphyrinogen III oxidase  23.44 
 
 		 401 aa  50.8  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.102052 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0213  radical SAM domain-containing protein  23 
 
 		 429 aa  50.8  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.25181  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2521  radical SAM domain-containing protein  25.64 
 
 		 531 aa  50.8  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0155875  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2496  radical SAM family protein  26.62 
 
 		 502 aa  50.4  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.442433  normal  0.964674 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2062  putative methyltransferase, or Fe-S oxidoreductase  29.89 
 
 		 473 aa  50.4  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.6809  normal  0.16843 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1777  Radical SAM domain protein  25.25 
 
 		 737 aa  50.4  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.54513 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0105  radical SAM domain-containing protein  26.26 
 
 		 636 aa  50.4  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  27.46 
 
 		 488 aa  50.8  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0603  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  23.91 
 
 		 378 aa  50.4  0.00003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1738  cobalamin B12-binding/radical SAM domain-containing Fe-S oxidoreductase  26.28 
 
 		 521 aa  50.4  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0385  hypothetical protein  29.89 
 
 		 473 aa  50.4  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4436  coproporphyrinogen III oxidase  23.83 
 
 		 379 aa  50.4  0.00004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000959102  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0800  coproporphyrinogen III oxidase  23.83 
 
 		 379 aa  50.1  0.00004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000109269  hitchhiker  5.6543700000000005e-18 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0070  Radical SAM domain protein  26.82 
 
 		 635 aa  50.1  0.00005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0050  radical SAM domain-containing protein  26.82 
 
 		 707 aa  49.7  0.00006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1179  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  28.74 
 
 		 474 aa  49.3  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.846685  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>