More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0430 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3429  dihydrolipoamide dehydrogenase  93.68 
 
 
475 aa  907  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0358795  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1031  dihydrolipoamide dehydrogenase  84.63 
 
 
475 aa  829  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3489  dihydrolipoamide dehydrogenase  84.63 
 
 
474 aa  828  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.71639  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3543  dihydrolipoamide dehydrogenase  85.68 
 
 
474 aa  840  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.399649  normal  0.262226 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3381  dihydrolipoamide dehydrogenase  93.05 
 
 
476 aa  905  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  6.96126e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0428  dihydrolipoamide dehydrogenase  99.58 
 
 
475 aa  956  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00251394  normal  0.166632 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0321  dihydrolipoamide dehydrogenase  89.79 
 
 
476 aa  868  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0683294 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3932  dihydrolipoamide dehydrogenase  95.58 
 
 
475 aa  922  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  1.33391e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0421  dihydrolipoamide dehydrogenase  91.79 
 
 
475 aa  892  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000187748  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0109  dihydrolipoamide dehydrogenase  85.89 
 
 
474 aa  842  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.809196  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1944  dihydrolipoamide dehydrogenase  66.11 
 
 
593 aa  635  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0868874  hitchhiker  0.000336212 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0126  dihydrolipoamide dehydrogenase  85.89 
 
 
495 aa  841  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0167  dihydrolipoamide dehydrogenase  85.68 
 
 
474 aa  840  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0168  dihydrolipoamide dehydrogenase  85.68 
 
 
474 aa  840  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.928694  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4052  dihydrolipoamide dehydrogenase  95.79 
 
 
475 aa  923  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00676379  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4009  dihydrolipoamide dehydrogenase  85.89 
 
 
474 aa  842  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413471  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0433  dihydrolipoamide dehydrogenase  92 
 
 
475 aa  898  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.06937e-06 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0662  dihydrolipoamide dehydrogenase  85.47 
 
 
474 aa  835  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.42488  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3415  dihydrolipoamide dehydrogenase  97.68 
 
 
475 aa  941  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  2.33503e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1988  dihydrolipoamide dehydrogenase  84.63 
 
 
475 aa  836  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3911  dihydrolipoamide dehydrogenase  95.79 
 
 
475 aa  922  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  4.50783e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3775  dihydrolipoamide dehydrogenase  94.53 
 
 
476 aa  918  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  4.42431e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3597  dihydrolipoamide dehydrogenase  99.79 
 
 
475 aa  957  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000546829  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0430  dihydrolipoamide dehydrogenase  100 
 
 
475 aa  959  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  1.1549e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1093  dihydrolipoamide dehydrogenase  83.16 
 
 
474 aa  813  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.136846  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3360  dihydrolipoamide dehydrogenase  84.63 
 
 
474 aa  828  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00229851  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3352  dihydrolipoamide dehydrogenase  77.38 
 
 
474 aa  771  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  1.57637e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03462  dihydrolipoamide dehydrogenase  84.43 
 
 
476 aa  819  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0120  dihydrolipoamide dehydrogenase  85.89 
 
 
474 aa  842  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0447957  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0118  dihydrolipoamide dehydrogenase  85.89 
 
 
474 aa  842  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00709642  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0173  dihydrolipoamide dehydrogenase  86.11 
 
 
474 aa  842  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03223  dihydrolipoamide dehydrogenase  76.11 
 
 
473 aa  738  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.416876  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2925  dihydrolipoamide dehydrogenase  78.53 
 
 
474 aa  786  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.324893 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002552  dihydrolipoamide dehydrogenase of pyruvate dehydrogenase complex  84.63 
 
 
475 aa  827  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0377  dihydrolipoamide dehydrogenase  88.84 
 
 
476 aa  876  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00349282 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3752  dihydrolipoamide dehydrogenase  85.26 
 
 
474 aa  837  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.361486  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3566  dihydrolipoamide dehydrogenase  85.05 
 
 
474 aa  839  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0636  dihydrolipoamide dehydrogenase  85.26 
 
 
474 aa  839  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4805  dihydrolipoamide dehydrogenase  71.79 
 
 
477 aa  707  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0676  dihydrolipoamide dehydrogenase  85.68 
 
 
474 aa  843  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0426  dihydrolipoamide dehydrogenase  99.58 
 
 
475 aa  956  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3854  dihydrolipoamide dehydrogenase  95.79 
 
 
475 aa  925  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.075768  hitchhiker  3.45632e-07 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0123  dihydrolipoamide dehydrogenase  85.89 
 
 
495 aa  841  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00461139  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2623  dihydrolipoamide dehydrogenase  84.42 
 
 
475 aa  835  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.798797  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00115  dihydrolipoamide dehydrogenase  85.89 
 
 
474 aa  842  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0167  dihydrolipoamide dehydrogenase  85.89 
 
 
474 aa  842  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.735558  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3486  dihydrolipoamide dehydrogenase  85.89 
 
 
474 aa  842  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0176  dihydrolipoamide dehydrogenase  85.68 
 
 
475 aa  841  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3247  dihydrolipoamide dehydrogenase  65.61 
 
 
595 aa  631  1e-180  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.639352 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2589  dihydrolipoamide dehydrogenase  65.68 
 
 
600 aa  632  1e-180  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.835737  decreased coverage  0.000383256 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1135  dihydrolipoamide dehydrogenase  66.31 
 
 
589 aa  632  1e-180  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.373004  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1616  dihydrolipoamide dehydrogenase  66.11 
 
 
593 aa  633  1e-180  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00163952  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1468  dihydrolipoamide dehydrogenase  65.19 
 
 
685 aa  632  1e-180  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0186247  normal  0.515746 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4916  dihydrolipoamide dehydrogenase  65.61 
 
 
595 aa  631  1e-180  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1543  dihydrolipoamide dehydrogenase  65.61 
 
 
603 aa  629  1e-179  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.110052  normal  0.0211512 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2153  dihydrolipoamide dehydrogenase  66.1 
 
 
590 aa  630  1e-179  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0291933  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2135  dihydrolipoamide dehydrogenase  66.1 
 
 
588 aa  630  1e-179  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2610  pyruvate dehydrogenase complex E3 component, dihydrolipoamide dehydrogenase  64.77 
 
 
589 aa  628  1e-179  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1866  pyruvate dehydrogenase, E3 component, dihydrolipoamide dehydrogenase  66.1 
 
 
589 aa  629  1e-179  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.114372  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5441  dihydrolipoamide dehydrogenase  65.68 
 
 
588 aa  630  1e-179  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5942  dihydrolipoamide dehydrogenase  66.1 
 
 
588 aa  630  1e-179  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00253524  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6503  dihydrolipoamide dehydrogenase  65.46 
 
 
592 aa  627  1e-178  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.120205  normal  0.402945 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2172  dihydrolipoamide dehydrogenase  64.98 
 
 
588 aa  627  1e-178  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2665  pyruvate dehydrogenase complex E3 component, dihydrolipoamide dehydrogenase  64.77 
 
 
589 aa  627  1e-178  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1500  pyruvate dehydrogenase complex E3 component, dihydrolipoamide dehydrogenase  64.77 
 
 
589 aa  627  1e-178  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.628337  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3092  pyruvate dehydrogenase, E3 component, dihydrolipoamide dehydrogenase  64.77 
 
 
589 aa  627  1e-178  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0122251  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1719  pyruvate dehydrogenase, E3 component, dihydrolipoamide dehydrogenase  64.77 
 
 
589 aa  627  1e-178  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0148218  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2743  pyruvate dehydrogenase, E3 component, dihydrolipoamide dehydrogenase  64.77 
 
 
589 aa  627  1e-178  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2228  pyruvate dehydrogenase, E3 component, dihydrolipoamide dehydrogenase  64.77 
 
 
589 aa  627  1e-178  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.467573  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2045  dihydrolipoamide dehydrogenase  65.25 
 
 
592 aa  625  1e-178  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0571  dihydrolipoyl dehydrogenase, E3 component of pyruvate dehydrogenases complex  63.87 
 
 
474 aa  619  1e-176  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1612  dihydrolipoamide dehydrogenase  63.87 
 
 
474 aa  618  1e-176  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1459  lipoamide dehydrogenase  63.66 
 
 
474 aa  615  1e-175  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1524  lipoamide dehydrogenase  63.66 
 
 
474 aa  615  1e-175  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1306  dihydrolipoamide dehydrogenase  65.06 
 
 
593 aa  611  1e-174  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1199  dihydrolipoamide dehydrogenase  64.64 
 
 
592 aa  612  1e-174  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  2.5561e-07  normal  0.645323 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0736  dihydrolipoamide dehydrogenase  63.24 
 
 
594 aa  605  1e-172  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.871473  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2076  dihydrolipoamide dehydrogenase  64.27 
 
 
588 aa  602  1e-171  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3197  dihydrolipoamide dehydrogenase  64.42 
 
 
605 aa  602  1e-171  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0510  pyruvate dehydrogenase complex, E3 component, dihydrolipoamide dehydrogenase  62 
 
 
470 aa  603  1e-171  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0251745  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1603  dihydrolipoamide dehydrogenase  63.96 
 
 
594 aa  602  1e-171  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00100727  normal  0.394901 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0440  dihydrolipoamide dehydrogenase  62.13 
 
 
591 aa  600  1e-170  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.46872  normal  0.0861409 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2965  dihydrolipoamide dehydrogenase  60.59 
 
 
680 aa  601  1e-170  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.155449  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6299  dihydrolipoamide dehydrogenase  61.91 
 
 
625 aa  599  1e-170  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0179219 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1241  dihydrolipoamide dehydrogenase  61.86 
 
 
599 aa  595  1e-169  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1086  dihydrolipoamide dehydrogenase  62.61 
 
 
587 aa  595  1e-169  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0812203  normal  0.813461 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3520  dihydrolipoamide dehydrogenase  61.47 
 
 
602 aa  590  1e-167  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.501053  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7193  dihydrolipoamide dehydrogenase  61.28 
 
 
619 aa  588  1e-167  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1003  dihydrolipoamide dehydrogenase  60.17 
 
 
594 aa  585  1e-166  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.851611  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1966  dihydrolipoyl dehydrogenase  62.92 
 
 
580 aa  580  1e-164  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.258169  normal  0.0783557 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03103  dihydrolipoamide dehydrogenase  60.63 
 
 
607 aa  576  1e-163  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5336  dihydrolipoamide dehydrogenase  60.51 
 
 
590 aa  572  1e-162  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.110925  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1911  dihydrolipoamide dehydrogenase  59.5 
 
 
603 aa  571  1e-162  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00687521  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1554  dihydrolipoamide dehydrogenase  59.07 
 
 
589 aa  568  1e-161  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1981  dihydrolipoamide dehydrogenase  59.29 
 
 
603 aa  568  1e-161  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.01171  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2454  dihydrolipoamide dehydrogenase  60.3 
 
 
579 aa  565  1e-160  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154303  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2165  dihydrolipoamide dehydrogenase  59.3 
 
 
610 aa  564  1e-159  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.327793  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3002  pyruvate dehydrogenase complex, E3 component, dihydrolipoamide dehydrogenase  60.99 
 
 
473 aa  549  1e-155  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2096  dihydrolipoamide dehydrogenase  59.22 
 
 
616 aa  547  1e-154  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.210569 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0515  dihydrolipoamide dehydrogenase  58.63 
 
 
626 aa  546  1e-154  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>