227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0399 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009665  Shew185_3965  DNA-binding protein Fis  100 
 
 
101 aa  208  2e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371172  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0393  DNA-binding protein Fis  100 
 
 
101 aa  208  2e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4081  DNA-binding protein Fis  100 
 
 
101 aa  208  2e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000177754  decreased coverage  0.00423151 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0399  DNA-binding protein Fis  100 
 
 
101 aa  208  2e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000548322  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3626  DNA-binding protein Fis  100 
 
 
101 aa  208  2e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000770874  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0398  DNA-binding protein Fis  100 
 
 
101 aa  208  2e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000307765  normal  0.122976 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3940  DNA-binding protein Fis  100 
 
 
101 aa  208  2e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000468253  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3444  DNA-binding protein Fis  100 
 
 
101 aa  208  2e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000237812  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3888  DNA-binding protein Fis  100 
 
 
101 aa  208  2e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000764987  hitchhiker  0.00000933186 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0444  DNA-binding protein Fis  98.02 
 
 
101 aa  206  1e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000879292  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4119  DNA-binding protein Fis  97.03 
 
 
101 aa  204  3e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000216214  hitchhiker  0.000721764 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0504  DNA-binding protein Fis  97.03 
 
 
101 aa  204  3e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000000783095  normal  0.0371482 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0453  DNA-binding protein Fis  97.03 
 
 
101 aa  204  4e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000115893  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3226  DNA-binding protein Fis  95.05 
 
 
101 aa  199  8e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000444169  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0389  DNA-binding protein Fis  94.06 
 
 
101 aa  198  1.9999999999999998e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000131756  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0329  DNA-binding protein Fis  94.06 
 
 
101 aa  198  1.9999999999999998e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000805159  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0236  DNA-binding protein Fis  63.73 
 
 
98 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0240  DNA-binding protein Fis  63.73 
 
 
98 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3216  factor-for-inversion stimulation protein  65 
 
 
99 aa  129  1.0000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.563932 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3689  DNA-binding protein Fis  63.73 
 
 
98 aa  129  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.833097  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3847  DNA-binding protein Fis  63.73 
 
 
98 aa  129  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0620041  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2839  DNA-binding protein Fis  63.37 
 
 
98 aa  129  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00104382  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0452  DNA-binding protein Fis  62.75 
 
 
98 aa  128  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00171751  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0385  DNA-binding protein Fis  62.75 
 
 
98 aa  128  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000156928  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1212  DNA-binding protein Fis  62.75 
 
 
98 aa  128  3e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000114022  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3700  DNA-binding protein Fis  62.75 
 
 
98 aa  128  3e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.277381  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03119  DNA-binding protein Fis  62.75 
 
 
98 aa  127  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.960788  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0445  transcriptional regulator, Fis family  62.75 
 
 
98 aa  127  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000448137  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3644  DNA-binding protein Fis  62.75 
 
 
98 aa  127  4.0000000000000003e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000139973  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3649  DNA-binding protein Fis  62.75 
 
 
98 aa  127  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000862266  hitchhiker  0.00112277 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3556  DNA-binding protein Fis  62.75 
 
 
98 aa  127  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000502952  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03070  hypothetical protein  62.75 
 
 
98 aa  127  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.927386  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3746  DNA-binding protein Fis  62.75 
 
 
98 aa  127  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336204  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0445  DNA-binding protein Fis  62.75 
 
 
98 aa  127  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0195493  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3577  DNA-binding protein Fis  62.75 
 
 
98 aa  127  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000302327  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4424  DNA-binding protein Fis  62.75 
 
 
98 aa  127  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000030855  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3683  DNA-binding protein Fis  62.75 
 
 
98 aa  127  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0136489  normal  0.0959098 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3454  DNA-binding protein Fis  62.75 
 
 
98 aa  127  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000419998  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3576  DNA-binding protein Fis  62.75 
 
 
98 aa  127  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000234977  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3746  DNA-binding protein Fis  62.75 
 
 
98 aa  127  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000657586  normal  0.0919555 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4578  DNA-binding protein Fis  62.75 
 
 
98 aa  127  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000179664  normal  0.144868 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002193  NA-binding protein Fis  62.38 
 
 
98 aa  124  4.0000000000000003e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000234513  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00175  DNA-binding protein Fis  62.38 
 
 
98 aa  124  4.0000000000000003e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2685  DNA-binding protein Fis  62.38 
 
 
98 aa  124  4.0000000000000003e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000430069  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0564  DNA-binding protein Fis  71.43 
 
 
98 aa  117  4.9999999999999996e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000303285  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0551  DNA-binding protein Fis  53.47 
 
 
95 aa  108  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000274853  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0807  methyltransferase  63.01 
 
 
105 aa  108  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.792311  normal  0.964026 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3449  DNA-binding protein Fis  54.26 
 
 
105 aa  105  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03938  Factor for inversion stimulation Fis, transcriptional activator  55.45 
 
 
97 aa  104  5e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.102768  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64190  DNA-binding protein Fis  60.27 
 
 
107 aa  103  9e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.575657  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5573  DNA-binding protein Fis  60.27 
 
 
92 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2986  Fis family transcriptional regulator  56.25 
 
 
92 aa  102  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.48198  normal  0.671842 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0269  helix-turn-helix, Fis-type  64.47 
 
 
97 aa  102  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00086435  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4611  DNA-binding protein Fis  58.9 
 
 
106 aa  99.4  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0728399 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06900  DNA-binding protein Fis  58.9 
 
 
92 aa  99.8  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291506  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4821  DNA-binding protein Fis  58.9 
 
 
106 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4696  DNA-binding protein Fis  58.9 
 
 
106 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4874  DNA-binding protein Fis  58.9 
 
 
106 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0709  DNA-binding protein Fis  57.53 
 
 
106 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4865  DNA-binding protein Fis  56.16 
 
 
104 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4405  DNA-binding protein Fis  56.16 
 
 
106 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.435019  normal  0.32074 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0614  DNA-binding protein Fis  56.16 
 
 
106 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.233329  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2288  DNA-binding protein Fis  54.32 
 
 
99 aa  93.6  9e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2001  Fis family transcriptional regulator  51.39 
 
 
98 aa  88.2  3e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0124227  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3654  DNA-binding protein Fis  45.45 
 
 
91 aa  85.9  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.747807 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02996  DNA-binding protein Fis  48.24 
 
 
90 aa  85.5  2e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1471  Fis-type transcriptional activator  52.11 
 
 
119 aa  84.3  4e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.161075  unclonable  0.000000848327 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0362  Factor for inversion stimulation Fis transcriptional activator-like protein  49.28 
 
 
86 aa  83.6  8e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1049  helix-turn-helix, Fis-type  39.6 
 
 
108 aa  82.8  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.025247  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1650  helix-turn-helix, Fis-type  50.7 
 
 
118 aa  82.8  0.000000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000584341 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0610  helix-turn-helix, Fis-type  48.72 
 
 
95 aa  82.4  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0780111  hitchhiker  0.0000000130599 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0976  DNA-binding protein Fis  47.06 
 
 
90 aa  82  0.000000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.899892  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0858  DNA-binding protein Fis  47.06 
 
 
90 aa  82  0.000000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2457  DNA-binding protein Fis  52.17 
 
 
79 aa  81.3  0.000000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0444  DNA-binding protein Fis  43.9 
 
 
97 aa  80.9  0.000000000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  3.35134e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1742  DNA-binding protein fis  43.9 
 
 
103 aa  80.9  0.000000000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000000872165  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2247  transcriptional regulator, Fis family  45.83 
 
 
110 aa  80.5  0.000000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.817534  normal  0.20884 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1324  hypothetical protein  49.37 
 
 
98 aa  80.1  0.000000000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1321  hypothetical protein  49.37 
 
 
98 aa  80.1  0.000000000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1623  Fis family transcriptional regulator  45.07 
 
 
113 aa  79.7  0.00000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000554407  unclonable  0.000000000296435 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0132  Fis family transcriptional regulator  48.48 
 
 
80 aa  77.8  0.00000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.443313  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1746  DNA-binding protein Fis  40.51 
 
 
96 aa  77  0.00000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0606  hypothetical protein  46.38 
 
 
93 aa  76.6  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0587  hypothetical protein  46.38 
 
 
93 aa  76.6  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1444  transcriptional regulator, Fis family  49.28 
 
 
78 aa  76.3  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2357  DNA-binding protein Fis  47.06 
 
 
77 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3402  DNA-binding protein Fis  47.06 
 
 
77 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.392586  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1251  DNA-binding protein Fis  47.06 
 
 
77 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0271  DNA-binding protein Fis  47.06 
 
 
77 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1132  DNA-binding protein Fis  47.06 
 
 
77 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.422696  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3361  DNA-binding protein Fis  47.06 
 
 
77 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3397  DNA-binding protein Fis  47.06 
 
 
77 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2537  DNA-binding protein Fis  47.06 
 
 
77 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.933871  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2692  DNA-binding protein Fis  45.07 
 
 
77 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.460347  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2552  DNA-binding protein Fis  47.06 
 
 
77 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130025  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3340  DNA-binding protein Fis  47.06 
 
 
77 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0316477 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0620  DNA-binding protein Fis  47.06 
 
 
77 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.25441  normal  0.67973 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0350  helix-turn-helix, Fis-type  46.58 
 
 
78 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.242968 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0611  DNA-binding protein Fis  45.07 
 
 
77 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.399503 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0659  DNA-binding protein Fis  45.07 
 
 
77 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>