More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0304 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0951  TonB-dependent siderophore receptor  48.35 
 
 		 732 aa  706    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3178  ferric aerobactin receptor IutA  48.35 
 
 		 733 aa  700    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.911837 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0710  TonB-dependent siderophore receptor  46.29 
 
 		 726 aa  681    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0782  TonB-dependent siderophore receptor  46.29 
 
 		 726 aa  681    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4630  ferric aerobactin receptor IutA  47.18 
 
 		 732 aa  699    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0304  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 		 745 aa  1524    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0244305  normal  0.816396 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3720  TonB-dependent siderophore receptor  98.39 
 
 		 745 aa  1507    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00118596  normal  0.0278628 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5381  putative TonB-dependent receptor  45.15 
 
 		 764 aa  650    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61850  putative TonB-dependent receptor  45.49 
 
 		 742 aa  647    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00865386 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0194  TonB-dependent siderophore receptor  46.15 
 
 		 726 aa  677    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0233266 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0299  TonB-dependent siderophore receptor  97.32 
 
 		 745 aa  1493    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000445581  hitchhiker  0.000163743 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0918  TonB-dependent siderophore receptor  48.32 
 
 		 746 aa  698    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0279  ferric aerobactin receptor precursor  42.93 
 
 		 723 aa  595  1e-169  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652222  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2193  TonB-dependent siderophore receptor  42.14 
 
 		 817 aa  588  1e-166  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.819603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3544  TonB-dependent siderophore receptor  42.01 
 
 		 808 aa  588  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1817  TonB-dependent siderophore receptor  41.6 
 
 		 808 aa  580  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.673878  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000078  aerobactin siderophore receptor iutA  42.3 
 
 		 723 aa  550  1e-155  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.709087  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1056  TonB-dependent receptor  39.52 
 
 		 698 aa  513  1e-144  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0075  TonB-dependent receptor  29.19 
 
 		 751 aa  311  2.9999999999999997e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.612436  normal  0.5792 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3089  TonB-dependent receptor  30.27 
 
 		 758 aa  311  4e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.329983  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1106  TonB-dependent receptor, plug  27.89 
 
 		 755 aa  268  4e-70  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0582  TonB-dependent receptor, plug  26.98 
 
 		 709 aa  253  1e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000470025  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2840  TonB-dependent siderophore receptor  29.16 
 
 		 849 aa  247  4.9999999999999997e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000068938  normal  0.338102 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4019  siderophore receptor  28.04 
 
 		 816 aa  240  6.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.752702  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46640  siderophore receptor  28.09 
 
 		 813 aa  240  8e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.010692  hitchhiker  0.000000903307 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1118  TonB-dependent siderophore receptor  26.91 
 
 		 839 aa  223  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.220964  normal  0.940906 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5892  TonB-dependent siderophore receptor  27.52 
 
 		 843 aa  217  5.9999999999999996e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00873  ferric siderophore receptor outer membrane signal peptide protein  27.49 
 
 		 812 aa  213  7.999999999999999e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0286  TonB-dependent receptor  27.58 
 
 		 723 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000746849  unclonable  0.000000000233468 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0298  TonB-dependent receptor  28.74 
 
 		 725 aa  201  3e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000594671  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0401  TonB-dependent receptor  26.25 
 
 		 723 aa  201  6e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000584805  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0291  TonB-dependent receptor  28.61 
 
 		 725 aa  200  9e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000897487  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0977  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 		 718 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0303  TonB-dependent receptor  28.61 
 
 		 725 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00017573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0299  TonB-dependent receptor  28.48 
 
 		 725 aa  196  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00020356  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0286  TonB-dependent receptor  26.8 
 
 		 723 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000335146  unclonable  0.000000000154672 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3733  TonB-dependent receptor  26.8 
 
 		 723 aa  191  5e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000345554  unclonable  0.000038397 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1044  TonB-dependent receptor  26.71 
 
 		 721 aa  188  4e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1430  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 		 738 aa  187  6e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2678  TonB-dependent receptor  26.25 
 
 		 704 aa  185  3e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00160385  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1820  TonB-dependent receptor  26.2 
 
 		 697 aa  183  1e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000291802  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01762  hypothetical protein  24.71 
 
 		 714 aa  182  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1522  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 		 701 aa  180  9e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06011  hypothetical protein  25.99 
 
 		 713 aa  176  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2941  TonB-dependent receptor  25.3 
 
 		 701 aa  173  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.80569  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0468  TonB-dependent receptor  25.26 
 
 		 700 aa  169  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0763  TonB-dependent receptor plug  25.67 
 
 		 783 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.945699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1688  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 710 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00738992  normal  0.0180451 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0392  TonB-dependent receptor, plug  24.75 
 
 		 717 aa  163  1e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.829697  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1496  TonB-dependent receptor  26.21 
 
 		 716 aa  161  5e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0587  TonB-dependent receptor  25.16 
 
 		 753 aa  159  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.210295 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4213  putative ferric aerobactin receptor  24.53 
 
 		 721 aa  153  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0587  hemin uptake system outer membrane receptor  24.53 
 
 		 771 aa  151  4e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.75575  normal  0.678568 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2145  TonB-dependent receptor  25.51 
 
 		 809 aa  147  8.000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.085277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2885  histidine kinase  24.24 
 
 		 704 aa  138  3.0000000000000003e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000018886  decreased coverage  0.000177766 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2402  TonB-dependent receptor, plug  25.49 
 
 		 724 aa  137  5e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000227129  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1394  TonB-dependent receptor, plug  23.64 
 
 		 713 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0833322 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0029  TonB-dependent receptor  24.33 
 
 		 716 aa  134  5e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.241491  normal  0.0713753 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0558  TonB-dependent receptor plug  24.17 
 
 		 817 aa  131  4.0000000000000003e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000000727933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3260  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 		 739 aa  125  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3918  TonB-dependent receptor  23.05 
 
 		 728 aa  121  4.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.665207  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4423.1  ferric aerobactin receptor  28.35 
 
 		 332 aa  115  3e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  22.72 
 
 		 698 aa  79  0.0000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  29.34 
 
 		 646 aa  76.3  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1506  TonB-dependent receptor  30.73 
 
 		 707 aa  75.9  0.000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  34.3 
 
 		 593 aa  73.6  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1741  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  30.22 
 
 		 661 aa  71.6  0.00000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000016514  normal  0.0458944 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4218  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  29.04 
 
 		 862 aa  71.2  0.00000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 		 613 aa  70.9  0.00000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2341  TonB-dependent receptor  35.29 
 
 		 764 aa  70.9  0.00000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1237  TonB-dependent receptor  28.5 
 
 		 736 aa  70.9  0.00000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01534  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  28.57 
 
 		 647 aa  69.7  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  22.84 
 
 		 675 aa  69.7  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0203  TonB-dependent receptor, plug  31.55 
 
 		 700 aa  69.3  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.583502  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  29.94 
 
 		 659 aa  68.6  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0570  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  30.05 
 
 		 675 aa  68.6  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.168599  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  29.94 
 
 		 663 aa  68.6  0.0000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  29.94 
 
 		 663 aa  68.2  0.0000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  29.94 
 
 		 663 aa  68.6  0.0000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  29.94 
 
 		 663 aa  68.2  0.0000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  29.94 
 
 		 663 aa  68.2  0.0000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  29.94 
 
 		 663 aa  68.2  0.0000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1927  TonB dependent receptor  21.93 
 
 		 725 aa  67.8  0.0000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0622578  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1006  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  28.69 
 
 		 759 aa  67.4  0.0000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1005  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  28.28 
 
 		 862 aa  67.4  0.0000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2172  TonB-dependent receptor, plug  31.02 
 
 		 687 aa  67  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1043  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  28.69 
 
 		 862 aa  67  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  29.39 
 
 		 634 aa  66.2  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  23.16 
 
 		 710 aa  66.6  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1859  TonB-dependent receptor plug  31.03 
 
 		 686 aa  66.2  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000014407  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39650  putative TonB-dependent receptor  30.18 
 
 		 653 aa  66.2  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  30.95 
 
 		 623 aa  65.9  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2744  TonB-dependent receptor  29.95 
 
 		 701 aa  65.9  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0185  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  31.85 
 
 		 728 aa  65.5  0.000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0848528 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  33.74 
 
 		 642 aa  65.5  0.000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1838  TonB-dependent receptor, putative  25.81 
 
 		 839 aa  65.5  0.000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000660835  normal  0.0669762 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  31.88 
 
 		 641 aa  65.1  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.010442 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1266  TonB-dependent receptor  31.9 
 
 		 679 aa  65.1  0.000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0152296  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0909  putative TonB-dependent receptor  23.58 
 
 		 711 aa  65.1  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.622893  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4414  TonB-dependent receptor plug  31.98 
 
 		 639 aa  64.7  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>