147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0233 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0265  hypothetical protein  93.01 
 
 
415 aa  777    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4022  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  85.61 
 
 
417 aa  718    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000167013  hitchhiker  0.0000372591 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0233  TPR repeat-containing protein  100 
 
 
415 aa  848    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00046465  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0228  TPR repeat-containing protein  99.52 
 
 
415 aa  845    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32958  hitchhiker  0.0059641 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0233  TPR repeat-containing protein  95.9 
 
 
415 aa  798    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0207631  unclonable  0.0000000000607109 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0247  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  72.66 
 
 
417 aa  639    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00131868  normal  0.0142008 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  85.61 
 
 
417 aa  718    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000137712  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3725  TPR repeat-containing protein  89.16 
 
 
415 aa  744    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.231024  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0230  tetratricopeptide domain-containing protein  86.57 
 
 
417 aa  722    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000773017  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0233  tetratricopeptide domain protein  86.33 
 
 
417 aa  722    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000133281  normal  0.136922 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  68.51 
 
 
416 aa  610  1e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000855985 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0181  TPR repeat-containing protein  68.9 
 
 
417 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113058  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0192  TPR repeat-containing protein  70.91 
 
 
416 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000308025  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0217  TPR repeat-containing protein  69.14 
 
 
417 aa  593  1e-168  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270987  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4285  TPR repeat-containing protein  66.75 
 
 
415 aa  574  1.0000000000000001e-163  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000188069 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3567  tetratricopeptide region  53.61 
 
 
403 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.359938  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1038  putative cytochromre c biogenesis protein  33.41 
 
 
432 aa  229  6e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.944461  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3645  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.58 
 
 
396 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0927546  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1585  cytochrome c-type biogenesis protein  31.01 
 
 
400 aa  181  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159255  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1548  TPR repeat-containing protein  32.29 
 
 
398 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.608789  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2783  TPR repeat-containing protein  30.64 
 
 
403 aa  179  9e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.924428 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3888  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  32.24 
 
 
398 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3385  TPR repeat-containing protein  31.16 
 
 
397 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.469456  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1206  hypothetical protein  28.57 
 
 
436 aa  162  8.000000000000001e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45280  cytochrome c-type biogenesis protein  31.34 
 
 
407 aa  160  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.614364  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1405  TPR repeat-containing protein  28.88 
 
 
399 aa  157  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00694073  normal  0.0323168 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1878  cytochrome c biogenesis factor-like  28.41 
 
 
418 aa  156  6e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000213055  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1952  TPR repeat-containing protein  29.06 
 
 
424 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.698376  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3844  cytochrome c-type biogenesis protein  31.05 
 
 
406 aa  149  7e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30370  cytochrome c biogenesis protein  28.43 
 
 
405 aa  145  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0940  cytochrome c biogenesis factor  27.74 
 
 
427 aa  139  7.999999999999999e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0687365  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1552  TPR repeat-containing protein  33.09 
 
 
443 aa  138  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.35552 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0415  TPR domain-containing protein  25.75 
 
 
405 aa  124  4e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  33.21 
 
 
389 aa  123  5e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3874  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  44.96 
 
 
224 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3539  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  44.96 
 
 
224 aa  114  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0492  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  44.19 
 
 
224 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2426  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  29.96 
 
 
276 aa  113  6e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0491  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  44.19 
 
 
224 aa  113  6e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03127  hypothetical protein  25.35 
 
 
405 aa  112  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3361  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  34.97 
 
 
226 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3248  tetratricopeptide TPR_2  23.47 
 
 
433 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0482  formate-dependent nitrite reductase, nrfG protein  33.52 
 
 
224 aa  108  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002849  cytochrome c heme lyase subunit CcmH  25.35 
 
 
404 aa  107  5e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1375  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  25.07 
 
 
399 aa  106  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2729  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  28.52 
 
 
275 aa  105  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3772  TPR repeat-containing protein  28.3 
 
 
405 aa  105  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.291283  normal  0.0233745 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3916  TPR repeat-containing protein  37.04 
 
 
198 aa  104  4e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4597  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  36.3 
 
 
198 aa  103  5e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4535  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  36.64 
 
 
206 aa  103  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4321  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  36.3 
 
 
198 aa  103  5e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4632  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  36.3 
 
 
198 aa  103  5e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3951  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  36.3 
 
 
198 aa  103  6e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4538  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  36.3 
 
 
198 aa  103  6e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5581  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  36.3 
 
 
198 aa  103  6e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03948  heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfG  36.3 
 
 
198 aa  103  7e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03908  hypothetical protein  36.3 
 
 
198 aa  103  7e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4541  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  36.64 
 
 
206 aa  103  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.942267  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4627  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  36.64 
 
 
206 aa  103  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.322322  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4626  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  36.64 
 
 
206 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  0.70936 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4676  formate-dependent nitrite reductase complex subunit NrfG  36.64 
 
 
206 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.248769  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1510  TPR repeat-containing protein  24.68 
 
 
395 aa  102  1e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0037  tetratricopeptide TPR_2  27.69 
 
 
466 aa  101  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0506  TPR repeat-containing protein  30.29 
 
 
237 aa  102  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.979581  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3999  formate-dependent nitrite reductase, NrfG protein  39.06 
 
 
228 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4773  TPR repeat-containing protein  27.56 
 
 
405 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1996  putative formate-dependent nitrite reductase complex NrfG subunit  34.34 
 
 
214 aa  101  3e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3999  TPR repeat-containing protein  27.17 
 
 
279 aa  99.8  8e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.824012  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1414  TPR repeat-containing protein  25.76 
 
 
296 aa  97.4  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47005  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003112  cytochrome c-type heme lyase subunit nrfG nitrite reductase complex assembly  32.88 
 
 
207 aa  90.5  4e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.298519  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3016  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.84 
 
 
428 aa  90.5  6e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169266  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0351  TPR repeat-containing protein  29.9 
 
 
230 aa  89  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.590847  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02729  hypothetical protein  30 
 
 
207 aa  89.4  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0485  cytochrome c biogenesis factor-like protein  30.67 
 
 
235 aa  89  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.653619  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1637  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  23.42 
 
 
404 aa  87.8  4e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00151362  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0496  TPR repeat-containing protein  28 
 
 
240 aa  87  5e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2273  putative cytochrome c-type biogenesis protein precursor  23.54 
 
 
404 aa  86.3  9e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.21015  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3383  TPR repeat-containing protein  22.79 
 
 
403 aa  85.9  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4453  TPR repeat-containing protein  26.86 
 
 
234 aa  84  0.000000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  26.17 
 
 
407 aa  82  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00857  C-type cytochrome biogenesis protein  27.14 
 
 
337 aa  81.6  0.00000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0160973  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06070  C-type cytochrome biogenesis protein  27.14 
 
 
337 aa  81.6  0.00000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000967954  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3407  TPR repeat-containing protein  25.61 
 
 
387 aa  80.9  0.00000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.270248  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1504  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  23.86 
 
 
408 aa  79.3  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00909547  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1395  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.28 
 
 
408 aa  78.6  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  24.04 
 
 
408 aa  77.4  0.0000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0482  hypothetical protein  25 
 
 
245 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.62875  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1351  putative cytochrome c-type biogenesis protein  21.41 
 
 
426 aa  70.1  0.00000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.307136  normal  0.0884776 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1740  putative cytochrome c-type biogenesis protein  22.5 
 
 
426 aa  69.3  0.0000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000153485  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4474  hypothetical protein  26.56 
 
 
239 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0633  cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  22.38 
 
 
389 aa  67.4  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545808  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4991  cytochrome c-type biogenesis protein CcmI  22.71 
 
 
495 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000230784 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0377  putative cytochrome c-type biogenesis protein  24.61 
 
 
312 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0131086 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03066  putative cytochrome c-type biogenesis protein  20.38 
 
 
428 aa  63.2  0.000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1656  TPR repeat-containing protein  23.7 
 
 
283 aa  60.8  0.00000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1558  cytochrome c-type biogenesis protein  21.82 
 
 
426 aa  60.1  0.00000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144138  normal  0.094009 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0926  hypothetical protein  28.32 
 
 
228 aa  59.3  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0895  hypothetical protein  28.32 
 
 
228 aa  59.3  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0451  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.85 
 
 
251 aa  57.8  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000076324  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3408  cytochrome c-type biogenesis protein CycH  23.29 
 
 
393 aa  56.6  0.0000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285071  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>