More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0156 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  100 
 
 
700 aa  1420  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  56.99 
 
 
675 aa  758  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  84.92 
 
 
714 aa  1214  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  9.53864e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  93.47 
 
 
706 aa  1316  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  86.7 
 
 
710 aa  1222  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  84.9 
 
 
724 aa  1217  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  53.29 
 
 
686 aa  688  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  53.14 
 
 
686 aa  686  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  93.46 
 
 
705 aa  1323  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  53.29 
 
 
686 aa  688  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  6.55056e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  93.17 
 
 
705 aa  1314  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  56.83 
 
 
681 aa  763  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  100 
 
 
700 aa  1420  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  82.6 
 
 
710 aa  1175  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  53.14 
 
 
686 aa  683  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  96.87 
 
 
702 aa  1350  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  83.78 
 
 
703 aa  1177  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  82.43 
 
 
705 aa  1165  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  53.9 
 
 
662 aa  707  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  93.87 
 
 
703 aa  1320  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  1.9891e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  56.21 
 
 
689 aa  746  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  54.88 
 
 
658 aa  715  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  85.94 
 
 
707 aa  1210  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  58.72 
 
 
697 aa  780  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2306  general secretion pathway protein D  54.87 
 
 
674 aa  708  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  93.3 
 
 
704 aa  1310  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  54.82 
 
 
672 aa  723  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  95.03 
 
 
704 aa  1331  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  53.29 
 
 
686 aa  688  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  6.64316e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  50.32 
 
 
640 aa  605  1e-172  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  50.8 
 
 
640 aa  607  1e-172  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  49.43 
 
 
655 aa  570  1e-161  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0438473 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  43.74 
 
 
650 aa  538  1e-151  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  43.59 
 
 
654 aa  537  1e-151  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  43.5 
 
 
654 aa  535  1e-150  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  45.87 
 
 
660 aa  505  1e-141  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3269  general secretion pathway protein D  40.64 
 
 
640 aa  471  1e-131  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  2.07036e-05  hitchhiker  1.78028e-15 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0953  general secretion pathway protein D  40.64 
 
 
640 aa  471  1e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.198389  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1004  general secretion pathway protein D  40.48 
 
 
640 aa  469  1e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  38.83 
 
 
655 aa  408  1e-112  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  37.89 
 
 
673 aa  395  1e-108  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  34.16 
 
 
670 aa  386  1e-106  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3580  helix-turn-helix, AraC type  36.09 
 
 
666 aa  357  4e-97  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18181  normal  0.716334 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2927  general secretion pathway protein D  36.04 
 
 
645 aa  347  3e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319356  normal  0.290619 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1470  general secretion pathway protein D  59.19 
 
 
714 aa  343  6e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23970  general secretion pathway protein D  35.23 
 
 
658 aa  338  2e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.598956  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  36.04 
 
 
658 aa  338  2e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1416  general secretion pathway protein D  36.78 
 
 
634 aa  337  4e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.67015  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0381  general secretion pathway protein D  34.95 
 
 
650 aa  334  3e-90  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.693227  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  34.4 
 
 
776 aa  332  2e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0141  general secretion pathway protein D  35.37 
 
 
725 aa  332  2e-89  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4160  general secretion pathway protein D  33.13 
 
 
748 aa  328  3e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  34.66 
 
 
703 aa  327  3e-88  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  31.35 
 
 
696 aa  324  4e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  57.04 
 
 
716 aa  323  6e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4180  general secretion pathway protein D  36.85 
 
 
650 aa  318  2e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304265  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  33.64 
 
 
758 aa  317  4e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2027  general secretion pathway protein D  35.21 
 
 
649 aa  309  9e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  31.89 
 
 
750 aa  307  3e-82  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  31.82 
 
 
740 aa  284  3e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  30.34 
 
 
738 aa  275  2e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0315  type II and III secretion system protein  30.84 
 
 
732 aa  273  8e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.713775 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  31.5 
 
 
793 aa  272  1e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  30.53 
 
 
717 aa  271  2e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  30.31 
 
 
682 aa  265  2e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  30.56 
 
 
807 aa  265  3e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  30.7 
 
 
728 aa  263  6e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  31.04 
 
 
736 aa  263  9e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  30.1 
 
 
747 aa  262  2e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  31.22 
 
 
702 aa  262  2e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  30.57 
 
 
803 aa  257  4e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  30.85 
 
 
748 aa  257  4e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  30.06 
 
 
753 aa  254  4e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.56806e-05 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  31.16 
 
 
799 aa  251  3e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1073  general secretion pathway protein D  30.01 
 
 
774 aa  251  4e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  30.38 
 
 
641 aa  241  3e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1087  general secretion pathway protein D  37.56 
 
 
584 aa  234  4e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.57571  normal  0.616621 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  29.45 
 
 
635 aa  231  2e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1046  general secretion pathway protein D  37.14 
 
 
584 aa  232  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.603917  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  31.52 
 
 
632 aa  231  4e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  30.15 
 
 
636 aa  230  6e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.68391e-06  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  29.55 
 
 
630 aa  226  1e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1281  general secretion pathway protein D  27.5 
 
 
648 aa  225  2e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1043  general secretion pathway protein D  36.9 
 
 
584 aa  221  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.795547  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  39.94 
 
 
810 aa  214  3e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  39.71 
 
 
805 aa  214  4e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  39.09 
 
 
787 aa  209  9e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  39 
 
 
781 aa  208  3e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  39.58 
 
 
781 aa  208  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  39.39 
 
 
771 aa  207  5e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  39.39 
 
 
777 aa  207  6e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  38.71 
 
 
781 aa  206  1e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  37.33 
 
 
783 aa  205  3e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0062  general secretion pathway protein D  38.79 
 
 
774 aa  202  2e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348368  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0008  Type II secretion system gspD  38.79 
 
 
774 aa  202  2e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03176  general secretory pathway component, cryptic  46.11 
 
 
338 aa  201  4e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0985911  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03127  hypothetical protein  46.11 
 
 
338 aa  201  4e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0771412  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0081  general secretion pathway protein D  38.48 
 
 
780 aa  200  6e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  37.61 
 
 
775 aa  200  6e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  36.31 
 
 
783 aa  199  1e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>