182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0099 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011094  SeSA_A0940  urocanate hydratase  73.9 
 
 
561 aa  846  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00715979  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2187  urocanate hydratase  79.6 
 
 
562 aa  912  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.155739  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4838  urocanate hydratase  91.35 
 
 
556 aa  1050  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0431  urocanate hydratase  77.57 
 
 
557 aa  886  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.145771  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0076  urocanate hydratase  74.45 
 
 
563 aa  860  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.64597  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1295  urocanate hydratase  77.41 
 
 
554 aa  887  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0784383  normal  0.0497778 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5083  urocanate hydratase  77.57 
 
 
557 aa  887  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.34014  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3338  urocanate hydratase  65.69 
 
 
552 aa  744  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0204874  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4138  urocanate hydratase  74.45 
 
 
568 aa  861  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.13459  normal  0.0575164 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1651  urocanate hydratase  73.06 
 
 
559 aa  843  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.506607  normal  0.280381 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2086  urocanate hydratase  79.42 
 
 
562 aa  908  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.951228  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0917  urocanate hydratase  73.9 
 
 
561 aa  846  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0937043  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0854  urocanate hydratase  73.71 
 
 
561 aa  845  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.668496  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2552  urocanate hydratase  77.78 
 
 
555 aa  879  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2819  urocanate hydratase  62.64 
 
 
549 aa  715  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00729  urocanate hydratase  74.32 
 
 
555 aa  832  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.985849  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2881  urocanate hydratase  72.63 
 
 
572 aa  838  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1532  urocanate hydratase  78.52 
 
 
562 aa  899  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1812  urocanate hydratase  78.88 
 
 
562 aa  902  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.596639  normal  0.348083 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1100  urocanate hydratase  79.96 
 
 
562 aa  914  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103939  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0150  urocanate hydratase  72.04 
 
 
577 aa  833  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.287406 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0102  urocanate hydratase  95.48 
 
 
555 aa  1087  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0097  urocanate hydratase  95.48 
 
 
555 aa  1084  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4452  urocanate hydratase  62.03 
 
 
554 aa  655  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0891581  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5833  urocanate hydratase  77.02 
 
 
559 aa  881  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.678329  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3902  urocanate hydratase  76.47 
 
 
563 aa  875  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.736698  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2399  urocanate hydratase  61.17 
 
 
553 aa  725  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4656  urocanate hydratase  74.59 
 
 
559 aa  840  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.312199  normal  0.0628347 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1893  urocanate hydratase  63.44 
 
 
550 aa  739  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0852  urocanate hydratase  69.43 
 
 
573 aa  810  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.371029  hitchhiker  0.00893346 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1433  urocanate hydratase  76.13 
 
 
557 aa  858  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2311  urocanate hydratase  64.59 
 
 
552 aa  734  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.599874  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0629  urocanate hydratase  61.68 
 
 
552 aa  696  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.317757  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4169  urocanate hydratase  90.63 
 
 
562 aa  1046  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0805  urocanate hydratase  75.55 
 
 
593 aa  870  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.392094  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4447  urocanate hydratase  88.83 
 
 
556 aa  1027  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02073  urocanate hydratase  82.52 
 
 
565 aa  944  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1461  urocanate hydratase  62.87 
 
 
549 aa  700  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.801738  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4086  urocanate hydratase  74.45 
 
 
563 aa  860  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2315  urocanate hydratase  62.25 
 
 
546 aa  674  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0641522  normal  0.0309572 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4907  urocanate hydratase  77.39 
 
 
557 aa  885  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.99976  normal  0.401042 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03127  urocanate hydratase  78.62 
 
 
563 aa  900  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1635  urocanate hydratase  59.74 
 
 
547 aa  641  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.787055 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4552  urocanate hydratase  75.27 
 
 
558 aa  866  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2159  urocanate hydratase  64.85 
 
 
551 aa  724  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0040  urocanate hydratase  61.17 
 
 
551 aa  647  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04280  urocanate hydratase  60.25 
 
 
570 aa  638  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2007  urocanate hydratase  62.73 
 
 
554 aa  707  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0339801  normal  0.22403 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0253  urocanate hydratase  57.8 
 
 
556 aa  636  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.242309 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1414  urocanate hydratase  68.23 
 
 
552 aa  788  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.359346  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6265  urocanate hydratase  62.06 
 
 
548 aa  643  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003722  urocanate hydratase  83.78 
 
 
565 aa  955  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.203993  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1593  urocanate hydratase  62.75 
 
 
554 aa  682  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3000  urocanate hydratase  60.62 
 
 
558 aa  665  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.136861  normal  0.10397 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0100  urocanate hydratase  60.07 
 
 
551 aa  678  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.431481 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2333  urocanate hydratase  59.55 
 
 
550 aa  646  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.345602  normal  0.755078 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1522  urocanate hydratase  60.4 
 
 
549 aa  700  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.492365  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4043  urocanate hydratase  56.42 
 
 
585 aa  644  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.487767  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3641  urocanate hydratase  60.77 
 
 
551 aa  686  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.278935  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1773  Urocanate hydratase  60.26 
 
 
551 aa  638  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0949014 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3618  urocanate hydratase  61.47 
 
 
551 aa  656  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0116497  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1265  urocanate hydratase  74.82 
 
 
563 aa  859  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2641  urocanate hydratase  73.78 
 
 
561 aa  846  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.990677  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6925  urocanate hydratase  75.86 
 
 
557 aa  844  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.102745  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1557  urocanate hydratase  65.69 
 
 
552 aa  748  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0743786  normal  0.0292483 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3759  urocanate hydratase  65.87 
 
 
552 aa  748  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.146391  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0102  urocanate hydratase  95.3 
 
 
555 aa  1083  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3684  urocanate hydratase  66.24 
 
 
552 aa  754  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000414953  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5930  urocanate hydratase  76.04 
 
 
557 aa  845  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.138114 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0707  urocanate hydratase  83.78 
 
 
564 aa  964  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.760092  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0885  urocanate hydratase  73.71 
 
 
561 aa  841  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0826  urocanate hydratase  73.9 
 
 
561 aa  846  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3661  urocanate hydratase  66.24 
 
 
552 aa  753  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1660  urocanate hydratase  59.78 
 
 
550 aa  655  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2475  urocanate hydratase  72.81 
 
 
572 aa  839  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.638897  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1282  urocanate hydratase  63.96 
 
 
552 aa  728  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0391092  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0159  urocanate hydratase  74.46 
 
 
572 aa  862  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1838  urocanate hydratase  60.83 
 
 
557 aa  635  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.227163  normal  0.0359313 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26180  urocanate hydratase  72.53 
 
 
559 aa  836  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.60353  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5956  urocanate hydratase  75.86 
 
 
557 aa  850  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1036  urocanate hydratase  73.14 
 
 
554 aa  843  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0275392  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2447  urocanate hydratase  63.35 
 
 
546 aa  667  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.557101  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2359  urocanate hydratase  63.35 
 
 
546 aa  678  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.629943  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4630  urocanate hydratase  76.5 
 
 
555 aa  880  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.324948  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5033  urocanate hydratase  77.39 
 
 
557 aa  885  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0083  urocanate hydratase  92.77 
 
 
564 aa  1032  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2945  urocanate hydratase  77.8 
 
 
562 aa  895  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.531544 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1164  urocanate hydratase  70.89 
 
 
572 aa  806  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.587396  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1042  urocanate hydratase  71.55 
 
 
579 aa  827  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0991609 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1508  urocanate hydratase  63.17 
 
 
546 aa  668  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1822  urocanate hydratase  79.24 
 
 
562 aa  902  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1304  urocanate hydratase  74.59 
 
 
556 aa  847  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.235615  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3711  urocanate hydratase  66.06 
 
 
552 aa  751  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0342728  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1930  urocanate hydratase  71.51 
 
 
572 aa  824  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2854  urocanate hydratase  75.5 
 
 
568 aa  874  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.289939  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1021  urocanate hydratase  78.16 
 
 
566 aa  905  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0583  urocanate hydratase  61.58 
 
 
554 aa  674  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5907  urocanate hydratase  79.6 
 
 
562 aa  912  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1691  urocanate hydratase  76.59 
 
 
553 aa  864  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3007  urocanate hydratase  75.23 
 
 
562 aa  848  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.237465 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>