112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0095 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0095  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 
142 aa  287  3e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0090  MarR family transcriptional regulator  98.59 
 
 
142 aa  283  4e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0096  MarR family transcriptional regulator  97.89 
 
 
142 aa  281  2e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0075  MarR family transcriptional regulator  82.22 
 
 
143 aa  229  7e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0098  MarR family transcriptional regulator  75.35 
 
 
186 aa  226  6e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4256  MarR family transcriptional regulator  75.35 
 
 
186 aa  226  9e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0093  MarR family transcriptional regulator  75.35 
 
 
186 aa  226  9e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0095  transcriptional regulator, MarR family  74.65 
 
 
186 aa  224  3e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2185  MarR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
148 aa  109  1e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0547398  normal  0.15658 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2254  MarR family transcriptional regulator  39.84 
 
 
144 aa  90.1  9e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2400  transcriptional regulator, MarR family  37.4 
 
 
137 aa  83.2  1e-15  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2687  transcriptional regulator, MarR family  37.4 
 
 
137 aa  81.6  3e-15  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.588117  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2391  transcriptional regulator, MarR family protein  33.33 
 
 
143 aa  70.9  6e-12  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.515688  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0312  MarR family transcriptional regulator  28.44 
 
 
146 aa  61.2  5e-09  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3065  transcriptional regulator, MarR family protein  26.15 
 
 
140 aa  57.8  6e-08  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0022  transcriptional regulator, MarR family  36.96 
 
 
146 aa  55.8  2e-07  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4315  MarR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
193 aa  52.8  1e-06  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4725  transcriptional regulator, MarR family  30.15 
 
 
163 aa  52  3e-06  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1794  MarR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
209 aa  52  3e-06  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.3228 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02537  putative regulatory protein, MarR  27.27 
 
 
137 aa  50.4  8e-06  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000779312  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1747  transcriptional regulator, MarR family  27.72 
 
 
144 aa  50.1  1e-05  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.17088  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1995  MarR family transcriptional regulator  26.55 
 
 
158 aa  48.5  3e-05  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.911966  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0083  transcriptional regulator SlyA  25.18 
 
 
144 aa  48.1  4e-05  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.404027  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0124  MarR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
148 aa  48.1  5e-05  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0823  transcriptional regulator, MarR family  28.12 
 
 
150 aa  47.4  6e-05  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3234  transcriptional regulator, MarR family  28.12 
 
 
151 aa  47.4  7e-05  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1543  MarR family transcriptional regulator  24.81 
 
 
171 aa  47.4  7e-05  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2289  transcriptional regulator, MarR family  25.44 
 
 
141 aa  47  8e-05  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.34986 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4174  MarR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
186 aa  47  9e-05  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4853  transcriptional regulator, MarR family  30.85 
 
 
183 aa  46.2  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2138  MarR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
157 aa  46.6  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.14968  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2935  transcriptional regulator, MarR family  25.89 
 
 
154 aa  46.6  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.00693661  hitchhiker  0.00247077 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1642  transcriptional regulator, MarR family  21.37 
 
 
150 aa  45.8  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3885  MarR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
185 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0480045  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6388  transcriptional regulator, MarR family  26.21 
 
 
149 aa  44.7  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5843  MarR family transcriptional regulator  28.18 
 
 
200 aa  44.7  0.0005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2079  MarR family transcriptional regulator  25.61 
 
 
156 aa  44.7  0.0005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.742687 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5446  MarR family transcriptional regulator  28.18 
 
 
219 aa  44.3  0.0005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal  0.668367 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03639  hypothetical protein  30.43 
 
 
283 aa  44.3  0.0006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2241  MarR family transcriptional regulator  27.55 
 
 
161 aa  43.9  0.0007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.117879  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0023  transcriptional regulator, TrmB  27.16 
 
 
151 aa  43.9  0.0008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3893  transcriptional regulator, MarR family  26.83 
 
 
149 aa  43.9  0.0008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.12829  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1651  transcriptional regulator, MarR family  24.82 
 
 
140 aa  43.5  0.0009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.20136e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2229  MarR family transcriptional regulator  31.51 
 
 
154 aa  43.5  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5805  transcriptional regulator, MarR family  37.5 
 
 
164 aa  43.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0728  MarR/EmrR family transcriptional regulator  26.42 
 
 
168 aa  43.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2739  transcriptional regulator, MarR family  28.28 
 
 
157 aa  43.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340689  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1523  MarR family transcriptional regulator  28.71 
 
 
137 aa  43.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3904  transcriptional regulator, MarR family  27.07 
 
 
139 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07740  transcriptional regulator  32.39 
 
 
150 aa  43.1  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.339553 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2015  GCN5-related N-acetyltransferase  23.21 
 
 
306 aa  43.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1387  transcriptional regulator, MarR family  25.6 
 
 
142 aa  43.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1387  MarR family transcriptional regulator  26.19 
 
 
185 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.207985  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3138  MarR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
182 aa  42.7  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4933  MarR family transcriptional regulator  31.51 
 
 
157 aa  42.7  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0096  MarR family transcriptional regulator  24.06 
 
 
139 aa  42.7  0.002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01480  transcriptional regulator  28.72 
 
 
169 aa  42.7  0.002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1285  transcriptional regulator, MarR family  28.83 
 
 
157 aa  42.4  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2557  MarR family transcriptional regulator  30.68 
 
 
183 aa  42.4  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6948  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
159 aa  42.4  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.17806  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7578  transcriptional regulator, MarR family  19.64 
 
 
162 aa  42.4  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0701  transcriptional regulator, MarR family  25.86 
 
 
148 aa  42.7  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.255287  normal  0.732921 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1439  transcriptional regulator, MarR family  27.07 
 
 
140 aa  42  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.207252  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3012  transcriptional regulator, MarR family  34.85 
 
 
163 aa  42  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2749  transcriptional regulator, MarR family  34.85 
 
 
163 aa  42  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.399599  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1302  MarR family transcriptional regulator  25.47 
 
 
154 aa  42  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475565  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1042  transcriptional regulator, MarR family  26.92 
 
 
160 aa  42  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.465044  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6482  MarR family transcriptional regulator  25.74 
 
 
172 aa  42  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.618469  normal  0.143744 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0289  transcriptional regulator, MarR family  27.72 
 
 
158 aa  41.2  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.660944 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0136  MarR family transcriptional regulator  25.47 
 
 
168 aa  41.6  0.004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0416957  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2084  transcriptional regulator, MarR family  27.59 
 
 
147 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3146  MarR family transcriptional regulator  23.02 
 
 
168 aa  41.2  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3392  MarR family transcriptional regulator  27.62 
 
 
140 aa  41.2  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0284351 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0359  transcriptional regulator, MarR family  25.96 
 
 
141 aa  41.6  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.65316e-05 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3612  MarR family transcriptional regulator  25.47 
 
 
171 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.463026  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2795  transcriptional regulator, MarR family  20.93 
 
 
141 aa  41.2  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1767  transcriptional regulator SlyA  24.09 
 
 
143 aa  41.6  0.004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  6.97661e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1309  MarR family transcriptional regulator  25.19 
 
 
139 aa  41.6  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1876  transcriptional regulator SlyA  24.09 
 
 
143 aa  41.6  0.004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  1.16497e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2560  transcriptional regulator SlyA  24.09 
 
 
143 aa  41.6  0.004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  6.73945e-08  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2519  MarR family transcriptional regulator  25.86 
 
 
169 aa  41.6  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.106367 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2236  MarR family transcriptional regulator  26.6 
 
 
155 aa  41.6  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.443536  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0911  MarR family transcriptional regulator  26.6 
 
 
155 aa  41.6  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.369038 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1677  MarR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
172 aa  41.2  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5651  MarR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
172 aa  41.2  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0956535  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1702  MarR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
172 aa  41.2  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00165311  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05520  multidrug resistance operon repressor MexR  27.5 
 
 
147 aa  41.2  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1651  MarR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
172 aa  41.2  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.902908  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0537  MarR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
172 aa  41.2  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.075487  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0546  MarR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
172 aa  41.2  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0628  MarR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
172 aa  41.2  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.382396  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1325  MarR family transcriptional regulator  22.12 
 
 
168 aa  40.8  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4413  transcriptional regulator, MarR family  26.58 
 
 
164 aa  40.8  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0337  MarR family transcriptional regulator  23.58 
 
 
191 aa  40.8  0.006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.732334  normal  0.045327 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0818  transcriptional regulator, MarR family  26.76 
 
 
144 aa  40.8  0.006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4041  transcriptional regulator, MarR family  27.27 
 
 
148 aa  40.8  0.006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00474505 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1287  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
168 aa  40.8  0.006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3022  transcriptional regulator, TrmB  27.68 
 
 
157 aa  40.8  0.007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.195041  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2992  MarR family transcriptional regulator  28.46 
 
 
167 aa  40.4  0.007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.598417  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0298  MarR family transcriptional regulator  27.93 
 
 
160 aa  40.4  0.007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>