More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0089 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0089  carboxymuconolactone decarboxylase  100 
 
 
128 aa  263  5e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0083  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  96.09 
 
 
128 aa  256  8e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0089  carboxymuconolactone decarboxylase  92.97 
 
 
128 aa  248  2e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0086  Carboxymuconolactone decarboxylase  92.97 
 
 
128 aa  248  2e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4266  carboxymuconolactone decarboxylase  92.97 
 
 
128 aa  248  2e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0083  carboxymuconolactone decarboxylase  92.19 
 
 
128 aa  245  1e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3139  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase  78.4 
 
 
132 aa  212  2e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.287088  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4049  carboxymuconolactone decarboxylase  68.85 
 
 
134 aa  185  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001374  4-carboxymuconolactone decarboxylase  68.55 
 
 
125 aa  181  3e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  2.10016e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2188  carboxymuconolactone decarboxylase  67.48 
 
 
129 aa  181  4e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3873  carboxymuconolactone decarboxylase  65.04 
 
 
125 aa  179  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1479  carboxymuconolactone decarboxylase  63.78 
 
 
133 aa  176  1e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3680  Carboxymuconolactone decarboxylase  62.5 
 
 
152 aa  164  3e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0034  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  58.54 
 
 
132 aa  163  6e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0633482  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1863  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  58.54 
 
 
132 aa  163  6e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1373  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  58.54 
 
 
132 aa  163  6e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.378973  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1134  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  58.54 
 
 
132 aa  163  6e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2209  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  58.54 
 
 
132 aa  162  1e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.231556  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2219  4-carboxymuconolactone decarboxylase family protein  58.54 
 
 
132 aa  162  1e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2257  4-carboxymuconolactone decarboxylase family protein  58.54 
 
 
132 aa  162  1e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.769981  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2385  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  58.54 
 
 
132 aa  162  1e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0944  carboxymuconolactone decarboxylase  63.93 
 
 
132 aa  158  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.292875  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2370  putative carboxymuconolactone decarboxylase  58.73 
 
 
148 aa  158  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.006176  normal  0.29565 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02340  Carboxymuconolactone decarboxylase  58.87 
 
 
138 aa  157  6e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0293457  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5696  carboxymuconolactone decarboxylase  55.12 
 
 
130 aa  155  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1781  carboxymuconolactone decarboxylase  63.87 
 
 
144 aa  152  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1817  Carboxymuconolactone decarboxylase  57.02 
 
 
152 aa  152  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.291528 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1753  carboxymuconolactone decarboxylase  63.03 
 
 
144 aa  151  3e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.165068 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2083  Carboxymuconolactone decarboxylase  64.71 
 
 
123 aa  149  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.995495 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6236  carboxymuconolactone decarboxylase  63.03 
 
 
144 aa  148  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291446  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1843  carboxymuconolactone decarboxylase  63.03 
 
 
144 aa  148  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.19287  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1867  carboxymuconolactone decarboxylase  63.03 
 
 
144 aa  149  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.159406  hitchhiker  0.000781215 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1430  carboxymuconolactone decarboxylase  63.03 
 
 
145 aa  148  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.346703  hitchhiker  0.00433375 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5144  carboxymuconolactone decarboxylase  62.18 
 
 
144 aa  146  8e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0349025  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7471  Carboxymuconolactone decarboxylase  56.91 
 
 
299 aa  144  5e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1568  carboxymuconolactone decarboxylase  60.19 
 
 
109 aa  144  5e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.630321 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4934  carboxymuconolactone decarboxylase  56.3 
 
 
150 aa  144  6e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.249654  decreased coverage  0.00938968 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0837  putative carboxymuconolactone decarboxylase  64.95 
 
 
110 aa  143  6e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2653  Carboxymuconolactone decarboxylase  51.67 
 
 
138 aa  140  6e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1703  Carboxymuconolactone decarboxylase  50.41 
 
 
131 aa  139  1e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.232307  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2477  Carboxymuconolactone decarboxylase  62.89 
 
 
118 aa  138  2e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.333736 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0016  carboxymuconolactone decarboxylase  59.65 
 
 
261 aa  139  2e-32  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2473  Carboxymuconolactone decarboxylase  57.89 
 
 
260 aa  137  6e-32  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.15664  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1856  carboxymuconolactone decarboxylase  51.22 
 
 
275 aa  134  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.519725  normal  0.376905 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2098  carboxymuconolactone decarboxylase  44.26 
 
 
295 aa  125  3e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.327283  normal  0.0268513 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4060  Carboxymuconolactone decarboxylase  50 
 
 
136 aa  121  3e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.735994  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0521  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  45.9 
 
 
127 aa  121  4e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.66457 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2239  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  45.22 
 
 
122 aa  110  5e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1996  carboxymuconolactone decarboxylase  46.46 
 
 
136 aa  94  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0349754  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1186  carboxymuconolactone decarboxylase  46.46 
 
 
136 aa  93.2  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.396733  normal  0.385259 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2524  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  46.46 
 
 
136 aa  93.2  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.303227  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1188  carboxymuconolactone decarboxylase  42.37 
 
 
128 aa  92.8  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.373506  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2661  carboxymuconolactone decarboxylase  44.17 
 
 
125 aa  92  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5410  carboxymuconolactone decarboxylase  39.84 
 
 
132 aa  91.3  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0441836  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2446  carboxymuconolactone decarboxylase  41.41 
 
 
132 aa  90.1  8e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3042  Alpha/beta hydrolase  35.25 
 
 
380 aa  90.1  8e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.440112  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3566  carboxymuconolactone decarboxylase  39.84 
 
 
132 aa  89.7  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.199431  hitchhiker  0.00916142 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5046  carboxymuconolactone decarboxylase  41.46 
 
 
154 aa  89  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.336576 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2734  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.21 
 
 
127 aa  89.4  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.888805  hitchhiker  6.28107e-05 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1577  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.52 
 
 
128 aa  88.6  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00107459  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1069  Carboxymuconolactone decarboxylase  44.9 
 
 
118 aa  88.6  3e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00016362  normal  0.935882 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4526  carboxymuconolactone decarboxylase  45.54 
 
 
128 aa  87.8  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4019  Carboxymuconolactone decarboxylase  37.5 
 
 
131 aa  86.3  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000710611  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3905  Carboxymuconolactone decarboxylase  37.5 
 
 
131 aa  86.3  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00819268  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2568  carboxymuconolactone decarboxylase  37.19 
 
 
132 aa  86.7  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.136392 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4700  carboxymuconolactone decarboxylase  39.06 
 
 
155 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3662  carboxymuconolactone decarboxylase  39.06 
 
 
155 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.318309  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1901  carboxymuconolactone decarboxylase  40.5 
 
 
129 aa  85.5  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.508941 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2255  carboxymuconolactone decarboxylase  34.96 
 
 
129 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.344767  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2082  carboxymuconolactone decarboxylase  34.96 
 
 
129 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.984068 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3648  carboxymuconolactone decarboxylase  34.96 
 
 
129 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00963465  normal  0.158809 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7932  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.12 
 
 
132 aa  83.6  8e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.238463  normal  0.729855 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0952  Carboxymuconolactone decarboxylase  33.61 
 
 
127 aa  83.6  8e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0934  carboxymuconolactone decarboxylase  40.82 
 
 
124 aa  83.6  9e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0832  4-carboxymuconolactone decarboxylase  41.84 
 
 
126 aa  83.6  9e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.190386  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4478  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.06 
 
 
127 aa  83.6  9e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2504  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.4 
 
 
129 aa  83.2  1e-15  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3222  Carboxymuconolactone decarboxylase  40 
 
 
248 aa  83.2  1e-15  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.02067  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3859  carboxymuconolactone decarboxylase  38.28 
 
 
132 aa  83.2  1e-15  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.604596 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0768  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.53 
 
 
250 aa  83.2  1e-15  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  9.04176e-07 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2291  Carboxymuconolactone decarboxylase  41.84 
 
 
122 aa  83.2  1e-15  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.210071  normal  0.0104298 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4169  carboxymuconolactone decarboxylase  45.98 
 
 
127 aa  83.2  1e-15  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.944589  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2692  4-carboxymuconolactone decarboxylase  39.5 
 
 
133 aa  82.4  2e-15  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00273056  normal  0.231258 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3235  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.5 
 
 
129 aa  82.4  2e-15  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.621974  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2260  carboxymuconolactone decarboxylase  36 
 
 
129 aa  82  2e-15  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3442  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.93 
 
 
127 aa  82.8  2e-15  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.222691  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2931  carboxymuconolactone decarboxylase  35.48 
 
 
129 aa  81.6  3e-15  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000640912  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2542  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.28 
 
 
132 aa  80.9  5e-15  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0234299  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1289  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.28 
 
 
132 aa  80.9  5e-15  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.880163  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1011  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.89 
 
 
402 aa  81.3  5e-15  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.101506  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5081  Carboxymuconolactone decarboxylase  38.33 
 
 
122 aa  80.9  6e-15  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2236  carboxymuconolactone decarboxylase  38.38 
 
 
134 aa  80.5  7e-15  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.32284 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1458  4-carboxymuconolactone decarboxylase  39.17 
 
 
132 aa  80.5  7e-15  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0843  carboxymuconolactone decarboxylase  36.7 
 
 
259 aa  80.1  8e-15  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536951  normal  0.096524 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2974  4-carboxymuconolactone decarboxylase  34.13 
 
 
125 aa  80.1  9e-15  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5100  hypothetical protein  37.29 
 
 
128 aa  80.1  9e-15  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.696619  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4821  carboxymuconolactone decarboxylase  43.01 
 
 
126 aa  79.7  1e-14  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0925911  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1291  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.5 
 
 
132 aa  79.3  1e-14  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0060  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.1 
 
 
128 aa  79.3  1e-14  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.34038  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1368  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.5 
 
 
132 aa  79.3  1e-14  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>