121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0087 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0087  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  100 
 
 
131 aa  272  1e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0084  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  97.71 
 
 
131 aa  266  8e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0088  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  96.95 
 
 
131 aa  263  5e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0067  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  87.02 
 
 
131 aa  237  4e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0084  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  84.73 
 
 
131 aa  236  7e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4268  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  84.73 
 
 
131 aa  236  8e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0087  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  83.21 
 
 
131 aa  235  2e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0081  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  83.97 
 
 
131 aa  234  3e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1052  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  77.86 
 
 
134 aa  224  4e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1576  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  75.57 
 
 
134 aa  218  3e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.899394  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3597  hypothetical protein  76.92 
 
 
137 aa  217  5e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000951  gfa-like protein  74.05 
 
 
131 aa  214  4e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06993  hypothetical protein  74.81 
 
 
131 aa  213  5e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1551  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  77.69 
 
 
147 aa  212  1e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1706  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  75.19 
 
 
130 aa  206  6e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0081  hypothetical protein  84.4 
 
 
109 aa  198  2e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03248  hypothetical protein  67.44 
 
 
145 aa  187  5e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0922  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  60.77 
 
 
134 aa  181  3e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.446844 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1478  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  59.69 
 
 
137 aa  173  7e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2168  hypothetical protein  60.87 
 
 
118 aa  162  2e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.327259  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0840  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  60.87 
 
 
118 aa  162  2e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2138  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  53.04 
 
 
141 aa  147  4e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1823  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  54.24 
 
 
149 aa  147  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.921331  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1763  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  54.24 
 
 
149 aa  147  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0328446 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1513  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  54.24 
 
 
149 aa  147  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1696  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  54.24 
 
 
149 aa  147  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00304839 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0878  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  56.52 
 
 
146 aa  147  6e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0127  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  56.52 
 
 
145 aa  146  8e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.857324 
 
 
-
 
NC_004310  BR2040  hypothetical protein  56.14 
 
 
144 aa  146  9e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.288241  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0648  hypothetical protein  52.54 
 
 
151 aa  145  1e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1962  hypothetical protein  56.14 
 
 
135 aa  146  1e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.421765  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1425  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  53.17 
 
 
139 aa  145  1e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.324597  normal  0.617554 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1760  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  53.39 
 
 
149 aa  145  1e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.119906 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2117  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  53.1 
 
 
141 aa  143  6e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0449559  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1500  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  54.87 
 
 
136 aa  142  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.033811  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2003  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  51.33 
 
 
141 aa  131  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0568392 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1697  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  49.59 
 
 
128 aa  128  2e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.066667  normal  0.902632 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4872  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  52.25 
 
 
123 aa  117  4e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.583204  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4603  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  51.35 
 
 
123 aa  115  2e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1629  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  51.35 
 
 
123 aa  113  1e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.780318 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1191  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  50 
 
 
123 aa  112  1e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.928225  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1607  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  50.45 
 
 
123 aa  110  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.363316  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1669  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  50.45 
 
 
123 aa  110  9e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.540785  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1218  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  50.45 
 
 
123 aa  109  1e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.413916  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1697  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  50.45 
 
 
123 aa  109  1e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.342973  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1548  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  45.95 
 
 
123 aa  103  7e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.692707  normal  0.189147 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1878  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  49.4 
 
 
98 aa  90.5  7e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3356  hypothetical protein  37.72 
 
 
129 aa  83.6  8e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0217164  normal  0.0851639 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0419  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.05 
 
 
132 aa  82.4  2e-15  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.820444  normal  0.478902 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1442  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  41.28 
 
 
131 aa  81.3  5e-15  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3856  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  39.58 
 
 
131 aa  79.3  2e-14  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.850718  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3804  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  39.58 
 
 
131 aa  79.3  2e-14  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5593  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.61 
 
 
128 aa  76.6  1e-13  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.876476  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1372  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.89 
 
 
133 aa  73.9  7e-13  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.636035  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1419  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.37 
 
 
139 aa  71.2  4e-12  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.903205  hitchhiker  2.25635e-07 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3070  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.11 
 
 
115 aa  69.3  2e-11  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.107279  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1544  plasmid pRiA4b ORF-3 family protein  32.81 
 
 
390 aa  69.3  2e-11  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.170767 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5046  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.04 
 
 
124 aa  67.4  6e-11  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4109  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.58 
 
 
115 aa  67  9e-11  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.055952  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4549  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36 
 
 
118 aa  66.2  1e-10  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.357845  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5355  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.02 
 
 
115 aa  65.1  3e-10  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.922702  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03740  hypothetical protein  33.63 
 
 
130 aa  65.1  3e-10  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.183645  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3305  hypothetical protein  33.64 
 
 
115 aa  64.3  5e-10  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0278022  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2158  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.04 
 
 
116 aa  63.9  7e-10  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0585647  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2052  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.78 
 
 
115 aa  63.2  1e-09  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.404123  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2663  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.78 
 
 
115 aa  63.2  1e-09  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.692714  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4837  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.15 
 
 
124 aa  62.4  2e-09  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3297  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.05 
 
 
122 aa  62.4  2e-09  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2821  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.58 
 
 
118 aa  61.6  3e-09  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2716  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.04 
 
 
115 aa  61.6  3e-09  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2692  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  40.54 
 
 
156 aa  61.6  4e-09  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5991  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.37 
 
 
115 aa  61.2  5e-09  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3630  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.43 
 
 
115 aa  60.8  6e-09  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380567  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5543  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.17 
 
 
117 aa  60.8  6e-09  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2588  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35 
 
 
115 aa  60.5  7e-09  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4402  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.19 
 
 
119 aa  60.5  7e-09  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.302745  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2807  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.73 
 
 
116 aa  60.5  8e-09  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0278877  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2056  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  40.54 
 
 
116 aa  59.7  1e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.240914  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0635  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.19 
 
 
115 aa  59.3  2e-08  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.379764  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2367  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.09 
 
 
134 aa  58.9  2e-08  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.141179 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4074  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.69 
 
 
115 aa  58.5  3e-08  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3500  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.64 
 
 
115 aa  58.2  4e-08  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.108548 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2253  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.04 
 
 
117 aa  57.8  5e-08  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.233801  normal  0.0431591 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2465  hypothetical protein  32.35 
 
 
115 aa  57.4  6e-08  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2693  hypothetical protein  32.35 
 
 
115 aa  57.4  6e-08  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0256  hypothetical protein  32.35 
 
 
115 aa  57.4  6e-08  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920993  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3235  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.87 
 
 
101 aa  57.4  7e-08  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.697265  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0919  hypothetical protein  32.35 
 
 
207 aa  57  8e-08  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2384  hypothetical protein  32.35 
 
 
212 aa  57  8e-08  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2699  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.89 
 
 
115 aa  57  9e-08  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.176555  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0753  hypothetical protein  32.35 
 
 
115 aa  57  9e-08  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.222044  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43250  hypothetical protein  35.21 
 
 
115 aa  56.6  1e-07  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.708764 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2417  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.78 
 
 
115 aa  55.8  2e-07  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0248  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.96 
 
 
134 aa  56.2  2e-07  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.286799  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2957  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.5 
 
 
115 aa  55.1  3e-07  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.383141  normal  0.419035 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2164  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.27 
 
 
119 aa  55.1  3e-07  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0219  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.7 
 
 
134 aa  54.7  4e-07  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.655327  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1704  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.3 
 
 
119 aa  54.3  5e-07  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2565  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.27 
 
 
119 aa  54.3  6e-07  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0741  hypothetical protein  31.37 
 
 
115 aa  54.3  6e-07  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>