More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0078 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0078  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
597 aa  1243  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0061  AMP-dependent synthetase and ligase  90.3 
 
 
598 aa  1128  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.783683  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  90.35 
 
 
601 aa  1124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4860  AMP-dependent synthetase and ligase  75.04 
 
 
598 aa  954  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3571  AMP-binding family protein  71.62 
 
 
597 aa  895  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  77.72 
 
 
598 aa  962  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218056  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0080  AMP-dependent synthetase and ligase  99.83 
 
 
597 aa  1241  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0335816 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0075  AMP-binding family protein  95.42 
 
 
568 aa  1139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4459  AMP-dependent synthetase and ligase  74.37 
 
 
598 aa  945  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.704147 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0076  AMP-dependent synthetase and ligase  99.5 
 
 
597 aa  1239  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0077  AMP-dependent synthetase and ligase  90.18 
 
 
601 aa  1124  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4186  AMP-dependent synthetase and ligase  77.09 
 
 
598 aa  955  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3973  AMP-dependent synthetase and ligase  73.37 
 
 
597 aa  935  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0075  AMP-dependent synthetase and ligase  90.35 
 
 
601 aa  1125  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4274  AMP-dependent synthetase and ligase  90.18 
 
 
601 aa  1124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0072  AMP-dependent synthetase and ligase  73.26 
 
 
597 aa  905  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3532  AMP-dependent synthetase and ligase  53.17 
 
 
601 aa  627  1e-178  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3402  AMP binding protein  53.17 
 
 
601 aa  627  1e-178  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0747  AMP-dependent synthetase and ligase  52.34 
 
 
602 aa  618  1e-176  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2933  AMP binding protein  54.32 
 
 
588 aa  614  1e-174  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.617922  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3606  AMP-dependent synthetase and ligase  52.27 
 
 
601 aa  606  1e-172  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  50.25 
 
 
602 aa  602  1e-171  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  52.27 
 
 
601 aa  605  1e-171  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.5 
 
 
602 aa  597  1e-169  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.92 
 
 
601 aa  595  1e-169  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2750  putative AMP-binding enzyme  47.68 
 
 
611 aa  590  1e-167  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0595  AMP-dependent synthetase and ligase  49.34 
 
 
601 aa  587  1e-166  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1523  AMP-dependent synthetase and ligase  47.75 
 
 
599 aa  569  1e-161  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0633  AMP-dependent synthetase and ligase  49 
 
 
601 aa  570  1e-161  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.178096  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  41.28 
 
 
633 aa  485  1e-136  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1145  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  36.18 
 
 
607 aa  402  1e-110  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  38.45 
 
 
587 aa  393  1e-108  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  36.67 
 
 
603 aa  387  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  9.42642e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  35.5 
 
 
610 aa  385  1e-106  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  35.49 
 
 
607 aa  384  1e-105  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  36.09 
 
 
603 aa  385  1e-105  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.90316e-12 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  38.22 
 
 
633 aa  381  1e-104  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  34.62 
 
 
610 aa  377  1e-103  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  34.86 
 
 
610 aa  373  1e-102  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  35.21 
 
 
610 aa  372  1e-102  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  35.92 
 
 
592 aa  371  1e-101  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  36.4 
 
 
603 aa  371  1e-101  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  35.64 
 
 
592 aa  370  1e-101  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  34.22 
 
 
610 aa  368  1e-100  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  36.48 
 
 
612 aa  367  1e-100  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  34.22 
 
 
609 aa  365  2e-99  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  36.19 
 
 
598 aa  362  1e-98  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  35.65 
 
 
594 aa  360  3e-98  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  34.09 
 
 
596 aa  360  5e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  34.68 
 
 
590 aa  356  8e-97  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  35.27 
 
 
649 aa  351  2e-95  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  35.28 
 
 
590 aa  352  2e-95  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  36 
 
 
607 aa  343  5e-93  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0095  AMP-dependent synthetase and ligase  33.5 
 
 
663 aa  342  8e-93  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  35.96 
 
 
606 aa  341  2e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  34.4 
 
 
592 aa  340  5e-92  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  33.55 
 
 
597 aa  338  2e-91  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  4.90287e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  35.79 
 
 
606 aa  336  6e-91  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  34.45 
 
 
612 aa  336  6e-91  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  34.4 
 
 
605 aa  335  1e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  34.35 
 
 
617 aa  335  2e-90  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  35.62 
 
 
606 aa  334  2e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  35.58 
 
 
622 aa  335  2e-90  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  34.5 
 
 
637 aa  333  5e-90  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.564435 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  32.71 
 
 
607 aa  332  1e-89  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  34.57 
 
 
599 aa  328  1e-88  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  35.48 
 
 
610 aa  328  1e-88  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  36 
 
 
630 aa  328  2e-88  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  35.18 
 
 
602 aa  326  9e-88  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  32.32 
 
 
604 aa  324  2e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  31.28 
 
 
592 aa  324  3e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.254378  normal  0.619309 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3277  AMP-dependent synthetase and ligase  35.38 
 
 
599 aa  323  4e-87  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  32.15 
 
 
604 aa  322  2e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0673  AMP-dependent synthetase and ligase  31.98 
 
 
602 aa  322  2e-86  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0141445 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  33.22 
 
 
599 aa  321  2e-86  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  31.65 
 
 
604 aa  320  5e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  34.91 
 
 
623 aa  318  1e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2003  AMP-dependent synthetase and ligase  34.62 
 
 
606 aa  318  1e-85  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0649106  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  33.45 
 
 
626 aa  317  3e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  32.6 
 
 
620 aa  317  5e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15760  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  34.14 
 
 
606 aa  315  2e-84  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.120658  normal  0.270208 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  32.05 
 
 
605 aa  315  2e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  33.45 
 
 
618 aa  313  4e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1442  AMP-dependent synthetase and ligase  32.34 
 
 
603 aa  313  5e-84  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526185  normal  0.152333 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  33.22 
 
 
622 aa  313  6e-84  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3293  AMP-dependent synthetase and ligase  34.33 
 
 
597 aa  312  1e-83  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.236935 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1122  AMP-dependent synthetase and ligase  33.97 
 
 
606 aa  311  2e-83  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1894  AMP-dependent synthetase and ligase  33.86 
 
 
613 aa  310  5e-83  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.391707  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1417  AMP-dependent synthetase and ligase  31.92 
 
 
645 aa  310  5e-83  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000978143  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3623  AMP-dependent synthetase and ligase  33.44 
 
 
596 aa  310  5e-83  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  33.84 
 
 
608 aa  309  9e-83  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  33.86 
 
 
595 aa  309  1e-82  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3572  AMP-dependent synthetase and ligase  33.05 
 
 
604 aa  309  1e-82  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0299599  normal  0.131149 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3282  AMP-dependent synthetase and ligase  34.15 
 
 
597 aa  308  2e-82  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3344  AMP-dependent synthetase and ligase  34.15 
 
 
597 aa  308  2e-82  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.260522  normal  0.185703 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  34.12 
 
 
596 aa  307  4e-82  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24290  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  33.63 
 
 
599 aa  306  5e-82  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.954614  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  34.09 
 
 
601 aa  306  6e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1174  AMP-dependent synthetase and ligase  33.22 
 
 
597 aa  306  8e-82  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.393726  normal  0.390969 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13790  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  33.28 
 
 
611 aa  305  1e-81  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0545474  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>