More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0065 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_0063  major facilitator transporter  99.26 
 
 
406 aa  809  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0580428  unclonable  3.12687e-05 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0065  major facilitator transporter  100 
 
 
406 aa  812  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.596651  decreased coverage  7.29069e-08 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0067  major facilitator transporter  86.88 
 
 
406 aa  699  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.37883  hitchhiker  0.00294151 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4287  major facilitator transporter  86.39 
 
 
406 aa  694  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  5.04378e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0062  major facilitator transporter  86.39 
 
 
406 aa  704  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.7183  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0066  major facilitator superfamily MFS_1  86.63 
 
 
406 aa  693  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.574631  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0067  major facilitator transporter  99.51 
 
 
406 aa  810  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.700351  unclonable  8.55622e-11 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3989  major facilitator transporter  81.44 
 
 
406 aa  677  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0137476  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3964  transporter, putative  55.84 
 
 
407 aa  419  1e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  5.23123e-10  normal  0.125467 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3819  major facilitator transporter  52.06 
 
 
425 aa  399  1e-110  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  5.6973e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0962  major facilitator transporter  52.26 
 
 
415 aa  376  1e-103  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00677  transporter, putative  51.5 
 
 
405 aa  374  1e-102  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00179637  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1824  major facilitator transporter  29.77 
 
 
415 aa  129  1e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.582867  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3505  major facilitator transporter  28.83 
 
 
412 aa  128  2e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2963  major facilitator superfamily MFS_1  28.84 
 
 
421 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  1.21972e-05  normal  0.284618 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1438  major facilitator transporter  27.2 
 
 
415 aa  125  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0981  hypothetical protein  26.15 
 
 
415 aa  125  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1433  transporter, MFS superfamily  25.67 
 
 
420 aa  110  6e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.811642  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1261  major facilitator transporter  26.51 
 
 
406 aa  107  3e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0005  major facilitator transporter  26.87 
 
 
421 aa  101  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0753564  normal  0.228788 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0563  major facilitator transporter  24.68 
 
 
425 aa  93.6  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4329  major facilitator superfamily MFS_1  25.55 
 
 
420 aa  92.8  9e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.699497  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0130  major facilitator transporter  27.2 
 
 
398 aa  87.8  3e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.453953  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0065  major facilitator family transporter  25.23 
 
 
388 aa  82  2e-14  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0068  transporter, putative  24.92 
 
 
391 aa  81.6  2e-14  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2750  L-fucose transporter  23.88 
 
 
431 aa  75.9  1e-12  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0644  L-fucose transporter  25.32 
 
 
409 aa  71.6  2e-11  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.510185  normal  0.606188 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3933  major facilitator transporter  23.41 
 
 
399 aa  70.9  4e-11  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  2.33422e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4044  L-fucose transporter  25.45 
 
 
420 aa  70.9  4e-11  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2533  hypothetical protein  25.52 
 
 
398 aa  69.3  1e-10  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0651893  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1407  major facilitator transporter  23.58 
 
 
447 aa  68.9  1e-10  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0306  major facilitator transporter  26.46 
 
 
409 aa  68.2  2e-10  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.338859  normal  0.158126 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0719  major facilitator superfamily multidrug/H(+) antiporter  25.24 
 
 
388 aa  68.6  2e-10  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0735  major facilitator superfamily multidrug/H(+) antiporter  25.24 
 
 
388 aa  68.6  2e-10  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5547  major facilitator family transporter  23.65 
 
 
399 aa  68.2  2e-10  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  8.69498e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2076  major facilitator superfamily MFS_1  24.15 
 
 
419 aa  68.6  2e-10  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2947  major facilitator superfamily MFS_1  23.56 
 
 
432 aa  68.2  3e-10  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5115  major facilitator family transporter  23.36 
 
 
399 aa  67.8  3e-10  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  1.59613e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1434  major facilitator transporter  23.82 
 
 
432 aa  67.8  3e-10  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5599  major facilitator family transporter  23.65 
 
 
399 aa  67.8  3e-10  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  1.05464e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2363  major facilitator transporter  22.94 
 
 
435 aa  68.2  3e-10  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4128  L-fucose transporter  24.93 
 
 
431 aa  67.4  4e-10  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5513  major facilitator family transporter  23.36 
 
 
399 aa  67.4  4e-10  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5668  major facilitator family transporter  23.36 
 
 
399 aa  67.4  4e-10  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  4.80591e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5098  major facilitator family transporter  23.36 
 
 
399 aa  67.4  4e-10  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.20566e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5271  major facilitator family transporter  23.36 
 
 
399 aa  67.4  4e-10  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  2.22558e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2123  major facilitator superfamily MFS_1  23.16 
 
 
395 aa  67.8  4e-10  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.226237  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3437  L-fucose transporter  25.77 
 
 
412 aa  67  5e-10  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.697396  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3372  EmrB/QacA family drug resistance transporter  27.04 
 
 
476 aa  67  6e-10  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  3.56155e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2341  major facilitator superfamily MFS_1  23.91 
 
 
390 aa  66.6  7e-10  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17660  fucose permease  23.15 
 
 
425 aa  66.6  8e-10  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.634966  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0107  major facilitator superfamily MFS_1  23.34 
 
 
390 aa  66.2  9e-10  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.781532  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1962  major facilitator transporter  27.88 
 
 
427 aa  66.2  9e-10  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0235717  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3761  glucose/galactose transporter  23.51 
 
 
410 aa  65.9  1e-09  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.807951 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5212  major facilitator transporter  23.41 
 
 
399 aa  66.2  1e-09  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  1.14177e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1480  major facilitator transporter  24.45 
 
 
395 aa  65.9  1e-09  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4540  EmrB/QacA family drug resistance transporter  28.49 
 
 
480 aa  65.9  1e-09  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5543  major facilitator family transporter  23.12 
 
 
399 aa  65.9  1e-09  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  7.23204e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1827  glucose/galactose transporter  26.81 
 
 
408 aa  64.7  2e-09  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1398  major facilitator transporter  23.56 
 
 
432 aa  65.1  2e-09  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1494  L-fucose transporter  24.81 
 
 
414 aa  65.5  2e-09  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.289824  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6584  major facilitator superfamily MFS_1  26.04 
 
 
420 aa  65.5  2e-09  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2211  glucose/galactose transporter  23.82 
 
 
424 aa  65.5  2e-09  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17788  hitchhiker  0.00147708 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3878  major facilitator transporter  23.13 
 
 
428 aa  65.5  2e-09  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.957409 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0222  major facilitator superfamily MFS_1  22.7 
 
 
388 aa  65.1  2e-09  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.153836  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4099  major facilitator transporter  21.93 
 
 
428 aa  65.1  2e-09  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.594069  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4578  major facilitator family transporter  22.34 
 
 
428 aa  64.7  3e-09  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1311  major facilitator transporter  22.34 
 
 
428 aa  64.3  3e-09  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00188583  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2822  major facilitator superfamily MFS_1  25.96 
 
 
415 aa  64.7  3e-09  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4021  L-fucose transporter  23.53 
 
 
417 aa  64.7  3e-09  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_11209  hypothetical protein  22.59 
 
 
440 aa  63.9  4e-09  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.873381  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1132  glucose/galactose transporter  26 
 
 
431 aa  63.9  4e-09  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.165253  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0364  glucose/galactose transporter family protein  26.81 
 
 
408 aa  64.3  4e-09  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  4.42276e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2428  L-fucose permease  24.13 
 
 
433 aa  64.3  4e-09  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1266  L-fucose-proton symporter  24.59 
 
 
403 aa  63.9  5e-09  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3374  major facilitator superfamily MFS_1  22.99 
 
 
398 aa  63.9  5e-09  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  5.27195e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5409  major facilitator family transporter  22.83 
 
 
399 aa  63.5  6e-09  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  7.25853e-08  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3653  major facilitator superfamily MFS_1  25.79 
 
 
446 aa  63.5  6e-09  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3497  major facilitator superfamily MFS_1  23.06 
 
 
398 aa  63.5  6e-09  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2708  major facilitator transporter  26.16 
 
 
441 aa  63.2  8e-09  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.144735 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3292  glucose/galactose transporter  24.63 
 
 
428 aa  63.2  9e-09  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1017  glucose/galactose transporter  23.53 
 
 
428 aa  62.4  1e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1329  nitrate transporter  25.91 
 
 
893 aa  62.4  1e-08  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3460  major facilitator transporter  23.14 
 
 
434 aa  62.4  1e-08  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.42938  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3197  MFS family transporter  24.46 
 
 
423 aa  62.8  1e-08  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3173  glucose/galactose transporter  25.87 
 
 
431 aa  62.8  1e-08  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  8.54879e-05  normal  0.83373 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1217  glucose/galactose transporter  26.53 
 
 
431 aa  61.6  2e-08  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00556902  normal  0.207324 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4851  EmrB/QacA family drug resistance transporter  27.44 
 
 
478 aa  61.6  2e-08  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.16573  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0457  major facilitator superfamily permease  24.29 
 
 
487 aa  62  2e-08  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  2.09922e-09  normal  0.207287 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3798  major facilitator transporter  22.31 
 
 
452 aa  61.6  2e-08  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.120406  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4441  multidrug resistance protein B  27.44 
 
 
478 aa  61.6  2e-08  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  5.26976e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3052  benzoate MFS transporter  30.06 
 
 
452 aa  61.6  2e-08  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1317  glucose/galactose transporter  23.76 
 
 
435 aa  62  2e-08  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37250  major facilitator transporter  24.46 
 
 
423 aa  61.6  2e-08  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2270  major facilitator superfamily protein  24.44 
 
 
390 aa  61.6  2e-08  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4459  multidrug resistance protein B  26.83 
 
 
478 aa  61.2  3e-08  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0324211  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0415  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  27.88 
 
 
479 aa  61.2  3e-08  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00273768  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4827  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  26.83 
 
 
469 aa  61.2  3e-08  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28819  predicted protein  21.83 
 
 
505 aa  61.6  3e-08  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00143526 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5283  major facilitator transporter  26.67 
 
 
434 aa  61.2  3e-08  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0529847  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>