More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0061 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_0059  NLP/P60 protein  100 
 
 
159 aa  331  3e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.560848  hitchhiker  0.000388338 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0061  NLP/P60 protein  100 
 
 
159 aa  331  3e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  decreased coverage  4.1841e-08 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0063  NLP/P60 protein  100 
 
 
159 aa  331  3e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.56196e-07 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0061  NLP/P60 family lipoprotein  96.1 
 
 
154 aa  310  6e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0063  NLP/P60 protein  91.14 
 
 
164 aa  303  5e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.694655  hitchhiker  0.00200651 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0062  NLP/P60 protein  92.86 
 
 
154 aa  301  3e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0052  NLP/P60 protein  92.86 
 
 
154 aa  300  6e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00304715  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4296  NLP/P60 protein  91.08 
 
 
164 aa  278  2e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.346407  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0058  NLP/P60 protein  91.08 
 
 
164 aa  278  2e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3689  NLP/P60 family lipoprotein  55.48 
 
 
179 aa  167  4e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4465  NLP/P60 protein  54.29 
 
 
150 aa  162  2e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.231412 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4200  NLP/P60 protein  61.54 
 
 
156 aa  160  9e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0069  NLP/P60 family lipoprotein  49.66 
 
 
148 aa  155  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4872  NLP/P60 protein  50.66 
 
 
183 aa  154  5e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3992  NLP/P60 protein  55.83 
 
 
196 aa  153  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  8.56339e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02243  hypothetical protein  47.33 
 
 
162 aa  152  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1142  lipoprotein NlpC  46.91 
 
 
166 aa  145  1e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0142689  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2313  putative outer membrane lipoprotein  40.8 
 
 
188 aa  143  8e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.871525  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0783  putative outer membrane lipoprotein  40.8 
 
 
188 aa  143  8e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2324  putative outer membrane lipoprotein  40.8 
 
 
188 aa  143  8e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00669952 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02105  predicted peptidase, outer membrane lipoprotein  40.8 
 
 
188 aa  143  8e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1482  NLP/P60 protein  40.8 
 
 
188 aa  143  8e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.736883  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1472  putative outer membrane lipoprotein  40.8 
 
 
188 aa  143  8e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000135569  normal  0.0170642 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2473  putative outer membrane lipoprotein  40.8 
 
 
188 aa  143  8e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.303091  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3313  putative outer membrane lipoprotein  40.8 
 
 
188 aa  143  8e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0116683  normal  0.115135 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02064  hypothetical protein  40.8 
 
 
188 aa  143  8e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2451  putative outer membrane lipoprotein  47.83 
 
 
190 aa  142  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  5.18421e-09 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2565  putative outer membrane lipoprotein  47.83 
 
 
190 aa  142  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.159761  hitchhiker  0.000144355 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2454  putative outer membrane lipoprotein  47.83 
 
 
190 aa  142  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00195047  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2363  putative outer membrane lipoprotein  47.83 
 
 
147 aa  142  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  2.43067e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3244  putative outer membrane lipoprotein  47.55 
 
 
191 aa  142  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0124301 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2408  putative outer membrane lipoprotein  47.83 
 
 
147 aa  142  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  2.10623e-05 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2771  putative outer membrane lipoprotein  52.14 
 
 
189 aa  139  1e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.805322  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1387  putative lipoprotein  44.67 
 
 
162 aa  140  1e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0376898  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2707  putative outer membrane lipoprotein  46.85 
 
 
194 aa  139  2e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1501  putative outer membrane lipoprotein  46.85 
 
 
172 aa  139  2e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2784  putative outer membrane lipoprotein  46.85 
 
 
194 aa  139  2e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1471  hypothetical protein  44.23 
 
 
154 aa  134  3e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.235317  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1438  NlpC (ORF-17)  44.23 
 
 
154 aa  134  3e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0813186 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1927  NlpC/P60 family lipoprotein  43.59 
 
 
154 aa  135  3e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00858399  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2426  lipoprotein, NlpC/P60 family  43.59 
 
 
154 aa  135  3e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2002  putative lipoprotein nlpC  44.23 
 
 
154 aa  134  3e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.303201 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1454  putative lipoprotein nlpC  44.23 
 
 
154 aa  134  3e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.297729  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1830  NlpC (ORF-17)  44.23 
 
 
154 aa  134  3e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1482  NlpC/P60 family lipoprotein  43.59 
 
 
154 aa  135  3e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1592  NLP/P60  40.49 
 
 
171 aa  134  6e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.098676  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1917  putative outer membrane lipoprotein  43.36 
 
 
193 aa  134  7e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1646  putative outer membrane lipoprotein  43.36 
 
 
194 aa  133  8e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79512  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1788  NlpC/P60 family lipoprotein  43.59 
 
 
154 aa  133  8e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1912  lipoprotein, NlpC/P60 family  42.95 
 
 
154 aa  133  9e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0958  NLP/P60 protein  43.95 
 
 
167 aa  132  1e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.414472  normal  0.258055 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1293  NLP/P60  51.82 
 
 
205 aa  131  5e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0496746  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2335  putative outer membrane lipoprotein  45.65 
 
 
191 aa  130  8e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2431  putative outer membrane lipoprotein  44.93 
 
 
191 aa  128  3e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1734  NLP/P60 protein  42.95 
 
 
154 aa  128  3e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.183409 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1657  NLP/P60 protein  44.16 
 
 
154 aa  127  4e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.983654  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2466  NLP/P60 protein  43.51 
 
 
162 aa  125  2e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.291366  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1628  NLP/P60 protein  44.16 
 
 
155 aa  125  2e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2772  NLP/P60 protein  42.68 
 
 
157 aa  125  2e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2161  NLP/P60 protein  44.16 
 
 
154 aa  124  4e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.854022 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1923  NLP/P60 protein  42.25 
 
 
154 aa  122  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.468553 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01677  predicted lipoprotein  42.25 
 
 
154 aa  122  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0294155  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01666  hypothetical protein  42.25 
 
 
154 aa  122  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0178073  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1934  NLP/P60 protein  42.25 
 
 
154 aa  122  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0636747  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1732  NlpC/P60 family lipoprotein  41.77 
 
 
154 aa  121  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1838  NLP/P60 protein  41.77 
 
 
154 aa  121  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3902  NLP/P60 protein  37.87 
 
 
171 aa  121  4e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1118  NLP/P60 protein  48.18 
 
 
189 aa  121  5e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.579853  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2605  NlpC/P60 family lipoprotein  52.25 
 
 
143 aa  117  5e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1706  lipoprotein, putative  39.41 
 
 
181 aa  112  2e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0170  NLP/P60 protein  43.85 
 
 
184 aa  111  4e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0230  NLP/P60 protein  39.74 
 
 
188 aa  108  2e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.382299 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1274  NLP/P60 protein  37.18 
 
 
207 aa  107  7e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.951335  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0396  NLP/P60 protein  52.29 
 
 
150 aa  107  8e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2940  NLP/P60 protein  45.67 
 
 
265 aa  106  1e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  1.04581e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0897  NLP/P60 family protein  38.85 
 
 
231 aa  106  2e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.624146  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0427  NLP/P60 protein  40.62 
 
 
240 aa  104  5e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1644  lipoprotein NlpC  44.54 
 
 
153 aa  103  7e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2420  NLP/P60 protein  43.48 
 
 
207 aa  103  1e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3121  NLP/P60 protein  41.32 
 
 
333 aa  102  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2476  NLP/P60 protein  45.05 
 
 
214 aa  102  2e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.188506  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3043  NLP/P60 protein  45.3 
 
 
274 aa  102  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.166608  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1279  NLP/P60 protein  50.46 
 
 
150 aa  102  3e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2739  NLP/P60 protein  44.83 
 
 
216 aa  102  3e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.232039  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0878  NLP/P60 protein  44.92 
 
 
246 aa  101  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00112829 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1825  lipoprotein NlpC  46.85 
 
 
152 aa  101  5e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3968  NLP/P60 protein  33.33 
 
 
211 aa  100  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.12193  normal  0.0821241 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4048  NLP/P60 protein  40.24 
 
 
177 aa  100  8e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0391  NlpC/P60 family protein  43.59 
 
 
195 aa  100  9e-21  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1982  NLP/P60 family protein  47.71 
 
 
234 aa  100  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000770897  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33170  NLP/P60 family lipoprotein  39.62 
 
 
173 aa  99.8  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0857869  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1218  NLP/P60 protein  47.71 
 
 
224 aa  100  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00850028  normal  0.283839 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3208  NLP/P60 family protein  46.79 
 
 
218 aa  98.6  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00320254  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1378  NLP/P60 family protein  46.79 
 
 
218 aa  98.6  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0650104  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2489  NlpC/P60 domain-containing protein  46.79 
 
 
234 aa  98.6  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00285101  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2543  NlpC/P60 domain-containing protein  46.79 
 
 
218 aa  98.6  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.241327  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2105  NLP/P60 family protein  46.79 
 
 
218 aa  98.6  3e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  5.76333e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1960  NLP/P60 protein  45.87 
 
 
223 aa  98.6  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0530532  normal  0.36825 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1602  NLP/P60 family protein  46.79 
 
 
234 aa  98.6  3e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  6.24175e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2630  NLP/P60 family protein  46.79 
 
 
234 aa  98.6  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  2.2944e-05  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>