More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0056 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02290  predicted sensory kinase in two-component system with YpdB  59.42 
 
 		 565 aa  667    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1277  signal transduction histidine kinase, LytS  59.42 
 
 		 565 aa  667    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02251  hypothetical protein  59.42 
 
 		 565 aa  667    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0059  signal transduction histidine kinase, LytS  98.2 
 
 		 557 aa  1126    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.996795  hitchhiker  0.000632462 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2749  sensor histidine kinase  59.24 
 
 		 559 aa  666    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2517  sensor histidine kinase  59.42 
 
 		 559 aa  667    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2170  signal transduction histidine kinase, LytS  61.02 
 
 		 581 aa  680    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.041747  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3404  signal transduction histidine kinase, LytS  59.71 
 
 		 563 aa  666    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.823402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2532  sensor histidine kinase  59.42 
 
 		 559 aa  667    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3612  sensor histidine kinase  59.42 
 
 		 559 aa  667    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.857731 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2444  signal transduction histidine kinase, LytS  58.94 
 
 		 566 aa  661    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.221441  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2358  signal transduction histidine kinase, LytS  58.09 
 
 		 566 aa  658    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.551334  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0054  signal transduction histidine kinase, LytS  98.74 
 
 		 557 aa  1130    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0056  signal transduction histidine kinase, LytS  100 
 
 		 557 aa  1143    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0698199  decreased coverage  0.000000126428 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0054  signal transduction histidine kinase, LytS  100 
 
 		 557 aa  1143    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0736236  hitchhiker  0.000664675 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1878  signal transduction histidine kinase, LytS  60.29 
 
 		 581 aa  675    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.770711  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0058  signal transduction histidine kinase, LytS  98.2 
 
 		 557 aa  1126    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1289  signal transduction histidine kinase, LytS  59.42 
 
 		 559 aa  667    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4300  signal transduction histidine kinase, LytS  97.85 
 
 		 557 aa  1123    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0131803  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2919  signal transduction histidine kinase, LytS  59.42 
 
 		 565 aa  660    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.125544 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2670  sensor histidine kinase  59.42 
 
 		 559 aa  667    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1965  histidine kinase internal region  36.19 
 
 		 576 aa  340  2.9999999999999998e-92  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2698  histidine kinase internal region  34.57 
 
 		 576 aa  324  2e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10410  signal transduction histidine kinase, LytS  34.48 
 
 		 578 aa  315  9.999999999999999e-85  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000014237  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0899  signal transduction histidine kinase, LytS  33.98 
 
 		 572 aa  315  1.9999999999999998e-84  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.144133  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0160  ATP-binding region, ATPase-like  34.64 
 
 		 567 aa  310  5.9999999999999995e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2792  signal transduction histidine kinase, LytS  34.57 
 
 		 564 aa  299  1e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000275265  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2398  signal transduction histidine kinase, LytS  33.16 
 
 		 568 aa  296  4e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2355  signal transduction histidine kinase, LytS  32.8 
 
 		 580 aa  295  1e-78  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.461368  normal  0.170824 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1225  signal transduction histidine kinase, LytS  31.99 
 
 		 603 aa  278  2e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.247489 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5574  sensor histidine kinase LytS  31.33 
 
 		 589 aa  271  2.9999999999999997e-71  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5622  sensor histidine kinase LytS  31.33 
 
 		 589 aa  271  2.9999999999999997e-71  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5296  sensor histidine kinase LytS  31.15 
 
 		 589 aa  270  7e-71  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5123  sensor histidine kinase  30.98 
 
 		 589 aa  270  7e-71  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5138  sensor histidine kinase  31.15 
 
 		 589 aa  270  7e-71  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5692  sensor histidine kinase LytS  31.15 
 
 		 589 aa  270  7e-71  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5537  sensor histidine kinase LytS  31.15 
 
 		 589 aa  270  7e-71  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5566  sensor histidine kinase LytS  31.38 
 
 		 589 aa  268  2e-70  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0903  signal transduction histidine kinase, LytS  30.9 
 
 		 587 aa  266  7e-70  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2958  signal transduction histidine kinase, LytS  33.63 
 
 		 568 aa  265  2e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.177996  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0251  5TM Receptors of the LytS-YhcK type transmembrane region  29.66 
 
 		 584 aa  262  1e-68  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0245  signal transduction histidine kinase, LytS  29.66 
 
 		 584 aa  262  1e-68  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0225  hypothetical protein  31.75 
 
 		 558 aa  261  3e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5235  signal transduction histidine kinase, LytS  30.49 
 
 		 589 aa  260  4e-68  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3959  signal transduction histidine kinase, LytS  31.43 
 
 		 591 aa  259  8e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5383  sensor histidine kinase LytS  32.02 
 
 		 522 aa  251  3e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.498572  normal  0.326696 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1084  histidine kinase internal region  30.34 
 
 		 575 aa  250  5e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0370265  normal  0.975996 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2094  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase internal region:5TM Receptors of the LytS-YhcK type, transmembrane region  32.19 
 
 		 577 aa  248  3e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4117  sensor histidine kinase  31.19 
 
 		 565 aa  248  3e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.645201 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4007  sensor histidine kinase  31.07 
 
 		 565 aa  248  3e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2024  sensor histidine kinase LytS  27.63 
 
 		 591 aa  246  6.999999999999999e-64  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0377  Signal transduction histidine kinase (STHK), LytS  30.47 
 
 		 576 aa  246  6.999999999999999e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0146  signal transduction histidine kinase, LytS  31.07 
 
 		 565 aa  244  3e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.889074  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3938  signal transduction histidine kinase, LytS  29.96 
 
 		 572 aa  244  3e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4137  signal transduction histidine kinase, LytS  30.15 
 
 		 572 aa  243  5e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3169  signal transduction histidine kinase, LytS  30.39 
 
 		 560 aa  241  2e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1766  signal transduction histidine kinase, LytS  31.4 
 
 		 558 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.420125  hitchhiker  0.00747728 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3342  signal transduction histidine kinase, LytS  31.75 
 
 		 556 aa  240  5e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.891854 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3061  signal transduction histidine kinase, LytS  30.57 
 
 		 560 aa  239  8e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1480  signal transduction histidine kinase, LytS  29.33 
 
 		 557 aa  239  1e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336148  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00985  hypothetical protein  29.82 
 
 		 556 aa  238  3e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2882  signal transduction histidine kinase, LytS  30.42 
 
 		 558 aa  236  7e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0010106  unclonable  0.0000000000662994 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004413  autolysin sensor kinase  31.68 
 
 		 556 aa  235  2.0000000000000002e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1282  signal transduction histidine kinase, LytS  28.6 
 
 		 569 aa  234  3e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211527 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2328  signal transduction histidine kinase, LytS  29.15 
 
 		 565 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0659282  normal  0.34431 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0884  membrane signal transduction histidine kinase  28.03 
 
 		 579 aa  232  2e-59  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2593  signal transduction histidine kinase, LytS  29.84 
 
 		 560 aa  229  8e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0091271  hitchhiker  0.0052142 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2822  sensor histidine kinase  30.07 
 
 		 560 aa  228  2e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0182  sensor histidine kinase, putative  28.01 
 
 		 581 aa  227  5.0000000000000005e-58  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2684  signal transduction histidine kinase, LytS  30.07 
 
 		 565 aa  226  7e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.287497  hitchhiker  0.00116896 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1696  signal transduction histidine kinase, LytS  30.07 
 
 		 565 aa  226  7e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0311025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1659  signal transduction histidine kinase, LytS  30.07 
 
 		 565 aa  226  7e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000213246  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1674  signal transduction histidine kinase, LytS  30.07 
 
 		 565 aa  226  1e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0178726  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1017  sensor histidine kinase, putative  28.25 
 
 		 579 aa  225  2e-57  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1549  signal transduction histidine kinase, LytS  29.52 
 
 		 560 aa  225  2e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0956  signal transduction histidine kinase, LytS  29.24 
 
 		 563 aa  218  2.9999999999999998e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.324121  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0958  signal transduction histidine kinase, LytS  30.28 
 
 		 563 aa  218  2.9999999999999998e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1319  membrane receptor, histidine kinase  32.51 
 
 		 560 aa  218  2.9999999999999998e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4588  signal transduction histidine kinase, LytS  30.43 
 
 		 561 aa  217  4e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0222  signal transduction histidine kinase, LytS  28.73 
 
 		 561 aa  217  4e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2305  sensor histidine kinase  30.78 
 
 		 561 aa  217  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2349  sensor histidine kinase  30.78 
 
 		 561 aa  216  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.896071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2394  sensor histidine kinase  30.78 
 
 		 561 aa  216  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.764867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2398  sensor histidine kinase  30.78 
 
 		 561 aa  216  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.79648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1441  signal transduction histidine kinase, LytS  30.4 
 
 		 559 aa  216  5.9999999999999996e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.645903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2724  signal transduction histidine kinase, LytS  30.16 
 
 		 562 aa  216  7e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1762  signal transduction histidine kinase, LytS  35.21 
 
 		 465 aa  216  8e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.513767  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2506  sensor histidine kinase  30.78 
 
 		 561 aa  216  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.454206  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0276  signal transduction histidine kinase, LytS  32.08 
 
 		 561 aa  213  7.999999999999999e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2453  histidine kinase internal protein  29.85 
 
 		 568 aa  212  1e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.278514  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2433  signal transduction histidine kinase, LytS  30.82 
 
 		 558 aa  213  1e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.618184  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0918  sensor histidine kinase  29.65 
 
 		 561 aa  212  2e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.817517 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2431  signal transduction histidine kinase, LytS  29.48 
 
 		 560 aa  211  4e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000324417  normal  0.0100076 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2501  signal transduction histidine kinase, LytS  29.48 
 
 		 560 aa  211  4e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.443565  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3113  sensor histidine kinase  29.83 
 
 		 561 aa  210  4e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.212432 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02055  predicted sensory kinase in two-component system with YehT  29.65 
 
 		 561 aa  210  6e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1532  signal transduction histidine kinase, LytS  29.65 
 
 		 561 aa  210  6e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.363202  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2260  sensor histidine kinase  29.65 
 
 		 561 aa  210  6e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2414  sensor histidine kinase  29.65 
 
 		 561 aa  210  6e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1521  signal transduction histidine kinase, LytS  29.65 
 
 		 561 aa  210  6e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>