More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0053 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_0051  two component transcriptional regulator  99.56 
 
 
229 aa  464  1e-130  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0030378 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0053  two component transcriptional regulator  100 
 
 
229 aa  464  1e-130  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  1.76822e-06 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0059  two component transcriptional regulator  98.69 
 
 
229 aa  461  1e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.52099e-07 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0051  two component transcriptional regulator  95.2 
 
 
229 aa  446  1e-124  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0059  transcriptional regulatory protein KdpE  92.14 
 
 
229 aa  429  1e-119  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4303  two component transcriptional regulator  80.62 
 
 
229 aa  377  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.205089  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0056  two component transcriptional regulator  80.62 
 
 
229 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  unclonable  7.25059e-06 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0055  two component transcriptional regulator, winged helix family  80.62 
 
 
229 aa  375  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0048  two component transcriptional regulator  79.3 
 
 
229 aa  372  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001287  DNA-binding response regulator KdpE  68 
 
 
232 aa  317  7e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.297598  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4479  two component transcriptional regulator  66.82 
 
 
229 aa  301  7e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.874583  hitchhiker  1.45831e-09 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2051  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  50.22 
 
 
230 aa  227  1e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191031  normal  0.53595 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2246  KDP operon transcriptional regulatory protein kdpE  48.64 
 
 
230 aa  218  4e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.683582  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4029  two component transcriptional regulator  49.1 
 
 
241 aa  219  4e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.871415 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4157  winged helix family two component transcriptional regulator  47.96 
 
 
231 aa  215  4e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507569  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1711  two component transcriptional regulator  47.96 
 
 
231 aa  214  7e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3482  two component transcriptional regulator  47.51 
 
 
231 aa  214  8e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3729  two component transcriptional regulator  47.06 
 
 
231 aa  211  6e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3636  two-component response regulator KdpE  47.75 
 
 
230 aa  208  5e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.9171  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43340  two-component response regulator KdpE  47.09 
 
 
230 aa  208  6e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807414  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24530  Response regulator KdpE  48 
 
 
232 aa  208  7e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0689152  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1884  response regulator receiver protein  46.64 
 
 
244 aa  202  2e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.365735  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2927  two component transcriptional regulator  43.95 
 
 
228 aa  201  1e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3717  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  45.09 
 
 
244 aa  199  4e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3787  transposase  43.86 
 
 
229 aa  198  7e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1269  two component transcriptional regulator  43.44 
 
 
228 aa  196  3e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3077  two component transcriptional regulator  43.3 
 
 
227 aa  191  5e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0535977  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04383  two-component system regulatory protein  45.95 
 
 
226 aa  185  4e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3104  two component transcriptional regulator  41.44 
 
 
233 aa  185  5e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.317177  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0287  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.75 
 
 
237 aa  184  9e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0371836  normal  0.118342 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0942  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.99 
 
 
231 aa  184  1e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0532517  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1159  two component transcriptional regulator  44.25 
 
 
230 aa  183  2e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4649  two component transcriptional regulator  39.11 
 
 
230 aa  183  2e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.424735  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1100  two component transcriptional regulator  41.63 
 
 
230 aa  183  2e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.99 
 
 
231 aa  183  2e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102691  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1025  DNA-binding response regulator KdpE  42.22 
 
 
234 aa  182  3e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3087  response regulator transcription regulator protein  44.89 
 
 
234 aa  182  4e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.160744  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1196  two component transcriptional regulator  41.18 
 
 
240 aa  182  4e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1214  DNA-binding transcriptional activator KdpE  43.75 
 
 
226 aa  182  4e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2931  DNA-binding transcriptional activator KdpE  43.44 
 
 
229 aa  182  5e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2990  two component transcriptional regulator  39.46 
 
 
230 aa  181  7e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.839569  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0891  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 
231 aa  181  9e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.391375  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1464  two component transcriptional regulator  41.44 
 
 
222 aa  181  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.286623  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0716  DNA-binding transcriptional activator KdpE  42.99 
 
 
225 aa  180  1e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0593355  normal  0.505732 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2962  DNA-binding transcriptional activator KdpE  42.99 
 
 
225 aa  181  1e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2942  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.99 
 
 
225 aa  180  1e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0371  DNA-binding response regulator KdpE  41.78 
 
 
234 aa  180  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1088  DNA-binding response regulator KdpE  41.78 
 
 
234 aa  180  2e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0779  DNA-binding response regulator KdpE  41.78 
 
 
234 aa  180  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.97246  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0828  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.89 
 
 
232 aa  180  2e-44  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.159677 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0720  DNA-binding transcriptional activator KdpE  42.99 
 
 
225 aa  180  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0669037  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1254  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  41.78 
 
 
234 aa  180  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00667548  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1246  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  41.78 
 
 
232 aa  180  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0741  DNA-binding transcriptional activator KdpE  42.99 
 
 
225 aa  179  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000675118  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1397  DNA-binding response regulator KdpE  41.78 
 
 
232 aa  180  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.089264  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1872  DNA-binding response regulator KdpE  41.78 
 
 
234 aa  180  2e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0800306  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0787  DNA-binding transcriptional activator KdpE  42.99 
 
 
225 aa  179  3e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00642  hypothetical protein  42.53 
 
 
225 aa  179  4e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00651  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with KdpD  42.53 
 
 
225 aa  179  4e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6070  two component response regulator  42.79 
 
 
228 aa  178  6e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1079  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 
230 aa  178  7e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3370  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.56 
 
 
234 aa  177  8e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3023  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.56 
 
 
234 aa  177  9e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1244  DNA-binding transcriptional activator KdpE  41.63 
 
 
229 aa  177  9e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00224308  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0763  DNA-binding transcriptional activator KdpE  42.08 
 
 
225 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1126  DNA-binding transcriptional activator KdpE  41.52 
 
 
226 aa  177  1e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.296902  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4763  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 
230 aa  177  1e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.96205  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1865  response regulator receiver  39.46 
 
 
224 aa  176  2e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.59899  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0810  DNA-binding transcriptional activator KdpE  42.08 
 
 
225 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0555  DNA-binding transcriptional activator KdpE  42.08 
 
 
225 aa  175  4e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2289  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  41.44 
 
 
231 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  4.20296e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2274  two component transcriptional regulator  40.62 
 
 
231 aa  175  5e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0750  DNA-binding transcriptional activator KdpE  41.63 
 
 
225 aa  175  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.358042  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0860  DNA-binding transcriptional activator KdpE  41.63 
 
 
225 aa  175  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2694  two component transcriptional regulator  40.27 
 
 
235 aa  175  6e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154697  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0824  DNA-binding transcriptional activator KdpE  41.63 
 
 
225 aa  174  7e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0770111 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0994  two component transcriptional regulator  41.44 
 
 
232 aa  174  8e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2053  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 
232 aa  174  1e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.745879 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5362  two component transcriptional regulator  40.99 
 
 
230 aa  173  2e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0748621 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0249  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.54 
 
 
232 aa  172  3e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4990  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.81 
 
 
230 aa  172  3e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5611  two component transcriptional regulator  40.99 
 
 
232 aa  172  4e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0731674  normal  0.970504 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3600  two component transcriptional regulator  38.6 
 
 
235 aa  172  4e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2502  two-component response regulator of kdp operon  42.99 
 
 
234 aa  172  5e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1206  two component transcriptional regulator  40.72 
 
 
225 aa  172  6e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00352252 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1672  two component transcriptional regulator  40.99 
 
 
232 aa  171  6e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.193412  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2307  two component transcriptional regulator  40.99 
 
 
232 aa  171  6e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2284  two component transcriptional regulator  40.99 
 
 
232 aa  171  6e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.21195  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4253  two component transcriptional regulator  39.65 
 
 
228 aa  171  8e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0042  two component transcriptional regulator  40.54 
 
 
231 aa  171  8e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.189828  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2540  two component transcriptional regulator  39.82 
 
 
228 aa  171  8e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5960  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.54 
 
 
226 aa  171  9e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.891848  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2200  two component transcriptional regulator  40.54 
 
 
232 aa  171  9e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5920  two component transcriptional regulator  40 
 
 
247 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2322  two component transcriptional regulator  40.54 
 
 
232 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.521655  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2213  DNA binding response regulator KdpE  40.09 
 
 
231 aa  171  1e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3504  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.18 
 
 
248 aa  169  3e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2094  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.64 
 
 
231 aa  169  4e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1312  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.54 
 
 
232 aa  168  5e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.1865 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4608  two component transcriptional regulator  40.99 
 
 
226 aa  168  5e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>