More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0043 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_0041  C-terminal processing peptidase-3  98 
 
 
401 aa  804  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.660161  hitchhiker  0.00325128 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0045  carboxyl-terminal protease  86.03 
 
 
401 aa  713  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  2.23993e-09 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0041  carboxyl-terminal protease  85.79 
 
 
401 aa  710  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0043  C-terminal processing peptidase-3  100 
 
 
401 aa  816  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000408883 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0038  carboxyl-terminal protease  81.05 
 
 
402 aa  648  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0047  carboxyl-terminal protease, putative  91.77 
 
 
402 aa  727  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0045  carboxyl-terminal protease  85.54 
 
 
401 aa  708  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  unclonable  1.44504e-05 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0049  C-terminal processing peptidase-3  97.01 
 
 
401 aa  763  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.24234e-06 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4334  carboxyl-terminal protease  86.03 
 
 
401 aa  713  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4472  C-terminal processing peptidase  62.56 
 
 
401 aa  510  1e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0890612  hitchhiker  5.24725e-07 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4879  carboxyl-terminal protease  63.07 
 
 
401 aa  509  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3808  carboxyl-terminal protease  60.3 
 
 
401 aa  505  1e-142  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.756218 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0058  C-terminal processing peptidase  60.1 
 
 
398 aa  491  1e-138  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.871061  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4219  carboxyl-terminal protease  60.8 
 
 
401 aa  490  1e-137  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3700  carboxyl-terminal protease  56.68 
 
 
401 aa  461  1e-128  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0044  carboxyl-terminal protease  39.62 
 
 
440 aa  275  8e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3158  carboxyl-terminal protease  41.74 
 
 
433 aa  275  9e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0549247 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2568  C-terminal processing peptidase-3  40.41 
 
 
426 aa  271  1e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.257628  hitchhiker  0.00928405 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1437  carboxyl-terminal protease  42.95 
 
 
429 aa  271  2e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00028594  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2353  carboxyl-terminal protease  39.14 
 
 
446 aa  269  6e-71  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0201351  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0896  carboxyl-terminal protease  38.56 
 
 
443 aa  269  8e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  2.0194e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0923  carboxyl-terminal protease  39 
 
 
428 aa  268  1e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.315177  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1210  carboxyl-terminal protease  40.98 
 
 
415 aa  263  4e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2020  carboxyl-terminal protease  37.47 
 
 
428 aa  263  5e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0858479  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3063  carboxyl-terminal protease  39.43 
 
 
438 aa  261  1e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0122157 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04640  carboxyl-terminal protease S41A  41.8 
 
 
439 aa  262  1e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.900151  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5869  putative carboxyl-terminal protease  41.61 
 
 
436 aa  261  1e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.673071  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67810  putative carboxyl-terminal protease  41.61 
 
 
436 aa  261  1e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.859493  normal  0.405059 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5109  carboxyl-terminal protease  40.99 
 
 
438 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5058  carboxyl-terminal protease  41.3 
 
 
438 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4931  carboxyl-terminal protease  41.3 
 
 
438 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0407  carboxyl-terminal protease  40.68 
 
 
437 aa  260  4e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.295473 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1232  C-terminal processing peptidase S41A  39.3 
 
 
440 aa  260  4e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00731341  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4887  peptidase S41A, C-terminal protease  40.36 
 
 
445 aa  259  5e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3288  carboxyl-terminal protease  38.87 
 
 
432 aa  259  6e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5329  carboxyl-terminal protease family protein  40.36 
 
 
445 aa  259  6e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4248  carboxyl-terminal protease  40.12 
 
 
438 aa  259  7e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00499045 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2159  carboxyl-terminal protease  40.25 
 
 
422 aa  256  3e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.272376 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0331  peptidase S41A, protease  40.68 
 
 
439 aa  256  5e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.417137 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4724  carboxyl-terminal protease  38.46 
 
 
463 aa  256  6e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.458117  normal  0.0374379 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3509  carboxyl-terminal protease  40 
 
 
461 aa  254  2e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2533  carboxyl-terminal protease  35.99 
 
 
441 aa  253  4e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2453  carboxyl-terminal protease  39.28 
 
 
455 aa  252  6e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  4.93491e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0537  hypothetical protein  39.89 
 
 
445 aa  252  9e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0561  hypothetical protein  39.89 
 
 
445 aa  252  9e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3168  carboxyl-terminal protease  39.44 
 
 
468 aa  251  1e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0492  C-terminal processing peptidase  40.06 
 
 
462 aa  250  3e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4300  carboxy-terminal protease  41.1 
 
 
444 aa  249  8e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0300488  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2868  carboxyl-terminal protease  39.5 
 
 
423 aa  248  1e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03547  carboxyl-terminal protease  39.32 
 
 
507 aa  247  2e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0799  carboxyl-terminal protease  37.1 
 
 
410 aa  246  3e-64  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0618  carboxyl-terminal protease  38.03 
 
 
444 aa  245  9e-64  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.982226  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0669  C-terminal processing peptidase-3  39.27 
 
 
437 aa  244  3e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0164  carboxyl-terminal protease  38.59 
 
 
458 aa  244  3e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1673  periplasmic protease  40.37 
 
 
441 aa  244  3e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.248616  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0304  carboxyl-terminal protease  39.63 
 
 
498 aa  244  3e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000604667 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0539  carboxyl-terminal protease  37.75 
 
 
444 aa  244  3e-63  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.206911  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2287  carboxyl-terminal protease  36.22 
 
 
440 aa  243  4e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.939403  normal  0.065151 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2562  carboxyl-terminal protease  36.22 
 
 
440 aa  243  4e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0132517 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0258  carboxyl-terminal protease  37.07 
 
 
457 aa  243  4e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0566  carboxyl-terminal protease  37.84 
 
 
456 aa  243  4e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0383  carboxyl-terminal protease  36.55 
 
 
476 aa  243  5e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  6.3116e-09  normal  0.361886 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1781  carboxyl-terminal protease  38.89 
 
 
439 aa  242  7e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0704  carboxyl-terminal protease  39.58 
 
 
437 aa  242  7e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3016  carboxyl-terminal protease  38.17 
 
 
440 aa  242  8e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.55561  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3885  carboxyl-terminal protease  39.26 
 
 
440 aa  242  9e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.26921  normal  0.039138 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1772  carboxy-terminal processing protease  38.2 
 
 
443 aa  242  9e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.011127  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0166  carboxyl-terminal protease  37.44 
 
 
452 aa  242  9e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.97074  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1420  carboxyl-terminal protease  39.44 
 
 
444 aa  241  1e-62  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.14041  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0703  carboxyl-terminal protease  39.27 
 
 
437 aa  241  1e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2409  carboxyl-terminal protease  37.22 
 
 
452 aa  241  1e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  3.98409e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2993  carboxyl-terminal protease  35.98 
 
 
444 aa  241  1e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.70163e-17 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4209  carboxyl-terminal protease  39.26 
 
 
440 aa  242  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.194144 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0710  peptidase, S41 family  37.54 
 
 
438 aa  242  1e-62  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2006  carboxy--processing protease (C-terminal-processing protease)  38.51 
 
 
434 aa  242  1e-62  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00114653  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1920  carboxyl-terminal protease  36.89 
 
 
455 aa  241  2e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  2.16068e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1290  carboxyl-terminal protease  35.65 
 
 
444 aa  241  2e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  3.97536e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0449  peptidase S41A  36.51 
 
 
451 aa  241  2e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.143572  normal  0.477373 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1949  carboxyl-terminal protease  34.9 
 
 
477 aa  240  3e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0131  peptidoglycan associated lipoprotein  38.2 
 
 
435 aa  240  3e-62  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00102865  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0098  carboxyl-terminal protease  35.39 
 
 
446 aa  240  3e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289255  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0250  carboxyl-terminal protease  36.36 
 
 
535 aa  240  3e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2244  carboxyl-terminal protease  35.68 
 
 
440 aa  239  5e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0625684  normal  0.355809 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0969  carboxy-terminal processing protease  36.78 
 
 
450 aa  239  6e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0414  carboxy-terminal-processing protease precursor (C- terminal-processing protease)  38 
 
 
423 aa  239  6e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.479747 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0303  peptidase S41A, C-terminal protease  36.1 
 
 
532 aa  239  7e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.955856  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0525  carboxyl-terminal protease  37.18 
 
 
451 aa  239  7e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.29494  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0848  carboxy--processing protease (C-terminal-processing protease)  39.13 
 
 
419 aa  239  8e-62  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0053756  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0682  carboxyl-terminal protease  37.95 
 
 
482 aa  239  9e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00713841 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1654  carboxyl-terminal protease  34.38 
 
 
477 aa  239  9e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.9351 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0524  carboxy-terminal peptidase  37.95 
 
 
482 aa  239  9e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.707834  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1401  carboxyl-terminal protease  39.18 
 
 
439 aa  238  1e-61  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  5.62456e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2931  carboxyl-terminal protease  38.11 
 
 
445 aa  238  1e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.870363  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1062  carboxyl-terminal protease  38.01 
 
 
442 aa  238  1e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.937129  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3021  carboxyl-terminal protease  39.14 
 
 
472 aa  238  1e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.846777  normal  0.0258031 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4733  carboxyl-terminal protease  38.6 
 
 
440 aa  238  1e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0128345  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0227  carboxyl-terminal protease  35.16 
 
 
550 aa  237  2e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000791174 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6187  peptidase S41A  35.42 
 
 
515 aa  237  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2869  carboxyl-terminal protease  35.68 
 
 
515 aa  237  3e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.274998 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0030  peptidase S41A  33.79 
 
 
439 aa  237  3e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>