More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0037 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0037  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
292 aa  593  1e-168  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000234984  hitchhiker  0.000719905 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0035  shikimate 5-dehydrogenase  97.26 
 
 
292 aa  579  1e-164  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00784696  normal  0.0101527 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0043  shikimate 5-dehydrogenase  95.55 
 
 
292 aa  567  1e-161  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000585691  hitchhiker  1.2855e-06 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0040  shikimate 5-dehydrogenase  83.51 
 
 
287 aa  493  1e-138  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0039  shikimate 5-dehydrogenase  76.98 
 
 
282 aa  446  1e-124  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0451521  unclonable  5.12206e-12 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0039  shikimate 5-dehydrogenase  76.98 
 
 
282 aa  445  1e-124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  3.17979e-06  unclonable  1.1065e-05 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0035  shikimate 5-dehydrogenase  76.62 
 
 
282 aa  441  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.265435  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0040  shikimate 5-dehydrogenase  75.36 
 
 
282 aa  441  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0916944  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0032  shikimate 5-dehydrogenase  75.71 
 
 
282 aa  437  1e-122  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00424938  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0047  shikimate 5-dehydrogenase  62.23 
 
 
273 aa  354  9e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00102259  normal  0.175558 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3727  shikimate 5-dehydrogenase  65.05 
 
 
304 aa  349  3e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.114545  hitchhiker  0.00916884 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0034  shikimate 5-dehydrogenase  61.82 
 
 
273 aa  343  2e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  3.84966e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0040  shikimate 5-dehydrogenase  61.82 
 
 
271 aa  342  4e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0102694  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0043  shikimate 5-dehydrogenase  61.03 
 
 
271 aa  336  3e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00363655  normal  0.913504 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0034  shikimate 5-dehydrogenase  60.22 
 
 
277 aa  327  1e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0039291  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0052  shikimate dehydrogenase  61.09 
 
 
278 aa  309  3e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0642399  normal  0.0742475 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0083  shikimate 5-dehydrogenase  54.51 
 
 
273 aa  304  1e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.59928  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002067  shikimate 5-dehydrogenase I alpha  55 
 
 
277 aa  299  4e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00115853  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00382  shikimate 5-dehydrogenase  55 
 
 
277 aa  296  3e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00290  shikimate 5-dehydrogenase  56.47 
 
 
274 aa  295  4e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.395705 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00230  shikimate 5-dehydrogenase  57.76 
 
 
270 aa  293  3e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677963  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0025  shikimate 5-dehydrogenase  57.86 
 
 
274 aa  292  5e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  55.27 
 
 
270 aa  291  1e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2464  shikimate 5-dehydrogenase  52.35 
 
 
278 aa  289  3e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.3894e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0026  shikimate 5-dehydrogenase  54.68 
 
 
274 aa  289  4e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0169  shikimate 5-dehydrogenase  57.5 
 
 
274 aa  288  5e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0023  shikimate 5-dehydrogenase  55.76 
 
 
273 aa  288  8e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0804894  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0074  shikimate 5-dehydrogenase  55.4 
 
 
274 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0521802  hitchhiker  0.000359852 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0090  shikimate 5-dehydrogenase  55.04 
 
 
274 aa  286  3e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0071  shikimate 5-dehydrogenase  53.99 
 
 
272 aa  286  3e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.507292  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0093  shikimate 5-dehydrogenase  54.32 
 
 
274 aa  285  5e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275997  hitchhiker  2.33392e-05 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0061  shikimate 5-dehydrogenase  56.83 
 
 
273 aa  284  1e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0090  shikimate 5-dehydrogenase  54.32 
 
 
274 aa  283  2e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  4.84063e-10 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  53.76 
 
 
275 aa  280  2e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0062  shikimate 5-dehydrogenase  50.54 
 
 
266 aa  277  2e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.950078  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  56.78 
 
 
265 aa  276  2e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3768  shikimate 5-dehydrogenase  53.05 
 
 
272 aa  276  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0463839  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0538  shikimate 5-dehydrogenase  55.6 
 
 
277 aa  276  3e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  52.33 
 
 
272 aa  274  1e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03132  dehydroshikimate reductase, NAD(P)-binding  52.33 
 
 
272 aa  274  1e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000370296  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  52.33 
 
 
272 aa  274  1e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.34858e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  52.33 
 
 
272 aa  274  1e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  1.94925e-05  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  52.33 
 
 
272 aa  274  1e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.04625e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3666  shikimate 5-dehydrogenase  51.97 
 
 
272 aa  274  1e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.46161e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3764  shikimate 5-dehydrogenase  51.97 
 
 
272 aa  273  2e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  7.95686e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3705  shikimate 5-dehydrogenase  52.69 
 
 
272 aa  273  2e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000798071  normal  0.028022 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3598  shikimate 5-dehydrogenase  52.69 
 
 
272 aa  273  2e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00141014  normal  0.799601 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4604  shikimate 5-dehydrogenase  51.97 
 
 
272 aa  273  3e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  3.05601e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3597  shikimate 5-dehydrogenase  52.69 
 
 
273 aa  272  5e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.6966e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3577  shikimate 5-dehydrogenase  51.61 
 
 
272 aa  271  8e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.12137e-05  normal  0.172636 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3670  shikimate 5-dehydrogenase  52.33 
 
 
273 aa  270  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0245991  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3680  shikimate 5-dehydrogenase  54.29 
 
 
277 aa  270  2e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  51.26 
 
 
275 aa  270  2e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0514  shikimate 5-dehydrogenase  53.09 
 
 
288 aa  269  5e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0581  shikimate 5-dehydrogenase  53.9 
 
 
288 aa  266  2e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113233 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2862  shikimate dehydrogenase  53.96 
 
 
271 aa  267  2e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0130  shikimate 5-dehydrogenase  53.9 
 
 
288 aa  266  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.676056  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0613  shikimate 5-dehydrogenase  53.9 
 
 
288 aa  266  2e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3695  shikimate 5-dehydrogenase  53.11 
 
 
288 aa  267  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.452524 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0538  shikimate 5-dehydrogenase  52.73 
 
 
288 aa  266  4e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.617722 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3784  shikimate 5-dehydrogenase  53.65 
 
 
275 aa  264  1e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2772  shikimate 5-dehydrogenase  53.28 
 
 
288 aa  263  2e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3419  shikimate 5-dehydrogenase  51.24 
 
 
287 aa  263  2e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.108659 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0321  shikimate 5-dehydrogenase  50.55 
 
 
273 aa  263  3e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  1.66732e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3877  shikimate 5-dehydrogenase  50.55 
 
 
273 aa  263  3e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.61624e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0622  shikimate 5-dehydrogenase  50.55 
 
 
273 aa  263  3e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  4.82333e-08  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0048  shikimate 5-dehydrogenase  50.18 
 
 
275 aa  263  3e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.282753  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0539  shikimate 5-dehydrogenase  51.07 
 
 
287 aa  263  3e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2611  shikimate 5-dehydrogenase  47.95 
 
 
305 aa  262  4e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3963  shikimate 5-dehydrogenase  52.92 
 
 
275 aa  262  5e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0106492  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2622  shikimate 5-dehydrogenase  50.52 
 
 
290 aa  261  8e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3713  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 
272 aa  261  8e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00019377  normal  0.0271258 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3021  shikimate 5-dehydrogenase  47.6 
 
 
305 aa  261  1e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332302  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4506  shikimate 5-dehydrogenase  53.96 
 
 
272 aa  259  3e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  4.08747e-06  hitchhiker  0.000607991 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0444  shikimate 5-dehydrogenase  52.57 
 
 
275 aa  258  6e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0043385  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1274  shikimate 5-dehydrogenase  52.42 
 
 
292 aa  258  7e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3496  shikimate 5-dehydrogenase  52.42 
 
 
292 aa  258  7e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.664786  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2494  shikimate 5-dehydrogenase  52.42 
 
 
292 aa  258  7e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.454315  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3493  shikimate 5-dehydrogenase  52.42 
 
 
292 aa  258  7e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0414  shikimate 5-dehydrogenase  52.42 
 
 
292 aa  258  7e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.341202  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3291  shikimate 5-dehydrogenase  52.42 
 
 
292 aa  258  7e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3458  shikimate 5-dehydrogenase  52.42 
 
 
292 aa  258  8e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3907  shikimate dehydrogenase  53.93 
 
 
274 aa  257  2e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2794  shikimate 5-dehydrogenase  49.45 
 
 
279 aa  252  4e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1171  shikimate 5-dehydrogenase  51.88 
 
 
290 aa  252  4e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2777  shikimate 5-dehydrogenase  48.07 
 
 
306 aa  251  7e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.371956 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0119  shikimate 5-dehydrogenase  49.64 
 
 
273 aa  248  7e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0135  shikimate 5-dehydrogenase  46.43 
 
 
272 aa  245  5e-64  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0031  shikimate 5-dehydrogenase  48.57 
 
 
272 aa  245  8e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00161886  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0694  shikimate 5-dehydrogenase  50 
 
 
282 aa  244  1e-63  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2191  shikimate 5-dehydrogenase  46.07 
 
 
272 aa  244  1e-63  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3054  shikimate 5-dehydrogenase  47.32 
 
 
302 aa  241  1e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0153  shikimate 5-dehydrogenase  46.48 
 
 
277 aa  241  1e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0128088  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  49.09 
 
 
270 aa  241  1e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  3.08711e-06  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3002  shikimate 5-dehydrogenase  47.81 
 
 
272 aa  237  1e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.526798  normal  0.0484515 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6127  shikimate 5-dehydrogenase  48.38 
 
 
286 aa  236  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  46.98 
 
 
282 aa  236  2e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2691  shikimate 5-dehydrogenase  47.25 
 
 
272 aa  236  5e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2855  shikimate 5-dehydrogenase  48.26 
 
 
294 aa  233  4e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.39713  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0026  shikimate dehydrogenase  47.83 
 
 
278 aa  232  4e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>