290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0033 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_0039  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  99.47 
 
 
187 aa  380  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.125507  hitchhiker  5.14659e-06 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0033  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  100 
 
 
187 aa  381  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.417367  hitchhiker  0.00409265 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0031  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  100 
 
 
187 aa  381  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0894147 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0036  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  96.79 
 
 
188 aa  372  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0035  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  92.51 
 
 
187 aa  358  3e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  6.68977e-08 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0031  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  92.51 
 
 
189 aa  358  3e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0036  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  92.51 
 
 
189 aa  358  3e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0035  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  92.51 
 
 
189 aa  357  4e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.99947  hitchhiker  0.000130269 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0028  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  90.91 
 
 
189 aa  353  8e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0036  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  82.35 
 
 
187 aa  329  2e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0040  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  82.89 
 
 
187 aa  323  9e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000217946  normal  0.173553 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0048  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  81.28 
 
 
187 aa  323  1e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.256643 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3731  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  82.35 
 
 
187 aa  319  2e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00032543  hitchhiker  0.00694812 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0028  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  79.14 
 
 
187 aa  314  5e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0043  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  80.75 
 
 
187 aa  313  9e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.804086  normal  0.370158 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0028  DNA topoisomerase I  73.8 
 
 
187 aa  301  4e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0369311  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0024  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  53.48 
 
 
186 aa  223  2e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00026  putative DNA topoisomerase; C4 zinc finger domain protein  49.73 
 
 
180 aa  206  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.979769  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2469  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  52.72 
 
 
190 aa  204  4e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00387  DNA topoisomerase A  51.32 
 
 
188 aa  199  2e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002062  Zn-finger domain-containing protein  51.06 
 
 
189 aa  197  1e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0079  DNA topoisomerase  47.51 
 
 
189 aa  184  5e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.870328  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0027  DNA topoisomerase, type IA, Zn finger  43.78 
 
 
186 aa  183  1e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0074  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  48.4 
 
 
187 aa  176  2e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3715  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  47.53 
 
 
180 aa  171  4e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00283227  hitchhiker  0.00891628 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2839  DNA topoisomerase I  47.87 
 
 
768 aa  168  4e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3879  topoisomerase DNA binding C4 zinc finger domain-containing protein  45.83 
 
 
179 aa  167  9e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  8.65305e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0319  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  45.83 
 
 
179 aa  167  9e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020229  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3600  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain protein  45.83 
 
 
180 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0707644  normal  0.764114 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3599  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain protein  45.83 
 
 
180 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.19283e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3770  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  45.83 
 
 
180 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.380857  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3707  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  45.83 
 
 
180 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0281277  normal  0.131734 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3672  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain protein  45.83 
 
 
180 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.105174  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0620  topoisomerase DNA binding C4 zinc finger domain-containing protein  45.83 
 
 
179 aa  167  1e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  2.80134e-06  normal  0.0216681 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3766  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  44.85 
 
 
180 aa  165  4e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000848781  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0430  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  44.85 
 
 
180 aa  164  6e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00156622  hitchhiker  0.00285537 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03134  predicted DNA topoisomerase  44.85 
 
 
180 aa  164  6e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.103667  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0430  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  44.85 
 
 
180 aa  164  6e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00343806  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4606  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain protein  44.85 
 
 
180 aa  164  6e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00790504  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3477  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  44.85 
 
 
180 aa  164  6e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.83076e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03085  hypothetical protein  44.85 
 
 
180 aa  164  6e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.15137  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3579  topoisomerase DNA-binding C4 zinc finger domain-containing protein  44.24 
 
 
180 aa  164  1e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0127763  normal  0.160095 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3965  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  43.79 
 
 
185 aa  161  4e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0249698  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3786  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  43.98 
 
 
185 aa  160  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000331014  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2100  DNA topoisomerase I  41.18 
 
 
765 aa  157  8e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000378679  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0086  DNA topoisomerase I  41.18 
 
 
765 aa  157  1e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  4.3689e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0442  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  43.12 
 
 
185 aa  157  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0826807  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4508  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  43.03 
 
 
181 aa  156  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000112025  hitchhiker  0.000168776 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0359  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  42.77 
 
 
185 aa  155  3e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0044685  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0015  DNA topoisomerase I  44.25 
 
 
851 aa  151  5e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0016  DNA topoisomerase I  44.25 
 
 
851 aa  151  5e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.954343  normal  0.0614036 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0528  DNA topoisomerase I  42.77 
 
 
776 aa  140  1e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  6.97651e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2522  DNA topoisomerase I  40.86 
 
 
759 aa  139  2e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2652  DNA topoisomerase I  40.32 
 
 
759 aa  139  3e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3689  DNA topoisomerase I  41.57 
 
 
756 aa  138  6e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  3.24271e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0406  DNA topoisomerase I  37.16 
 
 
841 aa  135  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.064646  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0891  DNA topoisomerase I  42.86 
 
 
758 aa  134  9e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  5.70299e-09  decreased coverage  1.1513e-16 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0008  DNA topoisomerase I-related protein  39.05 
 
 
182 aa  134  9e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3266  DNA topoisomerase I  42.53 
 
 
758 aa  133  1e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  8.37338e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2549  DNA topoisomerase I  42.86 
 
 
757 aa  133  2e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0550694  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1529  DNA topoisomerase I  37.63 
 
 
779 aa  132  3e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.23259e-34 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2711  DNA topoisomerase I  37.63 
 
 
779 aa  132  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  3.91579e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2885  DNA topoisomerase I  35.38 
 
 
831 aa  125  4e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.106774  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2792  DNA topoisomerase I  35.38 
 
 
831 aa  125  4e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0208029  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0011  DNA topoisomerase I  39.2 
 
 
760 aa  123  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3340  DNA topoisomerase  37.14 
 
 
853 aa  120  8e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.1537  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0304  DNA topoisomerase I  37.06 
 
 
748 aa  120  8e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  3.72801e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2699  DNA topoisomerase  35.38 
 
 
831 aa  119  2e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.737668  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0106  DNA topoisomerase I  40.11 
 
 
747 aa  116  1e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0083  DNA topoisomerase I  37.14 
 
 
751 aa  116  2e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2069  DNA topoisomerase I  36.57 
 
 
758 aa  116  2e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0213  DNA topoisomerase I  37.95 
 
 
767 aa  113  2e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00304522  normal  0.312261 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2693  DNA topoisomerase I  36.42 
 
 
813 aa  112  4e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.305019  normal  0.0402807 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2741  DNA topoisomerase I  39.2 
 
 
746 aa  111  5e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.123661  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2445  DNA topoisomerase I  35.06 
 
 
758 aa  109  2e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  4.50772e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1430  DNA topoisomerase I  37.32 
 
 
789 aa  106  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000308935  decreased coverage  0.00155997 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1690  DNA topoisomerase I  36.17 
 
 
836 aa  103  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0132784  unclonable  2.44427e-09 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3660  DNA topoisomerase I  33.68 
 
 
783 aa  103  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.739108  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1289  DNA topoisomerase I  39.84 
 
 
684 aa  103  2e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.781177  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4636  DNA topoisomerase I  34.32 
 
 
894 aa  102  3e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4389  DNA topoisomerase I  32.63 
 
 
793 aa  100  1e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00166014  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1615  DNA topoisomerase I  36.36 
 
 
836 aa  99.4  3e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.830191  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07540  DNA topoisomerase I  43.22 
 
 
691 aa  98.2  7e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00641456  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1551  DNA topoisomerase I  34.87 
 
 
689 aa  97.8  8e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2296  DNA topoisomerase I  39.58 
 
 
704 aa  97.1  1e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0026  DNA topoisomerase I  37.08 
 
 
853 aa  97.1  1e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1347  DNA topoisomerase I  34.93 
 
 
780 aa  96.3  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  8.73362e-05  unclonable  4.69192e-08 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0161  DNA topoisomerase I  40.62 
 
 
695 aa  95.9  3e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1026  DNA topoisomerase I  42.11 
 
 
697 aa  94.7  7e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00786254  unclonable  1.08626e-08 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0171  DNA topoisomerase I  34.75 
 
 
743 aa  94  1e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2230  DNA topoisomerase I  39.16 
 
 
694 aa  93.2  2e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1678  DNA topoisomerase I  39.1 
 
 
700 aa  91.7  5e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0781  DNA topoisomerase I  43.93 
 
 
812 aa  91.3  8e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.935548  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1854  DNA topoisomerase I  39.1 
 
 
700 aa  90.9  1e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2058  DNA topoisomerase I  38.35 
 
 
700 aa  89.7  2e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2485  DNA topoisomerase I  35.59 
 
 
692 aa  89  4e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  5.95417e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0158  DNA topoisomerase I  45.54 
 
 
817 aa  88.6  5e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.087887  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0175  DNA topoisomerase I  41.73 
 
 
694 aa  88.2  6e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.636929  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0485  DNA topoisomerase I  40 
 
 
711 aa  87  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1699  DNA topoisomerase I  45.98 
 
 
814 aa  87  1e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>