99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0030 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_0025  peptidoglycan-binding LysM  80.21 
 
 
374 aa  653  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0032  Peptidoglycan-binding LysM  84.31 
 
 
376 aa  674  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  2.35775e-06 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0030  peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 
374 aa  770  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.772252  hitchhiker  0.00540943 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0033  peptidoglycan-binding LysM  84.31 
 
 
376 aa  676  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0032  peptidoglycan-binding LysM  84.31 
 
 
376 aa  675  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0033  LysM domain-containing protein  90.74 
 
 
378 aa  711  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0028  peptidoglycan-binding LysM  84.04 
 
 
376 aa  672  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0028  peptidoglycan-binding LysM  98.93 
 
 
374 aa  763  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.198583 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0036  peptidoglycan-binding LysM  98.4 
 
 
374 aa  761  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.43599e-05 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0036  peptidoglycan-binding LysM  63.96 
 
 
367 aa  511  1e-144  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.971795  normal  0.107314 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0039  peptidoglycan-binding LysM  63.41 
 
 
369 aa  509  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.357546 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3735  peptidoglycan-binding LysM  65.85 
 
 
365 aa  506  1e-142  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.315042  hitchhiker  0.00230648 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0032  peptidoglycan-binding LysM  62.16 
 
 
362 aa  479  1e-134  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0025  peptidoglycan-binding LysM  60.75 
 
 
369 aa  476  1e-133  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0025  peptidoglycan-binding LysM  61.5 
 
 
368 aa  474  1e-132  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0044  LysM domain-containing protein  63.07 
 
 
346 aa  469  1e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.764087  normal  0.149636 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0056  peptidoglycan-binding LysM  35.34 
 
 
345 aa  224  1e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0044  peptidoglycan-binding LysM  34.71 
 
 
338 aa  211  1e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0077  peptidoglycan-binding LysM  34.32 
 
 
360 aa  210  4e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.820269 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00180  peptidoglycan-binding LysM protein  34.96 
 
 
341 aa  209  6e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0309659  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00210  lysin domain-containing protein  34.69 
 
 
341 aa  207  3e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0120002  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0021  hypothetical protein  34.69 
 
 
341 aa  207  3e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.156222  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0021  LysM domain-containing protein  33.33 
 
 
361 aa  198  1e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0018  peptidoglycan-binding LysM  33.33 
 
 
341 aa  196  4e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  1.9767e-06  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0176  LysM domain protein  32.56 
 
 
341 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0020  peptidoglycan-binding LysM  32.56 
 
 
341 aa  192  7e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0022  hypothetical protein  31.83 
 
 
352 aa  191  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.124597  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0194  peptidoglycan-binding LysM  31.85 
 
 
383 aa  185  1e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2274  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  30.43 
 
 
389 aa  184  2e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00514615 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2629  peptidoglycan-binding LysM  31.35 
 
 
338 aa  182  7e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.829323  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0013  peptidoglycan-binding LysM-like protein  28.22 
 
 
403 aa  179  8e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002058  LysM domain-containing protein  32.15 
 
 
364 aa  173  4e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.778363  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00390  hypothetical protein  32.15 
 
 
364 aa  171  3e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0349  peptidoglycan-binding LysM  30.86 
 
 
394 aa  168  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0885534 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2472  hypothetical protein  32.98 
 
 
391 aa  168  1e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2087  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  30.55 
 
 
393 aa  168  2e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2464  peptidoglycan-binding LysM  29.94 
 
 
377 aa  166  6e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.175579 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2649  hypothetical protein  30.27 
 
 
345 aa  165  2e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0188  peptidoglycan-binding LysM  30.79 
 
 
350 aa  162  6e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000749903 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2519  hypothetical protein  30.54 
 
 
345 aa  162  8e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3013  peptidoglycan-binding LysM  28.73 
 
 
345 aa  162  1e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2136  hypothetical protein  29.38 
 
 
377 aa  162  1e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0076  putative cell wall degradation enzyme  30.36 
 
 
353 aa  157  2e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0834  peptidoglycan-binding LysM  31.68 
 
 
401 aa  149  6e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4050  peptidoglycan-binding LysM  30.51 
 
 
426 aa  149  1e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.021914  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4687  peptidoglycan-binding LysM  30.81 
 
 
417 aa  149  1e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0096  Peptidoglycan-binding LysM  28.19 
 
 
349 aa  148  2e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2842  LysM domain-containing protein  28.57 
 
 
341 aa  148  2e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0024  peptidoglycan-binding LysM  32.95 
 
 
359 aa  147  3e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3395  Peptidoglycan-binding LysM  30.51 
 
 
419 aa  146  7e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3586  Peptidoglycan-binding LysM  29.85 
 
 
377 aa  144  3e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0282  putative signal peptide protein  28.37 
 
 
387 aa  143  5e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0020  peptidoglycan-binding LysM  28.19 
 
 
343 aa  143  5e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.732804  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4083  peptidoglycan-binding LysM  29.19 
 
 
420 aa  139  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164352  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00023  Peptidoglycan-binding LysM  29.38 
 
 
367 aa  136  5e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.574097  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5114  Peptidoglycan-binding LysM  30.43 
 
 
405 aa  135  9e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4640  peptidoglycan-binding LysM  28.53 
 
 
408 aa  134  2e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.132875  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04054  LysM domain protein  29.22 
 
 
366 aa  134  2e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3409  peptidoglycan-binding LysM  29.61 
 
 
388 aa  132  1e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392654  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3861  peptidoglycan-binding LysM  27.84 
 
 
409 aa  131  2e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3680  Peptidoglycan-binding LysM  28.33 
 
 
395 aa  130  4e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3357  Peptidoglycan-binding LysM  28.33 
 
 
364 aa  130  4e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695863  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0069  signal peptide protein  27.3 
 
 
390 aa  128  1e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3566  peptidoglycan-binding LysM  26.13 
 
 
358 aa  125  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3879  peptidoglycan-binding LysM  28.08 
 
 
430 aa  122  1e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0019  Peptidoglycan-binding LysM  27.01 
 
 
349 aa  115  1e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.154254 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0018  LysM domain protein  27.01 
 
 
349 aa  115  1e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1930  hypothetical protein  26.68 
 
 
384 aa  114  2e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0889  peptidoglycan-binding LysM  27.64 
 
 
333 aa  113  5e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  3.0411e-06  hitchhiker  3.23717e-12 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1866  peptidoglycan-binding LysM  26.43 
 
 
384 aa  110  5e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2551  LysM domain-containing protein  29 
 
 
335 aa  103  5e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3691  peptidoglycan-binding LysM  27.24 
 
 
340 aa  97.1  5e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  2.7016e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0501  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  28.92 
 
 
429 aa  94  4e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0409  LysM domain-containing protein  24.5 
 
 
333 aa  91.3  3e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.22112e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0530  peptidoglycan-binding LysM  24.53 
 
 
331 aa  90.5  5e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2701  peptidoglycan-binding LysM  26.39 
 
 
440 aa  87.8  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2695  peptidoglycan-binding LysM  22.76 
 
 
435 aa  87.4  4e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0516695  normal  0.123815 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2887  Peptidoglycan-binding LysM  24.93 
 
 
440 aa  87  4e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2794  Peptidoglycan-binding LysM  24.93 
 
 
440 aa  87  5e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0244523  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3268  Peptidoglycan-binding LysM  26.71 
 
 
339 aa  86.3  8e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000361142  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2713  Peptidoglycan-binding LysM  28.15 
 
 
335 aa  85.9  1e-15  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.292431  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1527  Peptidoglycan-binding LysM  25.08 
 
 
338 aa  80.1  6e-14  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27524e-30 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0537  peptidoglycan-binding LysM  23 
 
 
394 aa  68.9  1e-10  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  2.01658e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1755  peptidoglycan-binding LysM  35.71 
 
 
195 aa  51.6  2e-05  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.273127 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6887  transcriptional regulator, SARP family  42.11 
 
 
935 aa  48.1  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.691511  normal  0.899507 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8593  Peptidoglycan-binding LysM  41.82 
 
 
356 aa  48.9  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.902374  normal  0.799796 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0326  LysM domain protein  48.89 
 
 
377 aa  48.1  0.0002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0219877  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2281  LysM domain-containing protein  41.82 
 
 
357 aa  47  0.0005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0169093  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0662  putative cell wall turnover protein  33.33 
 
 
185 aa  47  0.0005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  36.23 
 
 
219 aa  46.2  0.0008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1627  Peptidoglycan-binding LysM  44.68 
 
 
207 aa  45.1  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000379646 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2725  5'-nucleotidase-like  37.5 
 
 
663 aa  45.4  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0300  Allergen V5/Tpx-1 related  34.85 
 
 
205 aa  43.9  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.022059  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1442  hypothetical protein  39.66 
 
 
212 aa  43.9  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0917  LysM domain/BON superfamily protein  28.57 
 
 
166 aa  43.9  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1583  peptidoglycan-binding LysM  41.82 
 
 
142 aa  43.5  0.006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  42 
 
 
1051 aa  43.1  0.007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1944  LysM domain/BON superfamily protein  28.57 
 
 
161 aa  42.7  0.01  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.123188  normal  0.0308749 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2267  LysM domain/BON superfamily protein  28.57 
 
 
161 aa  42.7  0.01  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0461572  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>