More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0028 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0028  methionyl-tRNA formyltransferase  100 
 
 
318 aa  651  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.709441  hitchhiker  0.00475764 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  98.74 
 
 
318 aa  644  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  98.74 
 
 
318 aa  644  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.57015e-05 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  95.91 
 
 
318 aa  631  1e-180  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  93.4 
 
 
318 aa  612  1e-174  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  1.88499e-06 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0031  methionyl-tRNA formyltransferase  92.77 
 
 
318 aa  607  1e-173  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  92.45 
 
 
318 aa  605  1e-172  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00109779 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0026  methionyl-tRNA formyltransferase  92.45 
 
 
318 aa  605  1e-172  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  90.88 
 
 
318 aa  595  1e-169  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0034  methionyl-tRNA formyltransferase  81.01 
 
 
329 aa  536  1e-151  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0590691 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  80.37 
 
 
321 aa  533  1e-150  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  79.5 
 
 
318 aa  524  1e-148  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0037  methionyl-tRNA formyltransferase  80.25 
 
 
320 aa  524  1e-147  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.553222 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  82.11 
 
 
320 aa  517  1e-146  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.601603  normal  0.144256 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3737  methionyl-tRNA formyltransferase  78.34 
 
 
324 aa  509  1e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00219855 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0023  methionyl-tRNA formyltransferase  77.29 
 
 
319 aa  502  1e-141  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2474  methionyl-tRNA formyltransferase  68.05 
 
 
315 aa  449  1e-125  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00392  methionyl-tRNA formyltransferase  67.42 
 
 
315 aa  437  1e-121  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3481  methionyl-tRNA formyltransferase  67.1 
 
 
315 aa  430  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000745387  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03138  methionyl-tRNA formyltransferase  67.1 
 
 
315 aa  430  1e-119  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.511897  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3770  methionyl-tRNA formyltransferase  66.77 
 
 
315 aa  429  1e-119  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0147386  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4610  methionyl-tRNA formyltransferase  67.1 
 
 
315 aa  429  1e-119  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267184  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0074  methionyl-tRNA formyltransferase  65.18 
 
 
321 aa  427  1e-119  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002056  methionyl-tRNA formyltransferase  66.13 
 
 
315 aa  430  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  67.1 
 
 
315 aa  430  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  67.1 
 
 
315 aa  430  1e-119  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00147266 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03089  hypothetical protein  67.1 
 
 
315 aa  430  1e-119  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3672  methionyl-tRNA formyltransferase  66.45 
 
 
315 aa  424  1e-118  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4512  methionyl-tRNA formyltransferase  66.77 
 
 
314 aa  426  1e-118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.017466  hitchhiker  0.000185831 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3583  methionyl-tRNA formyltransferase  66.77 
 
 
315 aa  426  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.291651  normal  0.0987748 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0079  methionyl-tRNA formyltransferase  65.4 
 
 
316 aa  423  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3719  methionyl-tRNA formyltransferase  64.74 
 
 
315 aa  418  1e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.236435  hitchhiker  0.00730816 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3603  methionyl-tRNA formyltransferase  65.48 
 
 
315 aa  417  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.109792  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3604  methionyl-tRNA formyltransferase  65.48 
 
 
315 aa  417  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3711  methionyl-tRNA formyltransferase  65.48 
 
 
315 aa  417  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.734888  normal  0.143925 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3676  methionyl-tRNA formyltransferase  65.48 
 
 
315 aa  417  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3774  methionyl-tRNA formyltransferase  65.48 
 
 
315 aa  418  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0315  methionyl-tRNA formyltransferase  65.81 
 
 
315 aa  411  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0614  methionyl-tRNA formyltransferase  65.81 
 
 
315 aa  411  1e-114  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00549944  normal  0.0281332 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3883  methionyl-tRNA formyltransferase  65.81 
 
 
315 aa  411  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00162165  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0355  methionyl-tRNA formyltransferase  64.19 
 
 
313 aa  409  1e-113  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.36252  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3790  methionyl-tRNA formyltransferase  64.63 
 
 
315 aa  406  1e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.243321  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  64.86 
 
 
315 aa  407  1e-112  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3969  methionyl-tRNA formyltransferase  63.99 
 
 
315 aa  402  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.483115  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0438  methionyl-tRNA formyltransferase  65.13 
 
 
313 aa  401  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0040  methionyl-tRNA formyltransferase  64.74 
 
 
317 aa  400  1e-110  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00021  methionyl-tRNA formyltransferase  63.82 
 
 
312 aa  400  1e-110  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0054  methionyl-tRNA formyltransferase  60.9 
 
 
314 aa  391  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0019  methionyl-tRNA formyltransferase  59.81 
 
 
327 aa  381  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0086  methionyl-tRNA formyltransferase  59.87 
 
 
310 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2251  hitchhiker  9.86218e-08 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  58.65 
 
 
310 aa  378  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417966  decreased coverage  6.11556e-15 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0178  methionyl-tRNA formyltransferase  58.6 
 
 
314 aa  377  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  58.33 
 
 
310 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.217446 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0067  methionyl-tRNA formyltransferase  58.33 
 
 
310 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.196453  unclonable  4.39837e-07 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0020  methionyl-tRNA formyltransferase  58.41 
 
 
322 aa  374  1e-102  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0019  methionyl-tRNA formyltransferase  57.05 
 
 
310 aa  368  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107334  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0192  methionyl-tRNA formyltransferase  58.61 
 
 
312 aa  369  1e-101  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0018  methionyl-tRNA formyltransferase  58.92 
 
 
314 aa  363  2e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  57.52 
 
 
319 aa  363  2e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000109798  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  54.98 
 
 
311 aa  360  3e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0090  methionyl-tRNA formyltransferase  54.58 
 
 
314 aa  359  4e-98  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0186427  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2096  methionyl-tRNA formyltransferase  54.58 
 
 
314 aa  359  4e-98  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.156857  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00190  methionyl-tRNA formyltransferase  59.21 
 
 
314 aa  355  6e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.767541  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0196  methionyl-tRNA formyltransferase  56.33 
 
 
318 aa  349  4e-95  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00869838  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  53.23 
 
 
332 aa  342  4e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.982881  normal  0.112275 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00160  methionyl-tRNA formyltransferase  56.86 
 
 
325 aa  338  1e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2844  methionyl-tRNA formyltransferase  54.52 
 
 
308 aa  337  2e-91  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2647  hypothetical protein  52.65 
 
 
314 aa  328  1e-88  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2868  methionyl-tRNA formyltransferase  54.4 
 
 
325 aa  326  3e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0415  methionyl-tRNA formyltransferase  50.97 
 
 
311 aa  326  3e-88  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.467918  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2517  hypothetical protein  52.32 
 
 
314 aa  323  2e-87  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3015  methionyl-tRNA formyltransferase  54.49 
 
 
323 aa  321  1e-86  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0186  methionyl-tRNA formyltransferase  52.24 
 
 
308 aa  308  7e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000823971 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2084  methionyl-tRNA formyltransferase  53.87 
 
 
311 aa  307  1e-82  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.198796  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  50.97 
 
 
307 aa  300  2e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3584  methionyl-tRNA formyltransferase  52.81 
 
 
307 aa  299  5e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1996  methionyl-tRNA formyltransferase  49.67 
 
 
309 aa  296  2e-79  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1714  methionyl-tRNA formyltransferase  49.67 
 
 
309 aa  295  7e-79  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0015  methionyl-tRNA formyltransferase  52.88 
 
 
309 aa  292  5e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.229268 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2383  methionyl-tRNA formyltransferase  47.43 
 
 
348 aa  292  6e-78  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.596014  normal  0.0248257 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0244  methionyl-tRNA formyltransferase  47.59 
 
 
315 aa  290  3e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3339  methionyl-tRNA formyltransferase  47.3 
 
 
311 aa  287  2e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.376602  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2139  methionyl-tRNA formyltransferase  44.21 
 
 
361 aa  284  2e-75  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931795 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0831  methionyl-tRNA formyltransferase  49.68 
 
 
327 aa  283  2e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2467  methionyl-tRNA formyltransferase  44.57 
 
 
363 aa  283  2e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0926432 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0635  methionyl-tRNA formyltransferase  47 
 
 
318 aa  282  6e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0157901  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0649  methionyl-tRNA formyltransferase  47.33 
 
 
318 aa  282  6e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.95229e-24 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04056  methionyl-tRNA formyltransferase  49.02 
 
 
307 aa  281  9e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0072  methionyl-tRNA formyltransferase  48 
 
 
327 aa  280  2e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.603691  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3354  methionyl-tRNA formyltransferase  47.66 
 
 
327 aa  278  6e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1864  methionyl-tRNA formyltransferase  48.51 
 
 
307 aa  278  7e-74  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3123  methionyl-tRNA formyltransferase  50.65 
 
 
327 aa  278  1e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.760657  normal  0.204185 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0310  methionyl-tRNA formyltransferase  51.62 
 
 
328 aa  278  1e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0819  methionyl-tRNA formyltransferase  46.33 
 
 
313 aa  276  2e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3677  methionyl-tRNA formyltransferase  47.04 
 
 
327 aa  276  4e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2491  methionyl-tRNA formyltransferase  43.61 
 
 
319 aa  275  7e-73  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4415  methionyl-tRNA formyltransferase  51.3 
 
 
328 aa  275  9e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.628902 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3181  methionyl-tRNA formyltransferase  50.65 
 
 
327 aa  274  1e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1928  methionyl-tRNA formyltransferase  48.36 
 
 
307 aa  274  1e-72  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0130  methionyl-tRNA formyltransferase  44.44 
 
 
317 aa  273  2e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>