More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0023 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_0021  ArsR family transcriptional regulator  100 
 
 
102 aa  206  1e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  3.64753e-06  normal  0.0654899 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0023  ArsR family transcriptional regulator  100 
 
 
102 aa  206  1e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.24872e-09  hitchhiker  0.000733869 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0029  ArsR family transcriptional regulator  99.02 
 
 
102 aa  204  3e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  4.81298e-05  hitchhiker  7.45632e-07 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0021  regulatory protein ArsR  98.04 
 
 
102 aa  201  2e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00282375  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0026  regulatory protein, ArsR  98.04 
 
 
102 aa  201  2e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000871967  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0025  ArsR family transcriptional regulator  98.04 
 
 
102 aa  201  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00398711  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0025  transcriptional regulator, ArsR family  98.04 
 
 
102 aa  201  2e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.111257  hitchhiker  1.53005e-06 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0026  ArsR family transcriptional regulator  97.06 
 
 
102 aa  202  2e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0018  regulatory protein, ArsR  97.03 
 
 
102 aa  199  9e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.413678  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0037  ArsR family transcriptional regulator  87.25 
 
 
102 aa  184  5e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.139091 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0025  ArsR family transcriptional regulator  87.13 
 
 
101 aa  181  2e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0028  regulatory protein, ArsR  86.14 
 
 
102 aa  180  5e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  1.36281e-05  normal  0.0492639 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0026  ArsR family transcriptional regulator  83.17 
 
 
101 aa  175  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.849172  normal  0.018094 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0024  ArsR family transcriptional regulator  86 
 
 
101 aa  174  3e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  5.55304e-09  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0018  transcriptional regulator, ArsR family protein  81.19 
 
 
101 aa  172  2e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.591177  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0020  regulatory protein, ArsR  83.17 
 
 
101 aa  172  2e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2367  regulatory protein ArsR  53.85 
 
 
97 aa  105  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.74667  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004423  transcriptional activator HlyU  55.67 
 
 
100 aa  100  5e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.88739e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0576  transcriptional activator HlyU  53.61 
 
 
103 aa  100  6e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000103894  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1236  ArsR family transcriptional regulator  46.74 
 
 
101 aa  100  9e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.118736  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2292  ArsR family transcriptional regulator  54.26 
 
 
99 aa  99.8  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.863307  hitchhiker  1.72581e-07 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00976  hypothetical protein  53.06 
 
 
101 aa  99  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2615  ArsR family transcriptional regulator  46.39 
 
 
119 aa  96.3  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.237547  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1287  ArsR family transcriptional regulator  50.52 
 
 
98 aa  95.5  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.65957e-07  normal  0.329148 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000101  transcriptional regulator ArsR family  50.52 
 
 
102 aa  95.5  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.344497  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0210  transcriptional activator HlyU  60 
 
 
85 aa  95.5  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  9.76206e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1095  ArsR family transcriptional regulator  49.48 
 
 
98 aa  94.7  4e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  6.20503e-09  normal  0.070685 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1937  ArsR family transcriptional regulator  54.84 
 
 
107 aa  94.4  5e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1079  ArsR family transcriptional regulator  50.52 
 
 
104 aa  94  7e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  7.95282e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1190  ArsR family transcriptional regulator  49.48 
 
 
98 aa  94  7e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00010661  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0920  transcriptional regulator HlyU  49.48 
 
 
98 aa  91.7  3e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  3.31953e-10  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3141  ArsR family transcriptional regulator  49.48 
 
 
98 aa  90.9  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  1.77762e-05  normal  0.988511 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3239  transcriptional regulator, ArsR family  49.48 
 
 
98 aa  90.9  5e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00078895  normal  0.52452 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3538  transcriptional regulator HlyU  49.48 
 
 
98 aa  90.9  5e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1055  regulatory protein, ArsR  49.48 
 
 
98 aa  90.9  5e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.584265  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1050  regulatory protein, ArsR  49.48 
 
 
98 aa  90.9  5e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.42354e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2961  ArsR family transcriptional regulator  49.48 
 
 
98 aa  90.9  5e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  3.18119e-07  normal  0.703465 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1151  ArsR family transcriptional regulator  49.48 
 
 
98 aa  90.9  5e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  3.55977e-06  normal  0.185077 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1117  regulatory protein ArsR  49.48 
 
 
98 aa  90.9  5e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  3.62609e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3043  ArsR family transcriptional regulator  49.48 
 
 
98 aa  90.9  5e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  1.76438e-06  normal  0.676383 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2894  transcriptional regulator, ArsR family protein  49.48 
 
 
98 aa  90.9  5e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0578791  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1306  ArsR family transcriptional regulator  42.16 
 
 
109 aa  90.1  8e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.680406  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2727  regulatory protein, ArsR  49.48 
 
 
98 aa  90.1  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  3.69896e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1050  ArsR family transcriptional regulator  44.33 
 
 
141 aa  88.6  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0961  regulatory protein, ArsR  39.8 
 
 
135 aa  88.2  4e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4153  transcriptional regulator, ArsR family  42.86 
 
 
119 aa  87.8  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.161785  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0586  ArsR family transcriptional regulator  42.71 
 
 
105 aa  87.8  4e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1532  ArsR family transcriptional regulator  47.47 
 
 
115 aa  87  7e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1589  ArsR family transcriptional regulator  47.47 
 
 
115 aa  87  7e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000194684  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1617  ArsR family transcriptional regulator  38.24 
 
 
115 aa  84.7  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.755746  normal  0.662554 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6792  ArsR family transcriptional regulator  50 
 
 
108 aa  85.1  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.439051  normal  0.0283932 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1580  regulatory protein ArsR  46.46 
 
 
115 aa  84.7  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.0014541  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3285  transcriptional regulator ArsR family  44.79 
 
 
105 aa  84.3  5e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2105  ArsR family transcriptional regulator  53.95 
 
 
100 aa  83.6  1e-15  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01281  transcriptional regulator, ArsR family protein  46.91 
 
 
87 aa  82  2e-15  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  4.57227e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0333  ArsR family transcriptional regulator  39 
 
 
104 aa  82.4  2e-15  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1619  regulatory protein ArsR  43.3 
 
 
103 aa  82.4  2e-15  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  5.54955e-08  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0923  transcriptional regulator, TrmB  50.63 
 
 
105 aa  81.6  3e-15  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2370  ArsR family transcriptional regulator  40.59 
 
 
103 aa  81.6  4e-15  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  1.92814e-05  hitchhiker  1.68087e-05 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3721  ArsR family transcriptional regulator  43.48 
 
 
104 aa  80.9  6e-15  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0645821  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4701  regulatory protein, ArsR  35.05 
 
 
106 aa  80.1  9e-15  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.593544  normal  0.304994 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2476  ArsR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
110 aa  79  2e-14  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3096  transcriptional regulator, ArsR family  49.4 
 
 
105 aa  79.3  2e-14  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.556468  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2827  transcriptional regulator, ArsR family  49.4 
 
 
105 aa  79  2e-14  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313122  normal  0.191386 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3741  transcriptional regulator, ArsR family  47.44 
 
 
103 aa  79.3  2e-14  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4139  transcriptional regulator, ArsR family  43.75 
 
 
107 aa  79.3  2e-14  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.908803  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1742  transcriptional regulator, ArsR family  46.91 
 
 
106 aa  79.3  2e-14  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.11027 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2022  transcriptional regulator, ArsR family  39.33 
 
 
111 aa  79  2e-14  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1544  transcriptional regulator, ArsR family  44.83 
 
 
109 aa  79  2e-14  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.411749  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48910  ArsR family regulatory protein  40.21 
 
 
107 aa  78.2  3e-14  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.316349  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0202  ArsR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
115 aa  77.8  4e-14  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0359  ArsR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
115 aa  77.8  4e-14  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1900  ArsR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
115 aa  77.8  4e-14  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.428282  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1814  ArsR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
115 aa  77.8  4e-14  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.978602  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1404  ArsR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
115 aa  77.8  4e-14  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.209415  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0937  ArsR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
115 aa  77.8  4e-14  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0445  ArsR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
115 aa  77.8  4e-14  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2316  transcriptional regulator, TrmB  43.75 
 
 
107 aa  78.2  4e-14  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.66279  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8029  transcriptional regulator ArsR family  44.33 
 
 
106 aa  77.8  4e-14  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2369  transcriptional regulator, ArsR family  38.89 
 
 
100 aa  77.8  5e-14  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.000230878  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2002  transcriptional regulator, ArsR family  38.89 
 
 
100 aa  77.8  5e-14  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0793  regulatory protein, ArsR  36.63 
 
 
105 aa  77.4  6e-14  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1706  transcriptional regulator, ArsR family  41.84 
 
 
121 aa  77.4  6e-14  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.09956  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2994  regulatory protein ArsR  41.67 
 
 
99 aa  77.4  6e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.566931  normal  0.0250812 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3099  regulatory protein ArsR  41.67 
 
 
99 aa  77.4  6e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.22781  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2309  regulatory protein ArsR  47.13 
 
 
114 aa  77.4  6e-14  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.374797 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1543  transcription regulator protein  46.59 
 
 
121 aa  77  7e-14  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0436972 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1211  transcriptional regulator, ArsR family  38.71 
 
 
113 aa  77.4  7e-14  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4201  regulatory protein, ArsR  39.78 
 
 
106 aa  77  8e-14  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.541615  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0363  regulatory protein, ArsR  40.21 
 
 
111 aa  77  8e-14  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  6.21973e-05 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3286  putative transcriptional regulator, ArsR family  40.7 
 
 
106 aa  77  8e-14  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1206  ArsR family transcriptional regulator  46.99 
 
 
115 aa  76.6  9e-14  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.233915  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1189  transcriptional regulator, ArsR family  41.67 
 
 
142 aa  77  9e-14  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2947  ArsR family transcriptional regulator  44.94 
 
 
99 aa  76.3  1e-13  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02487  hypothetical protein  44.94 
 
 
99 aa  76.3  1e-13  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1039  ArsR family transcriptional regulator  44.94 
 
 
99 aa  76.3  1e-13  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05708  hypothetical protein  38.71 
 
 
97 aa  76.3  1e-13  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0132  transcriptional regulator, TrmB  44.94 
 
 
107 aa  76.6  1e-13  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.500146  normal  0.0196192 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2910  regulatory protein, ArsR  41.67 
 
 
99 aa  76.6  1e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1917  regulatory protein, ArsR  39.56 
 
 
117 aa  76.3  1e-13  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.984874 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>