274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0013 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_0013  sulfur transfer protein SirA  100 
 
 
81 aa  171  4e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0013  sulfur transfer protein SirA  100 
 
 
81 aa  171  4e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  1.82945e-05 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0021  sulfur transfer protein SirA  98.77 
 
 
81 aa  170  6e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.628095  hitchhiker  1.7124e-08 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0019  sulfur transfer protein SirA  98.77 
 
 
81 aa  168  3e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0017  sulfur transfer protein SirA  95.06 
 
 
81 aa  164  3e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  1.23371e-06 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0018  sulfur transfer protein SirA  95.06 
 
 
81 aa  164  3e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0017  sulfur transfer protein SirA  95.06 
 
 
81 aa  164  3e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0103959 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0011  sulfur transfer protein SirA  95.06 
 
 
81 aa  164  4e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.119018  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0013  sulfur transfer protein SirA  93.83 
 
 
81 aa  162  1e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0013  sulfur transfer protein SirA  90 
 
 
81 aa  155  3e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  3.21499e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0012  sulfur transfer protein SirA  86.42 
 
 
81 aa  152  1e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0011  sulfur transfer protein SirA  82.72 
 
 
81 aa  152  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0020  sulfur transfer protein SirA  85.19 
 
 
81 aa  150  8e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  8.78962e-05 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0015  sulfur transfer protein SirA  85.19 
 
 
81 aa  149  9e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0331062  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0017  sulfur transfer protein SirA  83.95 
 
 
81 aa  148  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000196342 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0029  redox protein regulator of disulfide bond formation  83.95 
 
 
99 aa  147  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0748983  normal  0.0110056 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3986  sulfur transfer protein SirA  71.6 
 
 
84 aa  132  2e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0232  sulfur transfer protein SirA  71.6 
 
 
84 aa  132  2e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0570  sulfur transfer protein SirA  71.6 
 
 
84 aa  132  2e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0246  sulfur transfer protein SirA  75 
 
 
81 aa  130  4e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03272  hypothetical protein  75 
 
 
81 aa  130  4e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03319  cell developmental protein SirA  75 
 
 
81 aa  130  4e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3852  sulfur transfer protein SirA  75 
 
 
81 aa  130  4e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4790  sulfur transfer protein SirA  75 
 
 
81 aa  130  4e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3952  sulfur transfer protein SirA  75 
 
 
81 aa  130  4e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3669  sulfur transfer protein SirA  75 
 
 
81 aa  130  4e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0245  SirA family protein  75 
 
 
81 aa  130  4e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0205  SirA family protein  72.84 
 
 
81 aa  130  5e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.106509 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3754  sulfur transfer protein SirA  74.68 
 
 
81 aa  128  2e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3877  sulfur transfer protein SirA  75 
 
 
81 aa  129  2e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.899871  normal  0.161761 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3950  hypothetical protein  72.5 
 
 
111 aa  128  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.785107  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3780  hypothetical protein  72.5 
 
 
111 aa  128  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3770  hypothetical protein  72.5 
 
 
111 aa  128  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3890  hypothetical protein  72.5 
 
 
111 aa  128  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3847  hypothetical protein  72.5 
 
 
111 aa  128  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04046  sirA protein  67.5 
 
 
86 aa  124  4e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4069  SirA family protein  68.75 
 
 
81 aa  124  4e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0092  sulfur transfer protein SirA  71.25 
 
 
80 aa  124  6e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0087  sulfur transfer protein SirA  70 
 
 
81 aa  122  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253958  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001993  tRNA 5-methylaminomethyl-2-thiouridine synthase TusA  74.32 
 
 
82 aa  120  5e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00453  sulfur transfer protein SirA  74.32 
 
 
82 aa  120  7e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2495  sulfur transfer protein SirA  69.74 
 
 
82 aa  119  2e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2968  sulfur transfer protein SirA  70.13 
 
 
83 aa  118  3e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0282279  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3882  SirA family protein  64.2 
 
 
81 aa  118  3e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0225  regulator of information in SirA family protein  72.46 
 
 
78 aa  116  1e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4280  SirA-like  68 
 
 
83 aa  114  5e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.277621  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1572  sulfur transfer protein SirA  61.25 
 
 
79 aa  113  8e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0010  sirA protein  61.04 
 
 
81 aa  109  1e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0059  SirA-like  55.26 
 
 
86 aa  89  2e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.470716 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0054  hypothetical protein  51.32 
 
 
86 aa  82  3e-15  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2411  SirA-like protein  51.47 
 
 
83 aa  80.5  7e-15  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1827  sulfur transfer protein SirA  47.95 
 
 
84 aa  79.7  1e-14  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0248688  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3888  sulfur transfer protein SirA  50 
 
 
83 aa  79  2e-14  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.420847  normal  0.0778981 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1633  sulfur transfer protein SirA  51.47 
 
 
80 aa  78.6  3e-14  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.972147 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44270  sulfur transfer protein SirA  51.47 
 
 
79 aa  78.2  3e-14  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3766  sulfur transfer protein SirA  51.47 
 
 
79 aa  78.2  4e-14  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.769061  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20060  sulfur transfer protein SirA  50 
 
 
85 aa  77.8  5e-14  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3625  sulfur transfer protein SirA  50 
 
 
80 aa  77.8  5e-14  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.385858 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2116  sulfur transfer protein SirA  50 
 
 
80 aa  77.8  5e-14  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.101058 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1656  sulfur transfer protein SirA  50 
 
 
80 aa  77.8  5e-14  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100562  normal  0.450785 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1155  regulatory protein, MarR  46.25 
 
 
82 aa  77.4  6e-14  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.102823 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0140  SirA family protein  42.68 
 
 
97 aa  77.4  7e-14  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1905  sulfur transfer protein SirA  50 
 
 
83 aa  76.6  1e-13  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00381161  normal  0.533797 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2236  SirA family protein  51.47 
 
 
77 aa  76.3  1e-13  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.278986  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1779  SirA family protein  43.48 
 
 
81 aa  75.5  2e-13  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2018  SirA protein, putative  46.58 
 
 
84 aa  75.5  2e-13  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0674453  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1458  SirA-like  41.25 
 
 
78 aa  66.6  1e-10  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000274297  normal  0.357093 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1254  hypothetical protein  33.78 
 
 
77 aa  65.5  2e-10  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1694  SirA family protein  38.36 
 
 
75 aa  64.3  5e-10  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.304124  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2618  SirA-like protein  32.39 
 
 
80 aa  62.4  2e-09  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02400  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  37.33 
 
 
831 aa  62.8  2e-09  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1672  SirA family protein  38.57 
 
 
76 aa  61.6  3e-09  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0174  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein  37.68 
 
 
938 aa  62  3e-09  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2034  hypothetical protein  40.3 
 
 
85 aa  59.7  1e-08  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.358481  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2967  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  35.71 
 
 
817 aa  59.7  1e-08  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3601  SirA family protein  39.71 
 
 
74 aa  59.7  1e-08  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1455  SirA family protein  36.51 
 
 
74 aa  58.9  2e-08  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.316855  normal  0.421643 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2932  SirA family protein  35.29 
 
 
77 aa  58.9  2e-08  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2500  SirA family protein  34.29 
 
 
213 aa  58.9  2e-08  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1982  hypothetical protein  38.24 
 
 
79 aa  57.8  5e-08  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.948606  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1937  SirA family protein  35.29 
 
 
76 aa  57.8  5e-08  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.559837  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2575  molybdopterin cofactor biosynthesis MoaC region  31.88 
 
 
85 aa  57.8  6e-08  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0794  SirA family protein  33.33 
 
 
76 aa  57.4  6e-08  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  8.19157e-05  normal  0.19401 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2339  SirA family protein  38.03 
 
 
75 aa  57.8  6e-08  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0889916  normal  0.318145 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4059  hypothetical protein  41.18 
 
 
90 aa  56.2  1e-07  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1263  SirA family protein  32.88 
 
 
79 aa  55.5  2e-07  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600838  normal  0.692978 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1233  SirA family protein  32.88 
 
 
79 aa  55.5  2e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4185  SirA family protein  32.91 
 
 
79 aa  55.8  2e-07  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312975  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0717  SirA family protein  37.68 
 
 
102 aa  55.5  3e-07  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.178055  normal  0.908547 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1367  SirA-like  34.78 
 
 
79 aa  55.1  3e-07  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.463137  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3894  SirA family protein  37.31 
 
 
74 aa  55.1  3e-07  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.401469  hitchhiker  0.00420681 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2558  SirA family protein  35.21 
 
 
80 aa  55.1  3e-07  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.488236 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0436  SirA-like  33.82 
 
 
75 aa  54.7  4e-07  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4391  hypothetical protein  31.65 
 
 
83 aa  54.7  4e-07  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2217  hypothetical protein  32.39 
 
 
76 aa  54.7  4e-07  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.403117  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0038  SirA family protein  32.88 
 
 
78 aa  54.7  4e-07  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  6.89982e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0904  SirA family protein  38.81 
 
 
78 aa  54.7  5e-07  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.849606  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2668  SirA-like protein  38.18 
 
 
89 aa  54.3  5e-07  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.220469  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1544  SirA-like  32.86 
 
 
83 aa  54.3  5e-07  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.409096  normal  0.0539174 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0669  SirA family protein  38.36 
 
 
78 aa  54.7  5e-07  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>