More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0006 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0006  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
282 aa  575  1e-163  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  4.87815e-10 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0006  LysR family transcriptional regulator  98.58 
 
 
282 aa  567  1e-161  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0014  transcriptional regulator  96.45 
 
 
282 aa  556  1e-157  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.22814e-08 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0425  LysR family transcriptional regulator  64.26 
 
 
281 aa  381  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05533  transcriptional regulator  47.62 
 
 
276 aa  255  5e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0413  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
302 aa  236  2e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
296 aa  187  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
283 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
283 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 
321 aa  179  5e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
322 aa  176  3e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 
322 aa  176  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 
322 aa  176  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
283 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 
284 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  36.07 
 
 
284 aa  176  6e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
283 aa  175  7e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  35.02 
 
 
332 aa  174  1e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  34.5 
 
 
309 aa  173  3e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
316 aa  173  4e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.07 
 
 
296 aa  172  6e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
284 aa  171  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 
284 aa  169  3e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  32.12 
 
 
285 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  1.82672e-07 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 
294 aa  166  6e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 
285 aa  164  1e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 
294 aa  164  2e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 
294 aa  164  2e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 
294 aa  164  2e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 
285 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
295 aa  163  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 
296 aa  162  8e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 
294 aa  159  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  35.61 
 
 
293 aa  159  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  35.8 
 
 
290 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0368  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 
285 aa  156  4e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 
284 aa  154  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 
317 aa  150  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 
304 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  35.91 
 
 
289 aa  149  7e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 
284 aa  148  1e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 
299 aa  145  5e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 
285 aa  146  5e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  32.5 
 
 
295 aa  145  7e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 
293 aa  143  3e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 
290 aa  143  4e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0183  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 
319 aa  143  4e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
279 aa  143  4e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1269  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 
291 aa  143  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0299945  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 
304 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4219  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 
283 aa  142  9e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 
313 aa  141  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 
299 aa  141  1e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 
289 aa  141  1e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4068  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
292 aa  141  1e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5807  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 
283 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 
298 aa  139  7e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 
306 aa  138  8e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 
287 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6632  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 
282 aa  137  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.994606 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 
291 aa  136  3e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
292 aa  136  3e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7706  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
283 aa  136  3e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.364073  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 
291 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 
291 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 
291 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 
294 aa  136  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
306 aa  136  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
290 aa  136  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 
291 aa  136  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1911  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 
305 aa  135  5e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6037  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 
283 aa  135  8e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 
291 aa  135  9e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6152  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 
282 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.824926  normal  0.461056 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5787  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 
282 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 
294 aa  134  2e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
291 aa  134  2e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
316 aa  133  3e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5090  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
285 aa  133  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3916  LysR family transcriptional regulator  32.94 
 
 
300 aa  133  4e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0255667  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2444  transcriptional regulator LrhA  30.85 
 
 
312 aa  132  5e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 
312 aa  132  5e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.556937 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02214  DNA-binding transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes  30.85 
 
 
312 aa  132  5e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2438  transcriptional regulator LrhA  30.85 
 
 
312 aa  132  5e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.340717  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 
290 aa  132  5e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02174  hypothetical protein  30.85 
 
 
312 aa  132  5e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3428  transcriptional regulator LrhA  30.85 
 
 
312 aa  132  7e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0286077  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2665  transcriptional regulator LrhA  30.85 
 
 
312 aa  132  7e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0194806  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2582  transcriptional regulator LrhA  30.85 
 
 
312 aa  132  7e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.210285  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1367  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 
312 aa  132  8e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.189941  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  31.2 
 
 
311 aa  132  9e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 
306 aa  131  1e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 
291 aa  131  1e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  31.09 
 
 
317 aa  131  1e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  30.4 
 
 
316 aa  131  1e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
294 aa  131  1e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1220  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 
289 aa  130  2e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.286254  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 
283 aa  130  2e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 
290 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 
283 aa  129  4e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>