More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0001 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_4067  chromosomal replication initiation protein  79.66 
 
 
467 aa  765  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  1.02031e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4177  chromosomal replication initiation protein  79.87 
 
 
462 aa  758  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  5.10804e-08  normal  0.0257346 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4123  chromosomal replication initiation protein  79.01 
 
 
466 aa  754  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00889574  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4172  chromosomal replication initiation protein  79.01 
 
 
466 aa  754  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.049293  normal  0.324603 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4050  chromosomal replication initiation protein  79.01 
 
 
466 aa  754  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0553543  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00002  Chromosomal replication initiator protein dnaA  90.29 
 
 
533 aa  645  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  9.17685e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4066  chromosomal replication initiation protein  79.01 
 
 
466 aa  754  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  8.44177e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4230  chromosomal replication initiation protein  79.01 
 
 
466 aa  755  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00725647  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4153  chromosomal replication initiation protein  79.87 
 
 
462 aa  758  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.6269e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0009  chromosomal replication initiation protein  99.57 
 
 
460 aa  950  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  2.81375e-07  unclonable  6.00935e-11 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0001  chromosomal replication initiation protein  96.54 
 
 
462 aa  922  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.57699e-06  unclonable  1.21376e-05 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0009  chromosomal replication initiation protein  78.42 
 
 
468 aa  750  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00184157  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5130  chromosomal replication initiation protein  79.44 
 
 
467 aa  762  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  5.58594e-06  normal  0.0494414 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0003  chromosomal replication initiation protein  63.14 
 
 
510 aa  637  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4223  chromosomal replication initiation protein  79.66 
 
 
467 aa  764  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  6.6194e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0006  chromosomal replication initiation protein  92.64 
 
 
462 aa  880  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  4.03403e-07  unclonable  1.36332e-10 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0001  chromosomal replication initiation protein  94.42 
 
 
462 aa  904  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  2.11976e-10  n/a   
 
 
 
NC_007963  Csal_0001  chromosomal replication initiation protein  64.11 
 
 
495 aa  644  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2507  chromosomal replication initiation protein  79.49 
 
 
472 aa  767  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.51721e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0001  chromosomal replication initiation protein  63.21 
 
 
511 aa  636  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.424003  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0001  chromosomal replication initiation protein  93.51 
 
 
462 aa  887  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  2.81438e-07  unclonable  1.18337e-08 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0001  chromosomal replication initiation protein  64.17 
 
 
494 aa  648  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0001  chromosomal replication initiation protein  79.66 
 
 
467 aa  765  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000185056  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0001  chromosomal replication initiation protein  97.18 
 
 
461 aa  926  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  5.1e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  79.53 
 
 
483 aa  758  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  3.28329e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0001  chromosomal replication initiation protein  80 
 
 
450 aa  734  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  6.34969e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0001  chromosomal replication initiation protein  91.83 
 
 
459 aa  875  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  7.81636e-06  unclonable  3.44978e-06 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0013  chromosomal replication initiation protein  93.04 
 
 
457 aa  863  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  2.24276e-07  hitchhiker  0.000759559 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  76.58 
 
 
474 aa  731  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00208216  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0001  chromosomal replication initiation protein  93.72 
 
 
461 aa  891  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.02323e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  62.04 
 
 
511 aa  637  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0008  chromosomal replication initiation protein  99.57 
 
 
460 aa  951  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  80.3 
 
 
462 aa  768  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138659  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  75.27 
 
 
461 aa  720  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.926832  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03529  hypothetical protein  79.66 
 
 
467 aa  765  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00951486  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0001  chromosomal replication initiation protein  96.54 
 
 
462 aa  922  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  5.62887e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  80.85 
 
 
464 aa  768  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00240104  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3915  chromosomal replication initiation protein  79.66 
 
 
467 aa  765  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.26813e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0001  chromosomal replication initiation protein  79.87 
 
 
465 aa  759  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00156244  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0001  chromosomal replication initiation protein  80.47 
 
 
465 aa  762  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00429077  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00442  chromosomal replication initiation protein  79.96 
 
 
468 aa  751  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002009  chromosomal replication initiator protein dnaA  80.13 
 
 
468 aa  745  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  5.52796e-05  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  79.66 
 
 
467 aa  765  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  1.36922e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0001  chromosomal replication initiation protein  96.1 
 
 
461 aa  906  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  2.63579e-08  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03585  chromosomal replication initiation protein  79.66 
 
 
467 aa  765  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0183504  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0001  chromosomal replication initiation protein  67.6 
 
 
455 aa  643  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.632445  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4212  chromosomal replication initiation protein  79.66 
 
 
467 aa  765  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  2.01887e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0001  chromosomal replication initiation protein  96.54 
 
 
462 aa  922  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  9.98931e-09  unclonable  3.43779e-12 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0001  chromosomal replication initiation protein  96.54 
 
 
462 aa  922  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  2.57358e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0001  chromosomal replication initiation protein  100 
 
 
460 aa  954  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.79736e-07  unclonable  3.13535e-11 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0001  chromosomal replication initiation protein  67.25 
 
 
452 aa  655  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0001  chromosomal replication initiation protein  67.25 
 
 
452 aa  655  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0001  chromosomal replication initiation protein  99.57 
 
 
460 aa  951  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  7.24276e-06  unclonable  1.76e-05 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00010  chromosomal replication initiation protein  67.01 
 
 
478 aa  655  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.499294  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0001  chromosomal replication initiation protein  65.65 
 
 
451 aa  635  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  7.64641e-07  normal  0.435321 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0032  chromosomal replication initiation protein  79.91 
 
 
463 aa  761  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  2.17775e-05  normal  0.251102 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0001  chromosomal replication initiation protein  63.64 
 
 
505 aa  632  1e-180  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.390724  normal  0.0464489 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00010  chromosomal replication initiation protein  62.91 
 
 
514 aa  634  1e-180  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.373198  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0010  chromosomal replication initiation protein  63.51 
 
 
506 aa  632  1e-180  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.645293  hitchhiker  3.64152e-05 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0001  chromosomal replication initiation protein  61.21 
 
 
507 aa  633  1e-180  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00366311  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0001  chromosomal replication initiation protein  62.18 
 
 
512 aa  631  1e-180  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0001  chromosomal replication initiation protein  64.66 
 
 
451 aa  621  1e-177  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  1.23931e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0001  chromosomal replication initiation protein  64.66 
 
 
451 aa  621  1e-177  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00187127  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  61.2 
 
 
516 aa  615  1e-175  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  3.522e-07  unclonable  7.22922e-12 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1227  chromosomal replication initiation protein  64.78 
 
 
449 aa  617  1e-175  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.174697  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3033  chromosomal replication initiator protein DnaA  63.82 
 
 
442 aa  605  1e-172  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.949168  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  63.36 
 
 
455 aa  606  1e-172  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.738178 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0001  chromosomal replication initiation protein  60.94 
 
 
487 aa  588  1e-167  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  1.89853e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0001  chromosomal replication initiation protein  58.65 
 
 
524 aa  584  1e-165  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0237228  normal  0.131634 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0136  chromosomal replication initiation protein  60.39 
 
 
452 aa  577  1e-163  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  5.82235e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  59.65 
 
 
469 aa  562  1e-159  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000259143  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0001  chromosomal replication initiation protein  77.06 
 
 
511 aa  561  1e-159  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0001  chromosomal replication initiator protein, DnaA  60.22 
 
 
449 aa  560  1e-158  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  58.09 
 
 
467 aa  560  1e-158  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  9.849e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3714  chromosomal replication initiator protein DnaA  57.11 
 
 
458 aa  557  1e-157  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0883513  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3309  chromosomal replication initiator protein DnaA  56.02 
 
 
452 aa  526  1e-148  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  56.02 
 
 
452 aa  526  1e-148  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000132407  decreased coverage  0.000453889 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  53.08 
 
 
470 aa  521  1e-146  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  1.33107e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  54.17 
 
 
457 aa  505  1e-142  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03483  chromosomal replication initiation protein  54.95 
 
 
442 aa  505  1e-142  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0001  chromosomal replication initiation protein  52.75 
 
 
476 aa  504  1e-141  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00109258  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0001  chromosomal replication initiation protein  55.6 
 
 
443 aa  486  1e-136  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.351926 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  51.33 
 
 
475 aa  479  1e-134  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.202829  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0001  chromosomal replication initiation protein  48.19 
 
 
500 aa  475  1e-133  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0001  chromosomal replication initiation protein  51.72 
 
 
465 aa  478  1e-133  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.0295e-06  decreased coverage  0.002869 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2848  chromosomal replication initiation protein  47.16 
 
 
533 aa  471  1e-132  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0089  chromosomal replication initiation protein  47.16 
 
 
533 aa  472  1e-132  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0301  chromosomal replication initiation protein  47.16 
 
 
533 aa  472  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3442  chromosomal replication initiation protein  47.51 
 
 
522 aa  473  1e-132  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.807856  normal  0.719643 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0103  chromosomal replication initiation protein  47.16 
 
 
533 aa  471  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0001  chromosomal replication initiation protein  50.77 
 
 
468 aa  470  1e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0688864  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  51.43 
 
 
474 aa  466  1e-130  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0537995  normal  0.168321 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0001  chromosomal replication initiation protein  50.66 
 
 
464 aa  465  1e-130  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.789649 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0001  chromosomal replication initiation protein  49.56 
 
 
473 aa  462  1e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4144  chromosomal replication initiation protein  49.34 
 
 
473 aa  462  1e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.274258 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4117  chromosomal replication initiation protein  51.32 
 
 
465 aa  463  1e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  9.31933e-05  normal  0.0270955 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0001  chromosomal replication initiation protein  53.19 
 
 
443 aa  459  1e-128  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0296464  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0001  chromosomal replication initiation protein  47.09 
 
 
518 aa  458  1e-128  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0001  chromosomal replication initiation protein  50.22 
 
 
475 aa  461  1e-128  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.738182  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0001  chromosomal replication initiation protein  52.85 
 
 
443 aa  456  1e-127  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0269853  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>