17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_4208 on replicon NC_008573
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008573  Shewana3_4208  hypothetical protein  100 
 
 
431 aa  883    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000759939  normal 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0098  type IV conjugative transfer system protein TraW  26.75 
 
 
421 aa  114  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.122831 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1095  pilus assembly protein TraW, putative  24.75 
 
 
422 aa  76.6  0.0000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.521873  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4230  hypothetical protein  27.18 
 
 
212 aa  62.8  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5375  Type-F conjugative transfer system protein TraW  27.66 
 
 
217 aa  59.7  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.670393 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0027  conjugal transfer pilus assembly protein TraW  24.74 
 
 
210 aa  56.6  0.0000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_4002  hypothetical protein  23.85 
 
 
231 aa  56.2  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.760813  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4292  conjugal transfer pilus assembly protein TraW  27.18 
 
 
206 aa  52.4  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0030  hypothetical protein  24.62 
 
 
208 aa  52.4  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4175  hypothetical protein  25.68 
 
 
212 aa  50.4  0.00006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0943876 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4173  hypothetical protein  34.58 
 
 
258 aa  49.7  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0999993 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0348  sex pilus assembly protein  27.22 
 
 
230 aa  48.9  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.589332 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0973  putative cytoplasmic protein  22.11 
 
 
224 aa  47.8  0.0004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.545358  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2166  hypothetical protein  25.7 
 
 
215 aa  47.8  0.0004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3774  hypothetical protein  24.29 
 
 
200 aa  46.2  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2326  hypothetical protein  30.51 
 
 
252 aa  43.9  0.006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0830351  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2942  succinyl-CoA synthetase subunit alpha  24.87 
 
 
300 aa  43.1  0.01  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>