More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_4162 on replicon NC_008573
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_3672  type I restriction-modification system, M subunit  86.25 
 
 		 910 aa  1560    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01115  type I restriction-modification system, methyltransferase subunit  76.4 
 
 		 862 aa  1371    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4082  type I restriction-modification system, M subunit  84.52 
 
 		 863 aa  1503    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03120  type I restriction system adenine methylase HsdM  55.25 
 
 		 856 aa  976    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0118515  hitchhiker  7.147270000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3536  type I restriction-modification system, M subunit  85.8 
 
 		 863 aa  1551    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1915  type I restriction-modification system, M subunit  59.73 
 
 		 853 aa  1062    Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.93858  hitchhiker  0.00587021 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4162  type I restriction-modification system, M subunit  100 
 
 		 874 aa  1795    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.235487 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4458  type I restriction-modification system, M subunit  81.33 
 
 		 863 aa  1450    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1959  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  54.91 
 
 		 855 aa  957    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2725  type I restriction-modification system, M subunit  45.31 
 
 		 525 aa  388  1e-106  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3954  type I restriction-modification system, M subunit  44.08 
 
 		 525 aa  386  1e-105  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0753  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  41.67 
 
 		 534 aa  357  7.999999999999999e-97  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0952  type I restriction-modification system, M subunit  29.55 
 
 		 809 aa  353  7e-96  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000609916 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1215  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  43.83 
 
 		 462 aa  350  5e-95  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2853  N-6 DNA methylase  30.45 
 
 		 810 aa  349  2e-94  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0991376 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0466  type I restriction-modification system, M subunit  38.93 
 
 		 518 aa  344  4e-93  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0454  type I restriction-modification system, M subunit  38.93 
 
 		 518 aa  344  4e-93  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1843  type I restriction-modification system, M subunit  38.67 
 
 		 554 aa  344  5e-93  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1895  type I restriction-modification system, M subunit  38.93 
 
 		 518 aa  343  8e-93  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.646372  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1860  type I restriction-modification system, M subunit  38.93 
 
 		 518 aa  343  8e-93  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.876278  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2472  type I restriction-modification system, M subunit  41.4 
 
 		 518 aa  343  9e-93  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0275864  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3354  type I restriction-modification system, M subunit  39.81 
 
 		 528 aa  342  1e-92  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.501947  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0750  type I restriction-modification system, M subunit  38.16 
 
 		 544 aa  337  5e-91  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4623  type I restriction-modification system, M subunit  29.56 
 
 		 810 aa  337  7e-91  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.218097 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3546  type I restriction-modification system, M subunit  37.3 
 
 		 535 aa  335  2e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0439  Type I restriction-modification system M subunit  37.94 
 
 		 534 aa  332  1e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00153392  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0251  type I restriction-modification system, M subunit  29.83 
 
 		 808 aa  332  2e-89  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2672  N-6 DNA methylase  30.47 
 
 		 814 aa  332  2e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.29252  normal  0.213379 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1220  type I restriction-modification system, M subunit  36.94 
 
 		 540 aa  328  3e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.107175  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0427  type I restriction-modification system, M subunit  29.64 
 
 		 827 aa  328  3e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  31.17 
 
 		 814 aa  327  4.0000000000000003e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1779  type I restriction-modification system specificity subunit  29.16 
 
 		 799 aa  324  4e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0450  type I restriction-modification system, M subunit  37.02 
 
 		 537 aa  323  7e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00003054 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2193  type I restriction-modification system, M subunit  29.3 
 
 		 847 aa  323  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184981  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  32.71 
 
 		 799 aa  323  9.999999999999999e-87  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1085  type I restriction-modification system, M subunit  34.5 
 
 		 547 aa  322  1.9999999999999998e-86  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.103049  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0925  type I restriction-modification system, M subunit  37.19 
 
 		 535 aa  322  1.9999999999999998e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000528021  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2003  type I restriction-modification system, M subunit  35.77 
 
 		 537 aa  317  8e-85  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2372  type I restriction-modification system, M subunit  35.77 
 
 		 537 aa  317  8e-85  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.728855  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0129  type I restriction-modification system, M subunit  35.69 
 
 		 537 aa  314  4.999999999999999e-84  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3715  type I restriction-modification system, M subunit  35.84 
 
 		 547 aa  312  2e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0369  type I restriction-modification system, M subunit  28.57 
 
 		 871 aa  309  1.0000000000000001e-82  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2274  type I restriction-modification system DNA methylase  35.17 
 
 		 527 aa  294  5e-78  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0079  type I restriction-modification system, M subunit  35.84 
 
 		 520 aa  293  8e-78  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  37.35 
 
 		 494 aa  291  5.0000000000000004e-77  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  29.16 
 
 		 814 aa  290  6e-77  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2182  type I restriction-modification system, M subunit  34.98 
 
 		 527 aa  290  6e-77  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2619  type I restriction-modification system, M subunit  33.99 
 
 		 584 aa  288  2.9999999999999996e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  34.7 
 
 		 574 aa  286  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1545  type I restriction-modification system, M subunit  34.9 
 
 		 522 aa  284  7.000000000000001e-75  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.648114  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  28.52 
 
 		 815 aa  282  2e-74  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  36.36 
 
 		 495 aa  281  5e-74  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1104  type I restriction-modification system, M subunit  34.03 
 
 		 519 aa  280  7e-74  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  33.91 
 
 		 587 aa  279  2e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  34.86 
 
 		 501 aa  279  2e-73  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0505  type I restriction-modification system, M subunit  35.04 
 
 		 524 aa  274  6e-72  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  33.27 
 
 		 574 aa  274  6e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0563  type I restriction-modification system, M subunit  30.47 
 
 		 908 aa  273  1e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0170311  hitchhiker  0.0000000000000803096 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2421  type I restriction-modification system, M subunit  33.59 
 
 		 526 aa  273  1e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.636498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  34.04 
 
 		 574 aa  270  5.9999999999999995e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0161  type I restriction-modification system, M subunit  36.47 
 
 		 506 aa  270  1e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  36.31 
 
 		 526 aa  268  2e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  35.4 
 
 		 585 aa  268  2.9999999999999995e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4262  type I restriction-modification system, M subunit  34.82 
 
 		 527 aa  268  2.9999999999999995e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2258  type I restriction-modification system, M subunit  28.94 
 
 		 891 aa  267  8e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  28.88 
 
 		 816 aa  265  3e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  33.27 
 
 		 505 aa  261  3e-68  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  28.57 
 
 		 822 aa  262  3e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4043  N-6 DNA methylase  31.41 
 
 		 824 aa  261  4e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1412  type I restriction-modification system, M subunit  32.67 
 
 		 517 aa  258  3e-67  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.446719  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  34.67 
 
 		 499 aa  256  1.0000000000000001e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05613  type I restriction-modification system specificity subunit  28.88 
 
 		 873 aa  255  2.0000000000000002e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1953  type I restriction-modification system, M subunit  32.28 
 
 		 523 aa  256  2.0000000000000002e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.710513  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1499  type I restriction-modification system, M subunit  32.95 
 
 		 521 aa  255  2.0000000000000002e-66  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.1762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2348  type I restriction-modification system, M subunit  33.73 
 
 		 505 aa  255  3e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.427504  hitchhiker  0.00993981 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3470  type I restriction-modification system, M subunit  32.6 
 
 		 523 aa  254  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1888  type I restriction-modification system, M subunit  32.63 
 
 		 526 aa  250  8e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2253  type I restriction-modification system, M subunit  32.6 
 
 		 523 aa  250  1e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.475184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  33.33 
 
 		 633 aa  248  4e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0821  type I restriction-modification system, M subunit  33.07 
 
 		 515 aa  248  4e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  31.62 
 
 		 808 aa  247  6e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1850  type I restriction-modification system, M subunit  32.64 
 
 		 489 aa  246  9.999999999999999e-64  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  31.76 
 
 		 860 aa  241  5e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  31.62 
 
 		 508 aa  238  5.0000000000000005e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3056  type I restriction-modification system, M subunit  30.69 
 
 		 515 aa  237  7e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.994596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  31.43 
 
 		 523 aa  235  2.0000000000000002e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2550  type I restriction-modification system, M subunit  31.94 
 
 		 527 aa  234  4.0000000000000004e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.19461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4393  type I restriction-modification system, M subunit  31.58 
 
 		 515 aa  234  7.000000000000001e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  30.18 
 
 		 495 aa  228  5.0000000000000005e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  33.47 
 
 		 505 aa  223  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  31.67 
 
 		 568 aa  221  3e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  33.47 
 
 		 504 aa  222  3e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  33 
 
 		 499 aa  219  2e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  33.6 
 
 		 499 aa  218  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  32.22 
 
 		 498 aa  207  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3984  N-6 DNA methylase  32.18 
 
 		 505 aa  206  1e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1896  N-6 DNA methylase  31.78 
 
 		 511 aa  204  4e-51  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.836046  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  31.19 
 
 		 498 aa  205  4e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4820  N-6 DNA methylase  31.5 
 
 		 496 aa  202  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  32.02 
 
 		 500 aa  200  7.999999999999999e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>