More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_4155 on replicon NC_008573
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008573  Shewana3_4155  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 
313 aa  634    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.259995 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  63.12 
 
 
308 aa  396  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.419499  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7265  putative cobalt-zinc-cadmium resistance protein czcB (cation efflux system protein czcB)  36.94 
 
 
315 aa  212  7e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0692053  normal  0.624413 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3647  secretion protein HlyD  37.72 
 
 
318 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.547068 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  41.44 
 
 
329 aa  203  3e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.500568  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0616  RND family efflux transporter MFP subunit  41.24 
 
 
329 aa  203  3e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3342  secretion protein HlyD  38.19 
 
 
331 aa  203  4e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.135191 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4531  secretion protein HlyD  35.58 
 
 
316 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2345  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.49 
 
 
331 aa  198  7.999999999999999e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7182  putative cation efflux system protein czcB  38.06 
 
 
330 aa  198  9e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.454767  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2299  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.92 
 
 
330 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2143  secretion protein HlyD  37.92 
 
 
328 aa  195  6e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.139753 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1849  secretion protein HlyD  39.57 
 
 
327 aa  193  3e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.134036  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3370  RND family efflux transporter MFP subunit  37.84 
 
 
368 aa  191  1e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.948815  normal  0.259543 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1456  secretion protein HlyD  37.41 
 
 
330 aa  186  3e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.134538  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1958  putative RND efflux system protein, MFP subunit  33.66 
 
 
338 aa  185  7e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0386  hypothetical protein  40.36 
 
 
408 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1045  HelB protein  36.98 
 
 
417 aa  182  8.000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2372  HelB protein  37.74 
 
 
418 aa  180  2.9999999999999997e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3767  Fis family transcriptional regulator  38.58 
 
 
368 aa  177  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452805  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3869  cobalt-zinc-cadmium resistance protein (cation efflux system protein)  37.13 
 
 
432 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0666  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  34.52 
 
 
441 aa  170  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.188115  normal  0.0158775 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1956  hypothetical protein  34.75 
 
 
358 aa  168  9e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0111518  normal  0.309858 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31030  putative cation efflux system protein  35.56 
 
 
409 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000427913  unclonable  4.33311e-22 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2030  biotin/lipoyl attachment  33.33 
 
 
312 aa  161  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.359501  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3996  secretion protein HlyD  36.59 
 
 
414 aa  154  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1969  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  32.37 
 
 
339 aa  153  4e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.166615  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0226  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  32.12 
 
 
348 aa  151  1e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08530  efflux system component, RND family  35.06 
 
 
419 aa  152  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.104956  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4385  secretion protein HlyD  38.21 
 
 
414 aa  150  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.3317 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2096  secretion protein HlyD  33.58 
 
 
415 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1339  secretion protein HlyD  40.54 
 
 
502 aa  144  3e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1419  secretion protein HlyD  38.54 
 
 
400 aa  139  4.999999999999999e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1328  secretion protein HlyD  36.79 
 
 
503 aa  139  7e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.918511  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02028  putative RND efflux system protein, MFP subunit  32.73 
 
 
317 aa  139  7.999999999999999e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.692018  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3969  secretion protein HlyD  36.84 
 
 
407 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00373  HelB protein  31.44 
 
 
410 aa  134  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  35.11 
 
 
488 aa  133  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1848  RND family efflux transporter MFP subunit  36.9 
 
 
538 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.485461  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  36.17 
 
 
459 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1403  RND family efflux transporter MFP subunit  37.69 
 
 
459 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0023338 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2107  secretion protein HlyD  39.15 
 
 
509 aa  130  3e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207972  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2505  RND family efflux transporter MFP subunit  31.51 
 
 
416 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0949204  normal  0.0148068 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  38.04 
 
 
404 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0706  heavy metal efflux system membrane fusion protein  35.48 
 
 
491 aa  129  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0868485  normal  0.396702 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3844  RND family efflux transporter MFP subunit  35.11 
 
 
489 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.957975 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.07 
 
 
531 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00306  Secretion protein HlyD  30 
 
 
412 aa  128  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6171  RND family efflux transporter MFP subunit  34.57 
 
 
491 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.442702 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  35.11 
 
 
489 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  35.11 
 
 
489 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  40.54 
 
 
421 aa  126  6e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1763  Membrane Fusion Protein cluster 2 protein  33.02 
 
 
520 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.305253 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5981  cation proton antiporter efflux protein CzcB  33.02 
 
 
520 aa  125  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000176523  normal  0.0829956 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3556  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.68 
 
 
433 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1441  heavy metal resistance protein CzcB  32.86 
 
 
489 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.165558  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1526  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB  32.39 
 
 
489 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  35.83 
 
 
401 aa  123  4e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  35.87 
 
 
424 aa  123  5e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0032  heavy metal resistance protein CzcB  32.39 
 
 
516 aa  122  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.751867  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1030  heavy metal resistance protein CzcB  31.92 
 
 
489 aa  122  9e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0701844  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0400  heavy metal resistance protein CzcB  31.92 
 
 
489 aa  122  9e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0829315  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0012  heavy metal resistance protein CzcB  31.92 
 
 
489 aa  122  9e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1182  heavy metal resistance protein CzcB  31.92 
 
 
489 aa  122  9e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.125569  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0044  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  34.97 
 
 
416 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597635  hitchhiker  0.00000490268 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  35.33 
 
 
422 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  34.97 
 
 
416 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0061  RND family efflux transporter MFP subunit  34.97 
 
 
416 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00204779 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  36.41 
 
 
404 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  36.41 
 
 
404 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  34.97 
 
 
416 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.847384 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4123  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.5 
 
 
454 aa  120  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.860452 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2139  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.13 
 
 
457 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.05 
 
 
457 aa  119  6e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1374  heavy metal resistance protein CzcB  30.52 
 
 
484 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0492  cobalt-zinc-cadmium resistance protein  32.11 
 
 
404 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1715  RND family efflux transporter MFP subunit  32.62 
 
 
456 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.542005 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1071  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.05 
 
 
454 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  33.88 
 
 
397 aa  112  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2552  secretion protein HlyD  35.64 
 
 
410 aa  113  5e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  34.47 
 
 
459 aa  108  2e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1888  secretion protein HlyD  36.41 
 
 
399 aa  107  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.440468  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2716  RND divalent metal cation efflux membrane fusion protein CzcB precursor  34.2 
 
 
484 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  33.68 
 
 
484 aa  106  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  36.84 
 
 
423 aa  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.69 
 
 
427 aa  104  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.04 
 
 
428 aa  103  3e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  33.5 
 
 
424 aa  100  4e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  35.45 
 
 
418 aa  99.8  5e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  30.99 
 
 
399 aa  99.8  5e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  31.28 
 
 
398 aa  99  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  34.55 
 
 
410 aa  96.3  6e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2568  secretion protein HlyD  33.86 
 
 
389 aa  94.7  2e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.363903  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2064  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  24.91 
 
 
322 aa  93.2  5e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2608  RND family efflux transporter MFP subunit  32.82 
 
 
387 aa  92.4  8e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0604654  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2074  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  24.66 
 
 
322 aa  92.4  9e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2320  RND family efflux transporter MFP subunit  30.3 
 
 
399 aa  90.1  4e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.75 
 
 
400 aa  90.1  5e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2578  secretion protein HlyD  33.15 
 
 
385 aa  89.4  7e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.96147 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2383  RND family efflux transporter MFP subunit  32.8 
 
 
530 aa  88.2  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.182874  normal  0.0987183 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>