More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_4001 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009997  Sbal195_4322  MATE efflux family protein  82.78 
 
 
455 aa  709    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4617  DNA-damage-inducible protein F  88.57 
 
 
455 aa  786    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3792  MATE efflux family protein  83.74 
 
 
456 aa  731    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3802  MATE efflux family protein  94.29 
 
 
455 aa  793    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3875  MATE efflux family protein  93.17 
 
 
456 aa  781    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4001  MATE efflux family protein  100 
 
 
455 aa  906    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4123  MATE efflux family protein  82.78 
 
 
455 aa  710    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0144  MATE efflux family protein  82.34 
 
 
455 aa  704    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4191  MATE efflux family protein  83 
 
 
456 aa  710    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4009  MATE efflux family protein  71.14 
 
 
443 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0247  MATE efflux family protein  68.86 
 
 
447 aa  597  1e-170  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0180  MATE efflux family protein  70.81 
 
 
445 aa  565  1e-160  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0160  MATE efflux family protein  70.36 
 
 
444 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3527  MATE efflux family protein  64.4 
 
 
436 aa  533  1e-150  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0107  MATE efflux family protein  66.29 
 
 
448 aa  526  1e-148  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3501  DNA-damage-inducible protein F  59.5 
 
 
437 aa  478  1e-134  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002151  DNA-damage-inducible protein F  51.16 
 
 
449 aa  421  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.539092  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2891  multidrug efflux pump  49.31 
 
 
443 aa  397  1e-109  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.466203  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00266  multidrug efflux pump  49.53 
 
 
423 aa  392  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0110  MATE efflux family protein  48.63 
 
 
469 aa  375  1e-103  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.372068  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2425  DNA-damage-inducible protein F  50.92 
 
 
454 aa  372  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0069  MATE efflux family protein  40.71 
 
 
429 aa  310  2.9999999999999997e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.380329  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0061  MATE efflux family protein  42.27 
 
 
448 aa  310  5e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.871817  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0896  MATE efflux family protein  42.86 
 
 
460 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0613531 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4595  MATE efflux family protein  42.49 
 
 
445 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.122276 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0845  MATE efflux family protein  40.97 
 
 
439 aa  301  2e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.457545  normal  0.657757 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4459  DNA-damage-inducible SOS response protein  43.19 
 
 
454 aa  296  6e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4234  MATE efflux family protein  40.1 
 
 
447 aa  293  3e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04000  Na(+) driven multidrug efflux pump  42.89 
 
 
424 aa  288  1e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4384  multi anti extrusion protein MatE  42.27 
 
 
446 aa  287  2e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4844  DNA-damage-inducible protein F  42.11 
 
 
446 aa  286  5e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.8205  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2937  MATE efflux family protein  41.15 
 
 
451 aa  286  5.999999999999999e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1292  multi anti extrusion protein MatE  42.07 
 
 
455 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.110492 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0248  DNA-damage-inducible SOS response protein  42.86 
 
 
439 aa  283  6.000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.314498  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0630  multi anti extrusion protein MatE  43.66 
 
 
449 aa  283  7.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2863  MATE efflux family protein  39.13 
 
 
445 aa  281  2e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.277434  normal  0.247685 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0614  MATE efflux family protein  42.02 
 
 
445 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0166177 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0729  MATE efflux family protein  43.42 
 
 
449 aa  276  4e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.671906  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0035  DNA-damage-inducible protein F  38.57 
 
 
516 aa  276  7e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4553  DNA-damage-inducible SOS response protein  45.14 
 
 
459 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3949  MATE efflux family protein  44.91 
 
 
441 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4284  DNA-damage-inducible SOS response protein  45.14 
 
 
459 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03916  DNA-damage-inducible SOS response protein  44.91 
 
 
459 aa  273  3e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03876  hypothetical protein  44.91 
 
 
459 aa  273  3e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3984  DNA-damage-inducible SOS response protein  44.91 
 
 
459 aa  273  3e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.270802 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4597  DNA-damage-inducible SOS response protein  44.91 
 
 
459 aa  273  3e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4506  DNA-damage-inducible SOS response protein  44.91 
 
 
441 aa  273  4.0000000000000004e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4632  DNA-damage-inducible SOS response protein  42.6 
 
 
441 aa  273  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.251658 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4581  DNA-damage-inducible SOS response protein  42.6 
 
 
441 aa  273  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.941537 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4849  MATE efflux family protein  41.51 
 
 
450 aa  273  6e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3772  MATE efflux family protein  41.51 
 
 
450 aa  273  6e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5525  DNA-damage-inducible SOS response protein  44.8 
 
 
441 aa  272  9e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.580203  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4495  DNA-damage-inducible SOS response protein  42.37 
 
 
441 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4580  DNA-damage-inducible SOS response protein  42.37 
 
 
441 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4430  DNA-damage-inducible SOS response protein  42.37 
 
 
441 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000533043 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2844  MATE efflux family protein  41.15 
 
 
455 aa  270  4e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.94035  normal  0.605375 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2965  MATE efflux family protein  36.51 
 
 
446 aa  266  7e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0142288 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0439  MATE efflux family protein  37.53 
 
 
438 aa  265  1e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1551  MATE efflux family protein  36.49 
 
 
440 aa  264  3e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.959023  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0753  MATE efflux family protein  37.24 
 
 
441 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.10371 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0608  MATE efflux family protein  42.72 
 
 
445 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0569  MATE efflux family protein  42.72 
 
 
445 aa  257  3e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.163672  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0283  DNA-damage-inducible F transmembrane protein  42.19 
 
 
457 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00354836  normal  0.290631 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63730  putative transporter  42.6 
 
 
453 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0352676  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07070  Multidrug efflux protein, MatE family  40.92 
 
 
453 aa  250  3e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.12454  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1199  MATE efflux family protein  42.69 
 
 
456 aa  249  6e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.281549  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1069  MATE efflux family protein  38.5 
 
 
461 aa  249  7e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.279345 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1224  MATE efflux family protein  41.4 
 
 
456 aa  248  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1507  DNA-damage-inducible protein F  42.06 
 
 
463 aa  247  3e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.208132  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1536  DNA-damage-inducible protein  42.06 
 
 
463 aa  247  3e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.65109  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0879  MATE efflux family protein  36.95 
 
 
444 aa  245  9e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.696604 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4457  multi anti extrusion protein MatE  42.29 
 
 
454 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.13482  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1994  MATE efflux family protein  40.79 
 
 
453 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1296  MATE efflux family protein  41.03 
 
 
459 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2204  multidrug efflux pump, MATE family  36.3 
 
 
444 aa  244  3e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.023203  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1314  MATE efflux family protein  41.36 
 
 
459 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5540  putative transporter  42.6 
 
 
453 aa  243  5e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.360996  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0596  DNA-damage-inducible protein  41.82 
 
 
463 aa  242  9e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0179694  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1707  putative membrane protein (DNA-damage-inducible protein)  41.82 
 
 
463 aa  242  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0833  MATE efflux family protein  41.12 
 
 
459 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2755  DNA-damage-inducible protein F  41.97 
 
 
463 aa  237  3e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0789961  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1467  MATE efflux family protein  39.39 
 
 
441 aa  231  2e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.375826  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0324  putative DNA-damage-inducible protein F  35.53 
 
 
455 aa  226  5.0000000000000005e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.315939  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0310  DNA-damage-inducible protein F, putative  35.29 
 
 
455 aa  223  4.9999999999999996e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0403  MATE efflux family protein  34.35 
 
 
451 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.360287  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1640  DNA-damage-inducible protein F  33.03 
 
 
436 aa  216  7e-55  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0587  DNA-damage-inducible protein F  36.49 
 
 
447 aa  215  9.999999999999999e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0025  MATE efflux family protein  32.48 
 
 
433 aa  213  7e-54  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00700816  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0794  cation efflux pump, DNA-damage-inducible protein  34.5 
 
 
434 aa  212  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00344653 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0160  MATE efflux family protein  36.71 
 
 
456 aa  208  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.538946 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2494  MATE efflux family protein  35.19 
 
 
477 aa  208  2e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3613  MATE efflux family protein  34.95 
 
 
477 aa  207  3e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.214192  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0223  MATE efflux family protein  35.12 
 
 
448 aa  202  7e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4619  MATE efflux family protein  35.32 
 
 
452 aa  202  8e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0868  MATE efflux family protein  35.02 
 
 
440 aa  199  7e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0983692  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1710  MATE efflux family protein  30.95 
 
 
455 aa  194  3e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.841637  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0791  MATE efflux family protein  35.06 
 
 
451 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.412838 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0194  MATE efflux family protein  34.89 
 
 
446 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0912  MATE efflux family protein  31.49 
 
 
455 aa  187  4e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0886  MATE efflux family protein  31.49 
 
 
455 aa  187  4e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>