38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_3861 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_3861  hypothetical protein  100 
 
 
319 aa  655    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0197504 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4199  hypothetical protein  75.62 
 
 
340 aa  501  1e-141  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0376  hypothetical protein  26.43 
 
 
330 aa  94.4  2e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06218  hypothetical protein  24.48 
 
 
326 aa  90.5  3e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6544  hypothetical protein  24.9 
 
 
302 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.324447 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2234  AAA ATPase  24.31 
 
 
304 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.389055  decreased coverage  0.000860852 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4686  TniB family protein  24.9 
 
 
301 aa  67  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.60041  normal  0.0211663 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2504  transposon transposition helper protein C, putative  27.27 
 
 
294 aa  63.5  0.000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.059168  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0203  TniB family protein  24.45 
 
 
296 aa  59.3  0.00000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000461538 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2266  hypothetical protein  25.94 
 
 
315 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.339393 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0016  AAA ATPase  22.65 
 
 
312 aa  57  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0124  putative NTP-binding protein TniB  25.51 
 
 
298 aa  56.2  0.0000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6260  TniB  23.72 
 
 
289 aa  55.5  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0057  transposition helper protein  25.22 
 
 
296 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4580  TniB  23.08 
 
 
307 aa  53.1  0.000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0157  transposition protein TniB  25 
 
 
286 aa  52.4  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.359337  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0188  urease, alpha subunit  26.2 
 
 
293 aa  52.4  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1174  transposition protein TniB  27.91 
 
 
302 aa  51.6  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4904  TniB  22.31 
 
 
289 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3259  TniB family protein  22.31 
 
 
289 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.112641 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1630  hypothetical protein  26.74 
 
 
313 aa  50.4  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4973  NTP-binding protein TniB  24.54 
 
 
302 aa  50.4  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0899984  normal  0.24566 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4044  NTP-binding protein TniB  24.54 
 
 
302 aa  50.4  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.160827  normal  0.440608 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3009  hypothetical protein  24.54 
 
 
302 aa  50.4  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00246617 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0247  AAA ATPase  22.76 
 
 
562 aa  49.7  0.00007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.472515 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2132  TniB family protein  29.2 
 
 
203 aa  48.9  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.521965  normal  0.0287257 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06977  hypothetical protein  29.33 
 
 
196 aa  48.1  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0017  hypothetical protein  24.86 
 
 
335 aa  48.1  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1703  hypothetical protein  23.44 
 
 
322 aa  47.8  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0015  AAA ATPase  26.43 
 
 
319 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000241771 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3578  TniB family protein  27.82 
 
 
308 aa  47  0.0004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0550246  normal  0.0268044 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0007  AAA ATPase  26.43 
 
 
319 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0009  AAA ATPase  26.43 
 
 
319 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0992238  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0007  AAA ATPase  26.43 
 
 
319 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00746213  normal  0.114885 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2351  hypothetical protein  23.29 
 
 
310 aa  46.2  0.0008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0363942 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6596  TniB family protein  20 
 
 
289 aa  45.4  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4721  AAA ATPase  21.02 
 
 
327 aa  45.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.895386  normal  0.068339 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2603  AAA ATPase  23.19 
 
 
377 aa  43.1  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0342788  normal  0.397066 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>