More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_3848 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 
361 aa  739    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  29.97 
 
 
354 aa  179  7e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.44 
 
 
388 aa  171  2e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.631291  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  30.77 
 
 
357 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0630  RND family efflux transporter MFP subunit  29.83 
 
 
364 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0467  RND family efflux transporter MFP subunit  28.45 
 
 
360 aa  161  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.949455  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4314  RND family efflux transporter MFP subunit  30.77 
 
 
360 aa  160  4e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00180968  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1435  RND family efflux transporter MFP subunit  29.12 
 
 
359 aa  157  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3695  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 
360 aa  156  4e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.101272  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.75 
 
 
366 aa  151  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3571  RND family efflux transporter MFP subunit  29.36 
 
 
360 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239658  normal  0.276589 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0551  RND family efflux transporter MFP subunit  28.78 
 
 
360 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 
367 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.975013  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  29.07 
 
 
360 aa  145  1e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.392528  hitchhiker  0.00103818 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  26.93 
 
 
432 aa  145  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  28.44 
 
 
357 aa  144  3e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  29.69 
 
 
367 aa  143  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  29.69 
 
 
367 aa  142  9e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0668  RND family efflux transporter MFP subunit  27.37 
 
 
360 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0664  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.86 
 
 
360 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0641  RND family efflux transporter MFP subunit  27.86 
 
 
360 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2871  RND family efflux transporter MFP subunit  26.72 
 
 
357 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02529  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  27.79 
 
 
403 aa  140  3e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.23 
 
 
390 aa  140  3e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  27.48 
 
 
364 aa  140  3e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003811  membrane-fusion protein  29.71 
 
 
343 aa  140  4.999999999999999e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1280  putative multidrug resistance protein  29.39 
 
 
343 aa  139  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000228  membrane-fusion protein  27.25 
 
 
357 aa  138  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0697  RND family efflux transporter MFP subunit  29.15 
 
 
359 aa  138  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.72 
 
 
379 aa  136  6.0000000000000005e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  28.65 
 
 
369 aa  134  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3664  RND family efflux transporter MFP subunit  27.38 
 
 
370 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1418  RND family efflux transporter MFP subunit  28.41 
 
 
384 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  27.98 
 
 
367 aa  133  5e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1511  secretion protein HlyD  26.93 
 
 
357 aa  133  5e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1279  HlyD family secretion protein  27.17 
 
 
359 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  28.18 
 
 
366 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  31.18 
 
 
523 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01875  hypothetical protein  30.88 
 
 
343 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1351  putative multidrug resistance protein precursor  29.01 
 
 
357 aa  128  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 
379 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3992  RND efflux system membrane fusion protein  26.45 
 
 
366 aa  127  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1263  efflux transporter  28.36 
 
 
415 aa  126  6e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.471028  normal  0.778162 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1267  RND family efflux transporter MFP subunit  30.58 
 
 
355 aa  126  7e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2115  RND family efflux transporter MFP subunit  26.69 
 
 
358 aa  126  7e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.243289  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  25.82 
 
 
370 aa  124  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  28.96 
 
 
366 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0849  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 
360 aa  124  4e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.880012  normal  0.445386 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3513  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 
360 aa  124  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  28.49 
 
 
360 aa  124  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.41 
 
 
356 aa  123  6e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 
366 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0674  periplasmic linker protein  28.53 
 
 
358 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.21 
 
 
366 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0746  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  27.73 
 
 
366 aa  120  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339879  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.23 
 
 
349 aa  120  3e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.99545  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01876  hypothetical protein  26.06 
 
 
359 aa  120  3e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  26.09 
 
 
369 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1309  efflux protein  30.2 
 
 
364 aa  120  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 
369 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4143  RND family efflux transporter MFP subunit  27.87 
 
 
343 aa  120  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.478516 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 
369 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2567  RND family efflux transporter MFP subunit  26.52 
 
 
331 aa  120  3.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  26.8 
 
 
369 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02664  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  26.24 
 
 
359 aa  120  4.9999999999999996e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0150101  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  27.6 
 
 
371 aa  119  6e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2818  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.33 
 
 
349 aa  119  7e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  26.37 
 
 
361 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  28.84 
 
 
366 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  27.45 
 
 
356 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  29.3 
 
 
402 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4144  RND family efflux transporter MFP subunit  27.76 
 
 
365 aa  117  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.473768 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.58 
 
 
365 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  29.69 
 
 
359 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  27.12 
 
 
392 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.93 
 
 
402 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0630  secretion protein HlyD  28.37 
 
 
357 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0232449  normal  0.116732 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2103  RND family efflux transporter MFP subunit  24.79 
 
 
403 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0796794  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.39 
 
 
402 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  26.16 
 
 
396 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2289  RND family efflux transporter MFP subunit  25.83 
 
 
371 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.412391  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  27.3 
 
 
356 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2454  RND family efflux transporter MFP subunit  24.71 
 
 
393 aa  113  4.0000000000000004e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1048  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28 
 
 
367 aa  113  5e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0768467 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  27.82 
 
 
384 aa  113  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.99 
 
 
379 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.54 
 
 
377 aa  112  9e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.24 
 
 
380 aa  112  9e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.75 
 
 
376 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  26.22 
 
 
389 aa  111  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.718255  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  29.18 
 
 
418 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0673  multidrug resistance protein  27.3 
 
 
354 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  25.74 
 
 
405 aa  109  6e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2162  RND family efflux transporter MFP subunit  24.79 
 
 
371 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0954  RND family efflux transporter MFP subunit  24.79 
 
 
371 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  24.79 
 
 
371 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1392  RND family efflux transporter MFP subunit  28.12 
 
 
369 aa  108  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.484541  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5211  HlyD family secretion protein  28.96 
 
 
358 aa  108  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1001  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.48 
 
 
347 aa  108  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.612781  normal  0.0455845 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2826  RND family efflux transporter MFP subunit  27.49 
 
 
396 aa  107  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0174041 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>