254 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_3790 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0380  type I restriction-modification system, R subunit  68.64 
 
 
1033 aa  1498  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  40.67 
 
 
1059 aa  700  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2392  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  69.41 
 
 
1044 aa  1513  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  40.06 
 
 
1010 aa  742  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1070  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  36.86 
 
 
1067 aa  659  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.558069  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  36.09 
 
 
1111 aa  663  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2909  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  67.84 
 
 
1042 aa  1460  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3790  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  100 
 
 
1053 aa  2180  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  36.8 
 
 
1067 aa  677  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0099  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  39.64 
 
 
1089 aa  660  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.26483  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1790  restriction enzyme  75.84 
 
 
1072 aa  1675  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  38.44 
 
 
1012 aa  715  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4011  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  37.02 
 
 
1110 aa  633  1e-180  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.724918 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05615  type I site-specific deoxyribonuclease  35.27 
 
 
1179 aa  623  1e-177  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  35.72 
 
 
1042 aa  619  1e-175  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.175068  normal  0.39911 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2256  type I restriction-modification system, R subunit  36.41 
 
 
1061 aa  616  1e-175  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.14 
 
 
1084 aa  602  1e-171  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  35.22 
 
 
967 aa  594  1e-168  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  35.22 
 
 
967 aa  593  1e-168  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0567  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.33 
 
 
1087 aa  595  1e-168  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0552282  hitchhiker  2.12216e-12 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0608  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.4 
 
 
1006 aa  459  1e-127  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1893  type I restriction-modification system, R subunit  34.92 
 
 
1069 aa  447  1e-124  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2543  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.6 
 
 
1070 aa  418  1e-115  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.111804  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  31.01 
 
 
1023 aa  405  1e-111  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4202  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.04 
 
 
1034 aa  393  1e-107  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  30.17 
 
 
1030 aa  378  1e-103  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0616  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.59 
 
 
1024 aa  372  1e-101  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.945786  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2344  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.36 
 
 
1045 aa  371  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0184878 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.48 
 
 
1044 aa  370  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2450  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR family  28.61 
 
 
1042 aa  367  1e-100  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.89 
 
 
1029 aa  363  6e-99  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.11 
 
 
1079 aa  363  9e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0281  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.62 
 
 
1028 aa  360  7e-98  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  2.41298e-05 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.1 
 
 
1074 aa  352  1e-95  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.81 
 
 
984 aa  353  1e-95  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0008  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.92 
 
 
1099 aa  352  3e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.26 
 
 
1053 aa  350  1e-94  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  28.6 
 
 
984 aa  350  1e-94  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.36 
 
 
1032 aa  350  1e-94  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3386  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.2 
 
 
1052 aa  346  1e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.15 
 
 
1032 aa  345  2e-93  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0222  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28.06 
 
 
1028 aa  345  3e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  29.12 
 
 
1022 aa  345  3e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2413  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.12 
 
 
1022 aa  345  3e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.623106 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0288  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.02 
 
 
1003 aa  344  4e-93  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1804  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  29.35 
 
 
1068 aa  344  5e-93  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1642  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.12 
 
 
1003 aa  344  5e-93  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  28.66 
 
 
1031 aa  343  1e-92  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0011  type I site-specific deoxyribonuclease  31.64 
 
 
1061 aa  343  1e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.386666 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1854  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.81 
 
 
1026 aa  343  1e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1089  type I restriction-modification enzyme, R subunit, putative  27.43 
 
 
1040 aa  342  3e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3150  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.67 
 
 
1000 aa  341  4e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.54 
 
 
1000 aa  339  2e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.06 
 
 
993 aa  338  2e-91  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3549  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.3 
 
 
1092 aa  338  4e-91  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.276779  normal  0.254191 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3131  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.88 
 
 
1060 aa  337  5e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.789076  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.91 
 
 
1070 aa  337  7e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2912  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.97 
 
 
1045 aa  336  1e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1124  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.86 
 
 
1084 aa  333  1e-89  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0157  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.38 
 
 
1096 aa  333  1e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2012  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.38 
 
 
1046 aa  333  1e-89  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.599838  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3172  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.18 
 
 
995 aa  332  3e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  unclonable  9.57293e-14 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2283  Type I site-specific deoxyribonuclease  26.92 
 
 
1044 aa  331  4e-89  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.75 
 
 
1034 aa  330  7e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4782  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.25 
 
 
1029 aa  330  9e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.38 
 
 
1084 aa  330  9e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0028  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.28 
 
 
1046 aa  329  1e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.77996  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2927  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.9 
 
 
1020 aa  329  1e-88  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1863  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.37 
 
 
855 aa  328  3e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.3 
 
 
1042 aa  327  6e-88  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1115  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.22 
 
 
1107 aa  327  1e-87  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.69 
 
 
1040 aa  325  2e-87  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4470  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.68 
 
 
1084 aa  323  8e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.566129  normal  0.610404 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  26.09 
 
 
1051 aa  322  2e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4010  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.41 
 
 
1067 aa  320  1e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.66 
 
 
1044 aa  320  1e-85  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0838  type I restriction-modification system, R subunit  30.27 
 
 
1210 aa  317  7e-85  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1308  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28.59 
 
 
1077 aa  310  1e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.181512 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0024  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.96 
 
 
1108 aa  306  2e-81  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.955051  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0032  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.96 
 
 
1108 aa  306  2e-81  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0395746 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0101  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.51 
 
 
986 aa  303  1e-80  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.02 
 
 
974 aa  302  2e-80  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1217  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.11 
 
 
1065 aa  301  5e-80  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2327  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.85 
 
 
1046 aa  300  7e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.279582  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0006  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.13 
 
 
1068 aa  300  8e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.52 
 
 
1035 aa  300  1e-79  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.67 
 
 
1041 aa  286  2e-75  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2507  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.8 
 
 
1068 aa  284  7e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.351896  normal  0.319546 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1898  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.45 
 
 
981 aa  283  2e-74  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3906  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.19 
 
 
1097 aa  281  7e-74  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3082  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.78 
 
 
1085 aa  280  8e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0841  type I restriction-modification system, R subunit  29.87 
 
 
973 aa  280  1e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0969  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.87 
 
 
973 aa  280  1e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.301095 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2662  putative type I restriction enzyme R protein  27.37 
 
 
1076 aa  279  2e-73  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.322424  normal  0.707209 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2687  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.52 
 
 
979 aa  278  4e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1807  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.01 
 
 
982 aa  275  3e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.71292 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2239  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.36 
 
 
1046 aa  274  7e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3110  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.68 
 
 
980 aa  271  7e-71  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.81 
 
 
1020 aa  270  1e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2218  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.25 
 
 
975 aa  270  1e-70  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>