More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_3668 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4116  regulatory protein CsrD  93.98 
 
 		 631 aa  1243    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3668  regulatory protein CsrD  100 
 
 		 636 aa  1319    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0500  regulatory protein CsrD  84.72 
 
 		 647 aa  1132    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0384  regulatory protein CsrD  60.69 
 
 		 636 aa  768    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  68.4 
 
 		 635 aa  910    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0479  regulatory protein CsrD  84.57 
 
 		 647 aa  1130    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4422  regulatory protein CsrD  61.48 
 
 		 637 aa  753    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3352  regulatory protein CsrD  59.94 
 
 		 657 aa  782    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0555  regulatory protein CsrD  87.38 
 
 		 634 aa  1144    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0539  regulatory protein CsrD  64.88 
 
 		 636 aa  822    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3491  regulatory protein CsrD  98.27 
 
 		 636 aa  1303    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0503  regulatory protein CsrD  84.72 
 
 		 647 aa  1129    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0461  regulatory protein CsrD  99.21 
 
 		 636 aa  1311    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3840  regulatory protein CsrD  84.88 
 
 		 647 aa  1132    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3773  regulatory protein CsrD  61.72 
 
 		 635 aa  763    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3756  regulatory protein CsrD  58.44 
 
 		 636 aa  765    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  30.59 
 
 		 661 aa  317  5e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002364  MSHA biogenesis protein MshH  30.83 
 
 		 669 aa  317  6e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0464  regulatory protein CsrD  30.55 
 
 		 638 aa  317  6e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01356  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0397  regulatory protein CsrD  30.55 
 
 		 638 aa  316  8e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.793153  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1199  regulatory protein CsrD  31.29 
 
 		 637 aa  316  9.999999999999999e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00499457  normal  0.0245438 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4412  regulatory protein CsrD  30.06 
 
 		 643 aa  312  1e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000683384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2816  regulatory protein CsrD  30.56 
 
 		 673 aa  311  2.9999999999999997e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03702  regulatory protein CsrD  30.31 
 
 		 676 aa  306  8.000000000000001e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3836  regulatory protein CsrD  31.57 
 
 		 648 aa  304  3.0000000000000004e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00572517  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3678  regulatory protein CsrD  31.17 
 
 		 640 aa  298  2e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.012256  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0262  regulatory protein CsrD  29.4 
 
 		 645 aa  284  4.0000000000000003e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0339804  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0251  regulatory protein CsrD  29.29 
 
 		 645 aa  274  4.0000000000000004e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0597228  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3566  regulatory protein CsrD  29.61 
 
 		 646 aa  273  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000976452  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3567  regulatory protein CsrD  29.61 
 
 		 646 aa  273  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3638  regulatory protein CsrD  29.61 
 
 		 646 aa  273  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00473792 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3673  regulatory protein CsrD  29.61 
 
 		 646 aa  273  6e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.157127  normal  0.111128 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3735  regulatory protein CsrD  29.61 
 
 		 646 aa  273  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.374197  normal  0.0143461 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3547  regulatory protein CsrD  29.5 
 
 		 646 aa  271  4e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000352708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3688  regulatory protein CsrD  28.75 
 
 		 646 aa  270  8.999999999999999e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000764521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3284  regulatory protein CsrD  28.39 
 
 		 646 aa  269  1e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000365395  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03111  conserved inner membrane protein  28.39 
 
 		 646 aa  268  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0526547  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0455  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.39 
 
 		 646 aa  268  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000410805  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3442  regulatory protein CsrD  28.39 
 
 		 646 aa  268  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000473717  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0455  regulatory protein CsrD  28.39 
 
 		 646 aa  268  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0016698  normal  0.930829 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4568  regulatory protein CsrD  28.97 
 
 		 646 aa  268  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00218723  normal  0.217152 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3736  regulatory protein CsrD  28.24 
 
 		 646 aa  268  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000469652  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03062  hypothetical protein  28.39 
 
 		 646 aa  268  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0482106  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.77 
 
 		 634 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.16 
 
 		 642 aa  142  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.22 
 
 		 634 aa  141  3e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.54 
 
 		 634 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  25.5 
 
 		 646 aa  140  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.82 
 
 		 634 aa  138  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  24.31 
 
 		 634 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.31 
 
 		 634 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.31 
 
 		 634 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.62 
 
 		 642 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.49 
 
 		 632 aa  137  9e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.9 
 
 		 648 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.54 
 
 		 648 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.58 
 
 		 634 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.4 
 
 		 623 aa  135  3e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.16 
 
 		 648 aa  135  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.58 
 
 		 634 aa  135  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.65 
 
 		 638 aa  135  3e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  26.68 
 
 		 648 aa  134  5e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.88 
 
 		 637 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.03 
 
 		 817 aa  130  7.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  23.33 
 
 		 634 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.73 
 
 		 634 aa  128  3e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.19 
 
 		 1016 aa  128  3e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.35 
 
 		 632 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.44 
 
 		 648 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  25.64 
 
 		 634 aa  127  6e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.45 
 
 		 645 aa  127  8.000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1348  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  24.49 
 
 		 763 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.12 
 
 		 975 aa  124  4e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.67 
 
 		 645 aa  124  6e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0130  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.54 
 
 		 1072 aa  124  7e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0117  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  24.28 
 
 		 845 aa  123  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.734428  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0595  sensory box/GGDEF family protein  26.34 
 
 		 567 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0539  sensory box, GGDEF family protein  26.34 
 
 		 567 aa  123  9.999999999999999e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0539  sensory box, GGDEF family protein  26.34 
 
 		 567 aa  123  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0628  sensory box/GGDEF family protein  26.34 
 
 		 567 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0683  sensory box/GGDEF family protein  26.34 
 
 		 567 aa  123  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00619208 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0757  sensory box/GGDEF family protein  26.57 
 
 		 567 aa  123  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.61 
 
 		 663 aa  122  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0541  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.4 
 
 		 567 aa  121  3e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.13 
 
 		 644 aa  121  3.9999999999999996e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  27.01 
 
 		 631 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0696  sensory box/GGDEF family protein  26.62 
 
 		 568 aa  120  7e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.612215  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.72 
 
 		 637 aa  120  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1366  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.48 
 
 		 738 aa  117  6e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0664  sensory box/GGDEF family protein  26.39 
 
 		 567 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1159  PAS:GGDEF  23.66 
 
 		 748 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4673  sensory box/GGDEF family protein  26.39 
 
 		 567 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.6834899999999996e-21 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  23.49 
 
 		 1076 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.44 
 
 		 928 aa  114  5e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.575219 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.32 
 
 		 731 aa  114  6e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00840861 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.19 
 
 		 649 aa  113  9e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0034  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  24.7 
 
 		 806 aa  113  9e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  23.41 
 
 		 639 aa  113  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.58 
 
 		 979 aa  113  1.0000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  23.47 
 
 		 654 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>