96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_2839 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_2839  transcriptional regulator, putative  100 
 
 
289 aa  598  1e-170  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2665  transcriptional regulator, putative  99.31 
 
 
289 aa  594  1e-169  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2732  transcriptional regulator, putative  98.96 
 
 
289 aa  593  1e-169  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1603  transcriptional regulator, putative  92.01 
 
 
302 aa  547  1e-155  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2928  transcriptional regulator, putative  75.68 
 
 
289 aa  449  1e-125  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1454  transcriptional regulator, putative  75.95 
 
 
289 aa  449  1e-125  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0697104  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1420  transcriptional regulator, putative  75.34 
 
 
289 aa  447  1e-125  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1327  transcriptional regulator, putative  82.44 
 
 
289 aa  448  1e-125  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1426  transcriptional regulator, putative  75.68 
 
 
289 aa  448  1e-125  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3201  transcriptional regulator, putative  71.53 
 
 
288 aa  408  1e-113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1222  transcriptional regulator, putative  70.9 
 
 
293 aa  408  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2906  transcriptional regulator, putative  73.66 
 
 
288 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2664  transcriptional regulator, putative  72.09 
 
 
284 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2626  transcriptional regulator, putative  65.58 
 
 
336 aa  390  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1424  transcriptional regulator, putative  68.98 
 
 
288 aa  390  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1116  transcriptional regulator, putative  56.11 
 
 
272 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1683  hypothetical protein  41.7 
 
 
275 aa  182  6e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3105  hypothetical protein  41.98 
 
 
290 aa  173  3.9999999999999995e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.674192  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0120  hypothetical protein  38.96 
 
 
497 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1782  putative integrase  38.96 
 
 
325 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2179  transposase  38.96 
 
 
325 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2194  putative transposase  38.96 
 
 
329 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2493  transposase, putative  38.96 
 
 
325 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0917  transposase  38.96 
 
 
327 aa  134  3e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1378  putative integrase  39.39 
 
 
325 aa  133  3e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00372186  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2250  putative transposase  38.96 
 
 
333 aa  134  3e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2728  putative transposase  38.96 
 
 
441 aa  133  3e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0344  Integrase catalytic region  38.53 
 
 
325 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000845152  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3709  Integrase catalytic region  38.53 
 
 
325 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal  0.108327 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1631  Integrase catalytic region  32.91 
 
 
329 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1371  Fis family transcriptional regulator  40.43 
 
 
179 aa  111  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0199142  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1424  integrase catalytic subunit  34.76 
 
 
323 aa  107  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1401  integrase catalytic subunit  34.76 
 
 
323 aa  106  5e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2660  integrase catalytic subunit  34.76 
 
 
323 aa  105  6e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.271661 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2535  integrase catalytic subunit  34.76 
 
 
323 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.557756 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1301  integrase catalytic subunit  31.38 
 
 
321 aa  103  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.117909 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4152  transposase ISRme5 (copy d)  31.38 
 
 
321 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.29962  normal  0.334182 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1280  integrase catalytic subunit  31.8 
 
 
463 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.722165  normal  0.296416 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1251  integrase catalytic subunit  31.38 
 
 
333 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.093017 
 
 
-
 
NC_002978  WD0176  transposase, putative  38.27 
 
 
320 aa  100  4e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0224  integrase catalytic subunit  45.9 
 
 
316 aa  99  8e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2400  integrase catalytic subunit  45.9 
 
 
316 aa  99  8e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.61618  normal  0.0278741 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1054  integrase catalytic subunit  45.9 
 
 
316 aa  99  8e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.161609  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1353  integrase catalytic subunit  45.9 
 
 
316 aa  99  8e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.4232  normal  0.0729626 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1767  integrase catalytic subunit  45.9 
 
 
316 aa  99  8e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.417793 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1780  integrase catalytic subunit  45.9 
 
 
316 aa  99  8e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0228632  normal  0.851382 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3474  hypothetical protein  43.94 
 
 
206 aa  97.4  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.180544 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00518  transposase  31.38 
 
 
216 aa  96.7  4e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01280  transposase  31.38 
 
 
216 aa  96.7  4e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0995831  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0053  integrase catalytic subunit  43.94 
 
 
319 aa  95.9  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.142705  normal  0.776199 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1814  integrase catalytic subunit  43.94 
 
 
319 aa  95.9  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0485004  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3743  hypothetical protein  43.94 
 
 
319 aa  95.9  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3839  hypothetical protein  43.94 
 
 
319 aa  95.9  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.247548  normal  0.0595051 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2917  integrase, catalytic region  41.09 
 
 
321 aa  93.6  3e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.437302 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1293  integrase, catalytic region  43.41 
 
 
329 aa  92  9e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.345302  normal  0.407109 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0366  integrase, catalytic region  43.41 
 
 
329 aa  92.4  9e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.680873 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1097  integrase, catalytic region  43.41 
 
 
316 aa  91.7  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.495543  normal  0.303219 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1296  integrase, catalytic region  43.41 
 
 
316 aa  91.7  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2557  integrase, catalytic region  41.09 
 
 
188 aa  91.7  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.805017  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1717  integrase, catalytic region  43.41 
 
 
316 aa  91.7  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0171721  normal  0.307075 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0481  integrase, catalytic region  43.41 
 
 
316 aa  91.7  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.791017  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2225  integrase, catalytic region  43.41 
 
 
316 aa  91.7  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00213091  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2818  integrase, catalytic region  43.41 
 
 
316 aa  91.7  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2899  integrase, catalytic region  43.41 
 
 
327 aa  92  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0219368 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2918  integrase, catalytic region  43.41 
 
 
316 aa  91.7  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.423404 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0308  integrase, catalytic region  43.41 
 
 
316 aa  91.7  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3372  integrase catalytic region  27.63 
 
 
321 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7134  Integrase catalytic core  42.62 
 
 
303 aa  83.6  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2291  Integrase catalytic region  39.53 
 
 
348 aa  81.6  0.00000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.152349 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1875  Integrase catalytic region  39.53 
 
 
355 aa  82  0.00000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0702445 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1668  Integrase catalytic region  39.53 
 
 
330 aa  81.3  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.412192  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0692  Integrase catalytic region  39.53 
 
 
330 aa  81.3  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.229145  normal  0.133209 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1515  integrase catalytic region  40.16 
 
 
178 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.60322  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0481  integrase catalytic region  37.98 
 
 
463 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2721  Integrase catalytic region  39.53 
 
 
330 aa  81.3  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.562875  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3258  Integrase catalytic region  39.53 
 
 
330 aa  81.3  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1518  hypothetical protein  44.94 
 
 
101 aa  80.9  0.00000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25530  Integrase, catalytic domain-containing protein  27.23 
 
 
265 aa  80.1  0.00000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0952  hypothetical protein  36.92 
 
 
320 aa  80.1  0.00000000000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2422  Integrase catalytic region  38.76 
 
 
330 aa  79.7  0.00000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0122  integrase, catalytic region  37.21 
 
 
221 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0554  hypothetical protein  36.15 
 
 
314 aa  76.6  0.0000000000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    unclonable  0.000000000279647 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1176  hypothetical protein  35.38 
 
 
284 aa  73.9  0.000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.118975 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1273  hypothetical protein  36.15 
 
 
314 aa  74.7  0.000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0999856 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2980  hypothetical protein  24.29 
 
 
274 aa  70.5  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.653613  normal  0.40333 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7791  Integrase catalytic region  26.41 
 
 
323 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562755  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5447  Integrase catalytic region  43.3 
 
 
277 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.681137  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8690  putative integrase  34.13 
 
 
157 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5037  Integrase catalytic region  33.33 
 
 
274 aa  62  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0529  integrase, catalytic core  24.58 
 
 
259 aa  60.1  0.00000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0021  putative integrase  25.53 
 
 
332 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.468061 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0793  putative integrase  25.53 
 
 
343 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.638394 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0838  integrase, catalytic region  41.89 
 
 
286 aa  57.4  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.204021  hitchhiker  0.00436144 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2850  integrase, catalytic region  41.89 
 
 
329 aa  57.4  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0142  integrase, catalytic region  40.54 
 
 
111 aa  52.8  0.000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4022  Integrase catalytic region  25 
 
 
330 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.500717  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>