More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_2755 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  83.19 
 
 
1075 aa  1785  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0402  transcriptional regulator, CadC  53.29 
 
 
1124 aa  973  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  77.09 
 
 
1089 aa  1681  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  80.17 
 
 
1063 aa  1714  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  58.16 
 
 
1131 aa  1101  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  77.18 
 
 
1089 aa  1682  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  84.37 
 
 
1075 aa  1804  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  88.43 
 
 
1067 aa  1942  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  78.39 
 
 
1092 aa  1659  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  60 
 
 
1102 aa  1330  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  50.33 
 
 
1074 aa  994  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  77.83 
 
 
1075 aa  1671  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  37.53 
 
 
1092 aa  652  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  100 
 
 
1080 aa  2226  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2167  serine/threonine protein kinase  29.04 
 
 
973 aa  147  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.037734  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4287  HEAT repeat-domain-containing protein-like protein  28.7 
 
 
1194 aa  142  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.248989  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3207  WD-40 repeat-containing protein  29.75 
 
 
1157 aa  135  4e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.357908 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5605  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.98 
 
 
1823 aa  135  4e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.899312  normal  0.15288 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4807  serine/threonine protein kinase  26.92 
 
 
1078 aa  132  4e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.551353  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5302  serine/threonine protein kinase  27.99 
 
 
972 aa  129  2e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5405  hypothetical protein  28.04 
 
 
1073 aa  126  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3296  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.43 
 
 
1547 aa  125  4e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.558559 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2159  serine/threonine protein kinase  27.68 
 
 
1353 aa  122  3e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3451  WD40 repeat, subgroup  28.99 
 
 
1357 aa  122  3e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6918  transcriptional regulator, XRE family  30.59 
 
 
1334 aa  120  1e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00260237  hitchhiker  0.000100378 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1418  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.49 
 
 
1607 aa  120  2e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0372  serine/threonine protein kinase  26.36 
 
 
1032 aa  119  2e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.904942 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1092  serine/threonine protein kinase  27.48 
 
 
969 aa  119  3e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1272  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.17 
 
 
1190 aa  119  3e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  1.59501e-07 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1191  serine/threonine protein kinase  27.48 
 
 
969 aa  119  4e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4295  WD-40 repeat-containing protein  26.29 
 
 
1399 aa  117  1e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1417  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.77 
 
 
1598 aa  117  1e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3444  WD-40 repeat protein  26.52 
 
 
1308 aa  116  2e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.777666  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3910  WD-40 repeat-containing protein  29 
 
 
1152 aa  116  2e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1225  serine/threonine protein kinase  26.32 
 
 
897 aa  115  5e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.692846  normal  0.0133766 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0571  serine/threonine protein kinase  26.32 
 
 
965 aa  115  6e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.616948 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0112  WD-40 repeat protein  25.58 
 
 
1236 aa  112  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0636944 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5333  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  25.54 
 
 
1684 aa  112  4e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.90192  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6551  serine/threonine protein kinase  26.61 
 
 
1013 aa  111  6e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.285307 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0573  transcriptional activator domain-containing protein  27.25 
 
 
1699 aa  109  3e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.836093  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7085  WD-40 repeat-containing protein  26.86 
 
 
1265 aa  109  3e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1433  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.94 
 
 
1583 aa  108  6e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3099  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  24.67 
 
 
1599 aa  108  6e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.392467 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1422  serine/threonine protein kinase  26.39 
 
 
1046 aa  107  8e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03461  transcriptional regulator  40.69 
 
 
205 aa  107  1e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3572  diguanylate cyclase  24.36 
 
 
902 aa  107  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2911  transcriptional regulator, SARP family  27.17 
 
 
885 aa  105  4e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00504446  hitchhiker  3.84659e-05 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4789  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.1 
 
 
1623 aa  104  8e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.702991  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2471  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  25.41 
 
 
1481 aa  102  3e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.420848  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1793  transcriptional regulator, XRE family  27.22 
 
 
901 aa  103  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.03808  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4625  WD-40 repeat-containing protein  26.26 
 
 
1510 aa  102  3e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3823  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.33 
 
 
1617 aa  102  4e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0782446 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6182  serine/threonine protein kinase  26.69 
 
 
1314 aa  99  4e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0261102 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2184  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  24.55 
 
 
1240 aa  98.2  8e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.653337  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3123  hypothetical protein  25.38 
 
 
1392 aa  96.7  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4184  hypothetical protein  26.67 
 
 
1657 aa  95.9  3e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0532898  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2751  WD-40 repeat-containing protein  26.95 
 
 
1355 aa  95.1  6e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.865283 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2424  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  23.46 
 
 
986 aa  94.4  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.918325  normal  0.204979 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3869  WD-40 repeat-containing protein  23.67 
 
 
1553 aa  94.4  1e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113625  normal  0.0582417 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1432  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.89 
 
 
1609 aa  93.6  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2232  serine/threonine protein kinase  26.34 
 
 
1085 aa  93.6  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.235062  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  42.86 
 
 
412 aa  93.2  3e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0794  tetratricopeptide TPR_4  23.56 
 
 
539 aa  91.7  7e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.674308  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0039  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  24.13 
 
 
1686 aa  91.7  8e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0781722  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3798  WD40 repeat, subgroup  26.84 
 
 
1301 aa  90.5  1e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0276  WD-40 repeat-containing protein  26.15 
 
 
994 aa  88.2  7e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.741402 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0561  WD-40 repeat protein  26.61 
 
 
1344 aa  87.8  1e-15  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0971599  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1024  hypothetical protein  22.8 
 
 
1026 aa  87  2e-15  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  3.41432e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2525  serine/threonine protein kinase  28.44 
 
 
947 aa  84  1e-14  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0438712  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3079  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  22.05 
 
 
1760 aa  83.6  2e-14  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.606691  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7125  WD-40 repeat-containing protein  25.8 
 
 
1401 aa  82.8  3e-14  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3295  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.3 
 
 
1398 aa  82.8  3e-14  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3078  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  23.06 
 
 
1711 aa  83.2  3e-14  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.771707  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  26.51 
 
 
928 aa  81.6  8e-14  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6600  transcriptional activator domain-containing protein  26.18 
 
 
1733 aa  80.5  1e-13  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  41 
 
 
711 aa  80.5  2e-13  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6781  WD-40 repeat-containing protein  22.96 
 
 
1230 aa  79  5e-13  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.57679  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3023  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.07 
 
 
1267 aa  78.2  8e-13  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.164436 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  36.24 
 
 
961 aa  75.9  4e-12  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  39.6 
 
 
691 aa  74.7  9e-12  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2638  hypothetical protein  22.04 
 
 
681 aa  74.7  1e-11  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.55896  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3825  serine/threonine protein kinase  24.44 
 
 
1014 aa  74.3  1e-11  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.445982  normal  0.0369399 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  35.58 
 
 
512 aa  73.9  1e-11  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.62 
 
 
512 aa  72.8  3e-11  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  34.62 
 
 
512 aa  72.8  3e-11  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  34.62 
 
 
512 aa  72.8  3e-11  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.62 
 
 
512 aa  72.8  3e-11  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  1.57695e-06  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  34.62 
 
 
512 aa  72.8  3e-11  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  39.78 
 
 
693 aa  72.8  3e-11  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.62 
 
 
512 aa  72.8  3e-11  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  34.62 
 
 
512 aa  72.8  3e-11  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0928  serine/threonine protein kinase  24.03 
 
 
1005 aa  72.4  4e-11  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2552  transcriptional regulator, CadC  35 
 
 
413 aa  72.4  5e-11  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2507  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  35 
 
 
413 aa  72.4  5e-11  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.54038  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2544  transcriptional regulator, CadC  35 
 
 
413 aa  72.4  5e-11  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2824  serine/threonine protein kinase  24.31 
 
 
1020 aa  71.6  8e-11  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.533566  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  34.55 
 
 
762 aa  70.9  1e-10  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  8.09247e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2391  transcriptional regulator  26.22 
 
 
954 aa  70.1  2e-10  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.814373 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  30.3 
 
 
678 aa  70.1  2e-10  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  35.92 
 
 
382 aa  70.1  2e-10  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>