157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_2628 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_2723  porin Gram-negative type  82.63 
 
 
403 aa  707    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000866519  hitchhiker  0.00000818773 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2468  porin  97.01 
 
 
402 aa  772    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000293387  hitchhiker  0.000118178 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2536  porin  96.77 
 
 
402 aa  770    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000566311  unclonable  0.0000300208 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3603  porin  76.37 
 
 
402 aa  659    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000908733  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2628  porin  100 
 
 
402 aa  817    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000106502  hitchhiker  0.00000892589 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1251  outer membrane porin, putative  77.61 
 
 
402 aa  664    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000429036  hitchhiker  0.000137517 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1631  porin  82.88 
 
 
403 aa  709    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000133613  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1515  porin  87.81 
 
 
402 aa  734    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000337456  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1620  porin  83.37 
 
 
403 aa  710    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000207941  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1654  porin  83.13 
 
 
403 aa  708    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000730706  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3084  porin  74.01 
 
 
402 aa  624  1e-177  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000611786  decreased coverage  0.00000268212 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1821  outer membrane porin, putative  78.61 
 
 
398 aa  620  1e-176  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2557  porin  72.03 
 
 
402 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.40328  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2481  porin  69.78 
 
 
403 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000211873  hitchhiker  0.0000558993 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2654  porin  61.8 
 
 
403 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.157647  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1568  porin  57.73 
 
 
403 aa  463  1e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000403403  hitchhiker  0.00000152354 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0680  porin  54.95 
 
 
388 aa  443  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.424836  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2229  porin  48.26 
 
 
382 aa  360  2e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.218103  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4173  porin  37.62 
 
 
384 aa  253  3e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4086  porin  37.62 
 
 
384 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3977  porin Gram-negative type  37.62 
 
 
384 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4055  porin  37.62 
 
 
384 aa  253  6e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3681  porin  36.17 
 
 
384 aa  251  1e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0276  porin  36.41 
 
 
384 aa  251  2e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3873  porin  36.41 
 
 
384 aa  251  2e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0642035 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3669  porin  36.17 
 
 
384 aa  249  8e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0312  outer membrane porin, putative  35.37 
 
 
384 aa  246  6e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1487  porin  36.36 
 
 
389 aa  242  7e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.911374 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2434  porin  36.6 
 
 
389 aa  240  4e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.775403  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3060  outer membrane porin, putative  35.41 
 
 
389 aa  238  1e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2283  porin  34.95 
 
 
385 aa  232  9e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3366  porin  34.78 
 
 
385 aa  230  4e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3336  outer membrane porin, putative  36.46 
 
 
384 aa  216  7e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04813  hypothetical protein  28.22 
 
 
365 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0666  porin  35.43 
 
 
324 aa  92.4  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00111405  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0427  putative outer membrane pore protein  28.05 
 
 
340 aa  92.4  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001437  non-specific porin  25.72 
 
 
352 aa  89  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.524484  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06284  hypothetical protein  27.95 
 
 
352 aa  82.4  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2761  outer membrane porin protein C  25.3 
 
 
371 aa  78.6  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000019147  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1444  outer membrane porin protein C  25.3 
 
 
371 aa  78.6  0.0000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000996913  normal  0.640308 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2839  outer membrane porin protein C  25.3 
 
 
371 aa  78.6  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3264  outer membrane porin protein C  25.47 
 
 
370 aa  74.7  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00668257  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1641  outer membrane protein N  24.11 
 
 
383 aa  68.6  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.150346  normal  0.976453 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2354  outer membrane porin protein C  23.6 
 
 
368 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00268594  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2493  outer membrane porin protein C  24.42 
 
 
378 aa  68.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3353  outer membrane porin protein C  23.74 
 
 
367 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.128498  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0724  outer membrane porin protein C  23.24 
 
 
376 aa  67.8  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.140015  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2197  outer membrane protein  25 
 
 
357 aa  66.6  0.0000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000111535  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2403  outer membrane porin protein C  24.42 
 
 
378 aa  66.6  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00624536  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2610  outer membrane porin protein C  24.19 
 
 
378 aa  65.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.440954 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2507  outer membrane porin protein C  24.19 
 
 
378 aa  65.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0209108 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2451  outer membrane porin protein C  24.19 
 
 
378 aa  65.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0487875 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06741  hypothetical protein  25 
 
 
330 aa  66.2  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1124  outer membrane protein N  24.36 
 
 
403 aa  65.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0181987  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0824  outer membrane porin protein LC  24.82 
 
 
360 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.166078  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2649  porin  26.78 
 
 
360 aa  65.5  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000040387  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1435  outer membrane porin protein C  22.76 
 
 
376 aa  65.5  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.974185  normal  0.210914 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1458  porin  24.3 
 
 
365 aa  64.3  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1679  porin  24.76 
 
 
357 aa  64.3  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.512961  normal  0.118098 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1097  outer membrane protein F  24.46 
 
 
363 aa  63.2  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.918744 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1968  porin  24.46 
 
 
378 aa  63.2  0.000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1006  outer membrane protein F  24.46 
 
 
363 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00715949  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1032  outer membrane protein F  24.46 
 
 
363 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.847393  normal  0.0115184 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1114  outer membrane protein F  24.46 
 
 
363 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0339552  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1064  outer membrane protein F  24.46 
 
 
363 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000219898 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2514  outer membrane porin protein C  23.5 
 
 
363 aa  62  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000192905  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1221  porin family protein  22.99 
 
 
387 aa  61.2  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.263748  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1979  outer membrane protein F  26.07 
 
 
360 aa  60.8  0.00000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000261923  normal  0.629044 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2155  outer membrane protein F  23.6 
 
 
400 aa  60.5  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.977291  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1582  outer membrane protein N  24.34 
 
 
383 aa  60.5  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.640646  normal  0.720278 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2559  outer membrane protein F  26.67 
 
 
360 aa  60.1  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000037634  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2191  outer membrane protein F  25.18 
 
 
357 aa  60.1  0.00000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.145959  normal  0.466733 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2115  outer membrane protein N  24.38 
 
 
360 aa  59.7  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.829511  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2514  outer membrane protein N  24.38 
 
 
360 aa  59.7  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.127891 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2224  porin  24.38 
 
 
360 aa  59.7  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0575083  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  33.33 
 
 
380 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1322  outer membrane protein C2  21.23 
 
 
371 aa  58.5  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2857  porin  21.46 
 
 
371 aa  58.5  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.454817  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1701  outer membrane protein N  23.15 
 
 
388 aa  58.9  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.265921  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1443  porin Gram-negative type  22.62 
 
 
367 aa  58.2  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00990421  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1090  outer membrane protein F  24.41 
 
 
362 aa  58.2  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000211589  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2778  outer membrane protein N  21.23 
 
 
371 aa  58.2  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.704962  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1870  outer membrane protein N  24.11 
 
 
383 aa  57.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.098119  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2795  outer membrane porin protein C  23.35 
 
 
372 aa  57.4  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00922509  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1776  outer membrane protein N  24.3 
 
 
372 aa  57  0.0000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.728933  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00933  outer membrane porin 1a (Ia;b;F)  23.93 
 
 
362 aa  56.6  0.0000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000151629  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2714  porin Gram-negative type  23.93 
 
 
362 aa  56.6  0.0000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000119637  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00940  hypothetical protein  23.93 
 
 
362 aa  56.6  0.0000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000170376  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2389  outer membrane protein F  23.93 
 
 
362 aa  56.6  0.0000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00716646  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000832  outer membrane protein C precursor  30.26 
 
 
331 aa  56.6  0.0000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0331596  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1029  outer membrane protein F  23.93 
 
 
362 aa  56.6  0.0000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00117634  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2159  outer membrane protein N  23.24 
 
 
398 aa  56.2  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.142593 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2212  outer membrane protein N  23.24 
 
 
398 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.466216  normal  0.580794 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2839  porin  22.49 
 
 
360 aa  54.7  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00468418 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0295  outer membrane phosphoporin protein E  23.87 
 
 
351 aa  54.7  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00372368 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0238  outer membrane phosphoporin protein E  24.11 
 
 
351 aa  54.7  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1037  outer membrane protein F  24.18 
 
 
362 aa  54.3  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000488881  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2667  outer membrane protein F  24.18 
 
 
362 aa  54.3  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000513703  normal  0.141925 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2083  gram-negative porin family protein  22.99 
 
 
366 aa  53.9  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0273  outer membrane phosphoporin protein E  23.63 
 
 
351 aa  53.9  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.664027  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>