76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_2358 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_2358  hypothetical protein  100 
 
 		 78 aa  158  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000081812  decreased coverage  0.0000157362 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2853  putative transcriptional regulator, XRE family  48.65 
 
 		 86 aa  73.6  0.0000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0418  transcriptional regulator, XRE family  48.05 
 
 		 77 aa  72  0.000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000007588  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1322  hypothetical protein  44.74 
 
 		 84 aa  68.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000117292  normal  0.0168857 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2024  hypothetical protein  40.54 
 
 		 74 aa  62  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.217828  decreased coverage  0.000000018107 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2136  putative transcriptional regulator, XRE family  40.54 
 
 		 74 aa  60.1  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0605144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3198  hypothetical protein  38.36 
 
 		 73 aa  57  0.00000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000508147  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3040  DNA-binding protein  37.29 
 
 		 71 aa  53.9  0.0000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.119109  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2804  XRE family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 75 aa  52.8  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.425929  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3005  DNA-binding protein  37.29 
 
 		 71 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1539  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 71 aa  53.1  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0419417 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2209  transcription regulator, Cro/CI family -related protein  38.6 
 
 		 72 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1037  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 74 aa  52  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3550  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 77 aa  52  0.000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0251  transcriptional regulator, XRE family  35.06 
 
 		 72 aa  51.2  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120803  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2236  DNA-binding protein  35.59 
 
 		 71 aa  51.6  0.000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.972034  hitchhiker  0.0000000327322 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3038  DNA-binding protein  39.62 
 
 		 71 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00121923  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3003  DNA-binding protein  39.62 
 
 		 71 aa  51.2  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0902628  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2721  Cro/CI family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 71 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2740  Cro/CI family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 71 aa  51.2  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.29378  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3001  DNA-binding protein  39.62 
 
 		 71 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000935469 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2791  DNA-binding protein  39.62 
 
 		 71 aa  51.2  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0381729  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4238  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 69 aa  51.2  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0218  transcription regulator, Cro/CI family -related protein  35.59 
 
 		 76 aa  50.8  0.000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2194  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 72 aa  50.4  0.000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.135264  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3131  transcriptional regulator, XRE family  37.74 
 
 		 67 aa  50.1  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2262  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 68 aa  49.7  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.914675  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11560  predicted transcriptional regulator  35.71 
 
 		 70 aa  49.3  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0630  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 69 aa  48.1  0.00004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.054738  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1982  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 74 aa  47.4  0.00006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.995083  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0918  DNA-binding protein  32.2 
 
 		 72 aa  47  0.00008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1216  putative HTH-type transcriptional regulator  33.93 
 
 		 75 aa  47  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893532  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8816  transcriptional regulator, XRE family  31.67 
 
 		 79 aa  45.4  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0809895  normal  0.786244 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2806  transcriptional regulator, XRE family  30.36 
 
 		 81 aa  46.2  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0168  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 76 aa  45.4  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4120  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 80 aa  45.8  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.424691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0975  putative transcriptional regulator, XRE family  36.49 
 
 		 68 aa  45.4  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2650  transcriptional regulator, XRE family  33.93 
 
 		 82 aa  45.4  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.213866  normal  0.098962 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5760  transcriptional regulator, XRE family  31.58 
 
 		 71 aa  45.4  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.205139  normal  0.223767 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0490  hypothetical protein  35.85 
 
 		 78 aa  45.4  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0466  hypothetical protein  35.85 
 
 		 78 aa  45.4  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1800  Cro/CI family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 75 aa  45.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1666  aspartate/glutamate/uridylate kinase-like protein  34.62 
 
 		 67 aa  45.4  0.0003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.962131  hitchhiker  0.00000000000435388 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5711  transcriptional regulator, XRE family  31.67 
 
 		 75 aa  45.1  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2899  helix-turn-helix domain-containing protein  38.24 
 
 		 68 aa  45.4  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3957  transcriptional regulator, XRE family  32.76 
 
 		 94 aa  45.4  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.010777  normal  0.26793 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0033  transcriptional regulator, XRE family  30.65 
 
 		 86 aa  45.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.656945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2665  transcriptional regulator, XRE family  32.79 
 
 		 74 aa  44.7  0.0004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0100  transcriptional regulator, XRE family  32.14 
 
 		 70 aa  44.3  0.0006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2988  transcriptional regulator, XRE family  31.48 
 
 		 74 aa  43.9  0.0007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.962229 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71330  putative transcriptional regulator  31.58 
 
 		 68 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2733  transcriptional regulator, XRE family  29.82 
 
 		 70 aa  43.9  0.0007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6190  putative transcriptional regulator  31.58 
 
 		 68 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.876157  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4237  putative transcriptional regulator, XRE family  31.75 
 
 		 84 aa  43.9  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0543061 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3478  transcriptional regulator, XRE family  29.03 
 
 		 76 aa  43.9  0.0008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0540861  normal  0.173042 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3116  transcription regulator, Cro/CI family -related protein  35.19 
 
 		 57 aa  43.5  0.0009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.819469  hitchhiker  0.000000540333 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0937  transcriptional regulator, XRE family  31.88 
 
 		 74 aa  43.5  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.792674  normal  0.0631359 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3262  transcriptional regulator, XRE family  30.43 
 
 		 70 aa  43.5  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.941421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2963  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 122 aa  43.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.364459  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5017  XRE family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 77 aa  42.7  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2316  Cro/CI family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 69 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.723017  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1981  XRE family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 68 aa  42.7  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.287792  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0924  XRE family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 77 aa  42.4  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.385099  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3008  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 76 aa  42.7  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2123  hypothetical protein  28.57 
 
 		 69 aa  42.4  0.002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3417  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 77 aa  42  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1951  XRE family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 82 aa  41.6  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0335085 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0373  Cro/CI family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 71 aa  42  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.000000000821993  normal  0.249392 
 
 
 
NC_008532  STER_1695  transcriptional regulator  29.82 
 
 		 70 aa  41.2  0.004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0597679  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05360  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  34.69 
 
 		 68 aa  41.6  0.004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0484  XRE family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 77 aa  41.2  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2160  hypothetical protein  35.19 
 
 		 89 aa  40.8  0.006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.419766  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0086  hypothetical protein  29.73 
 
 		 111 aa  40.8  0.007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.417163  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4286  Cro/CI family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 73 aa  40.8  0.007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3592  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 68 aa  40.4  0.008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3598  helix-turn-helix type 3  27.87 
 
 		 77 aa  40.4  0.009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>