134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_1148 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_3407  hypothetical protein  88.39 
 
 
559 aa  1025    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  98.93 
 
 
560 aa  1152    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.366711  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1218  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  98.93 
 
 
560 aa  1152    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1148  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  100 
 
 
560 aa  1163    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1236  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  80.35 
 
 
575 aa  944    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3077  PepSY-associated TM helix domain protein  80.35 
 
 
565 aa  947    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000516012 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  74.07 
 
 
554 aa  868    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3308  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  59.93 
 
 
541 aa  654    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000521327 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  80.53 
 
 
575 aa  944    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1344  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  58.45 
 
 
556 aa  649    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.194528  normal  0.921283 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  56.93 
 
 
547 aa  641    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1313  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  80.88 
 
 
575 aa  950    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.753678  normal  0.331666 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1239  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  53.85 
 
 
570 aa  594  1e-168  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0137948  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2356  PepSY-associated TM helix  48.34 
 
 
574 aa  543  1e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.59419  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3410  hypothetical protein  51.15 
 
 
519 aa  487  1e-136  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.755341  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0109  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  44.76 
 
 
534 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4431  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  45.14 
 
 
534 aa  443  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.828268  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1106  PepSY-associated TM helix  43.6 
 
 
542 aa  432  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.374743 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4291  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  44.91 
 
 
529 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1324  hypothetical protein  42.34 
 
 
545 aa  395  1e-109  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0524866 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1211  hypothetical protein  37.96 
 
 
521 aa  361  2e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.03 
 
 
575 aa  356  5e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  34.74 
 
 
543 aa  355  1e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  38.92 
 
 
538 aa  350  3e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.18 
 
 
530 aa  350  4e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.51 
 
 
530 aa  346  5e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  41.16 
 
 
539 aa  343  5e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  37.13 
 
 
529 aa  342  1e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.03 
 
 
526 aa  332  1e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.21 
 
 
525 aa  329  7e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  36.69 
 
 
539 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.04 
 
 
525 aa  316  6e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  37.35 
 
 
641 aa  313  5.999999999999999e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  36.79 
 
 
540 aa  310  4e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2125  PepSY-associated TM helix domain protein  36.71 
 
 
536 aa  310  5.9999999999999995e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.911845  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3600  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.09 
 
 
551 aa  301  3e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.270401 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  34.98 
 
 
542 aa  299  1e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25320  membrane protein  35.57 
 
 
524 aa  295  1e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1370  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.11 
 
 
562 aa  290  7e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0583943  normal  0.13833 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2342  putative iron-regulated membrane protein  35.14 
 
 
550 aa  284  3.0000000000000004e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.08 
 
 
506 aa  279  1e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.5 
 
 
506 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.62 
 
 
507 aa  270  4e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950175  normal  0.135174 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  33.02 
 
 
506 aa  261  2e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  33.11 
 
 
506 aa  254  3e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  34.36 
 
 
627 aa  251  3e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2589  PepSY-associated TM helix domain protein  34.5 
 
 
476 aa  248  2e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0949  PepSY-associated TM helix domain protein  35.41 
 
 
560 aa  241  2e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36970  PepSY-associated TM helix domain protein  31.68 
 
 
553 aa  230  5e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.138246  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3801  PepSY-associated membrane protein  29.56 
 
 
529 aa  216  7e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1031  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.8 
 
 
560 aa  214  2.9999999999999995e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  29.41 
 
 
571 aa  202  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.442593  normal  0.404376 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3721  PepSY-associated TM helix  28.65 
 
 
519 aa  191  2.9999999999999997e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3075  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.76 
 
 
557 aa  174  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.267998  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4163  PepSY-associated TM helix domain protein  26.7 
 
 
559 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4369  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.36 
 
 
559 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4235  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.19 
 
 
559 aa  160  7e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  24.43 
 
 
543 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.18 
 
 
525 aa  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.81 
 
 
533 aa  137  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02200  hypothetical protein  25.19 
 
 
540 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0618  PepSY-associated TM helix  23.97 
 
 
547 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2808  PepSY-associated TM helix domain protein  25.9 
 
 
519 aa  113  1.0000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2169  PepSY-associated TM helix domain protein  23.97 
 
 
534 aa  108  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.461921  hitchhiker  0.00144666 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.55 
 
 
529 aa  108  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.43081  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3482  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.78 
 
 
525 aa  108  3e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.700235  hitchhiker  0.00378927 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1252  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.26 
 
 
518 aa  104  4e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0495  PepSY-associated TM helix domain protein  22.6 
 
 
546 aa  102  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0449132  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2315  PepSY-associated TM helix  22.59 
 
 
555 aa  90.5  7e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.650173  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  25.33 
 
 
496 aa  89  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3563  hypothetical protein  23.76 
 
 
527 aa  89  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908991  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3578  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.51 
 
 
539 aa  86.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.52 
 
 
374 aa  86.3  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0449  hypothetical protein  21.43 
 
 
539 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.76 
 
 
539 aa  84.7  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0447  response regulator receiver protein  20.96 
 
 
539 aa  83.6  0.000000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.08 
 
 
540 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.03 
 
 
387 aa  82.8  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3376  PepSY-associated TM helix  23.77 
 
 
503 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.200366  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5296  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.43 
 
 
503 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.108916 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4991  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.77 
 
 
503 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.506943  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  25.32 
 
 
497 aa  70.5  0.00000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  24.44 
 
 
502 aa  68.9  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.28 
 
 
501 aa  69.3  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  21.71 
 
 
403 aa  67.8  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0679  hypothetical protein  23.44 
 
 
503 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.317091  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33600  hypothetical protein  21.43 
 
 
403 aa  64.7  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000203719  normal  0.0451253 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2134  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.34 
 
 
389 aa  64.7  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.674924  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2341  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.06 
 
 
389 aa  63.5  0.000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000753672  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3065  PepSY-associated TM helix  23.14 
 
 
366 aa  62.4  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.5229  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2122  PepSY-associated TM helix domain protein  21.8 
 
 
389 aa  60.8  0.00000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000205192  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2196  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.39 
 
 
389 aa  60.5  0.00000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00896823  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2076  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.65 
 
 
389 aa  60.1  0.00000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.741541 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1899  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  21.65 
 
 
389 aa  60.1  0.00000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315417  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  25.45 
 
 
410 aa  59.7  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1842  peptidase  21.35 
 
 
389 aa  59.3  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000009983  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3797  hypothetical protein  21.18 
 
 
397 aa  58.5  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.134487  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  23.9 
 
 
399 aa  58.9  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  21.71 
 
 
398 aa  58.5  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1972  peptidase  22.27 
 
 
397 aa  58.9  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0508979 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>