More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_1124 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_3432  RNA polymerase sigma-38 factor  99.69 
 
 
326 aa  653    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2749  RpoD family RNA polymerase sigma factor  96.93 
 
 
326 aa  639    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1123  RNA polymerase, sigma 28 subunit  100 
 
 
326 aa  654    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1194  RNA polymerase, sigma 28 subunit  100 
 
 
326 aa  654    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1124  RNA polymerase, sigma 38 subunit, RpoS  100 
 
 
326 aa  654    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3271  RpoD family RNA polymerase sigma factor  95.4 
 
 
326 aa  631  1e-180  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.589431  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1245  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  95.4 
 
 
326 aa  631  1e-180  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.411027  unclonable  0.00000000000310525 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3128  RpoD family RNA polymerase sigma factor  95.4 
 
 
326 aa  631  1e-180  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3119  RpoD family RNA polymerase sigma factor  95.09 
 
 
326 aa  628  1e-179  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1204  RNA polymerase sigma factor RpoS  87.77 
 
 
327 aa  578  1e-164  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000153411  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1044  RNA polymerase sigma-38 factor  88.47 
 
 
327 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.908196 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1060  RNA polymerase, sigma 28 subunit  85.63 
 
 
323 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1193  RpoD family RNA polymerase sigma factor  86.2 
 
 
322 aa  558  1e-158  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1298  RpoD family RNA polymerase sigma factor  87.12 
 
 
323 aa  559  1e-158  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.915931  hitchhiker  0.00000000172563 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1213  RpoD family RNA polymerase sigma factor  84.97 
 
 
324 aa  553  1e-156  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3342  RpoD family RNA polymerase sigma factor  85.23 
 
 
322 aa  552  1e-156  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.101192  unclonable  0.0000000171583 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03727  sigma S (sigma 38) factor of RNA polymerase, major sigma factor during stationary phase  81.49 
 
 
330 aa  477  1e-134  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3864  RNA polymerase, sigma 28 subunit  72.42 
 
 
327 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.404406  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0958  RNA polymerase sigma factor RpoS  74.52 
 
 
332 aa  462  1e-129  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0832  RNA polymerase sigma factor RpoS  76.82 
 
 
332 aa  463  1e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0423608 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3293  RNA polymerase sigma factor RpoS  74.52 
 
 
332 aa  461  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3425  RNA polymerase sigma factor RpoS  74.52 
 
 
332 aa  461  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.43603  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02591  RNA polymerase sigma factor  79.79 
 
 
330 aa  457  9.999999999999999e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0947  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  79.79 
 
 
330 aa  458  9.999999999999999e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.10987  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3129  RNA polymerase sigma factor RpoS  79.79 
 
 
330 aa  457  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.109042 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3074  RNA polymerase sigma factor RpoS  79.79 
 
 
330 aa  457  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.232347  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1079  RNA polymerase sigma factor RpoS  78.72 
 
 
296 aa  460  9.999999999999999e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3233  RNA polymerase sigma factor RpoS  79.79 
 
 
330 aa  457  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.718161  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2866  RNA polymerase sigma factor RpoS  79.79 
 
 
330 aa  457  9.999999999999999e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3113  RNA polymerase sigma factor RpoS  79.79 
 
 
330 aa  457  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.321984  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3348  RNA polymerase sigma factor RpoS  75.49 
 
 
330 aa  458  9.999999999999999e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0152271  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoS  79.79 
 
 
330 aa  457  9.999999999999999e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.841481  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3505  RNA polymerase sigma factor RpoS  75.49 
 
 
330 aa  457  9.999999999999999e-129  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2879  RNA polymerase sigma factor RpoS  79.79 
 
 
330 aa  457  9.999999999999999e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02556  hypothetical protein  79.79 
 
 
330 aa  457  9.999999999999999e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3042  RNA polymerase sigma factor RpoS  79.79 
 
 
330 aa  457  9.999999999999999e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3992  RNA polymerase sigma factor RpoS  79.79 
 
 
330 aa  457  9.999999999999999e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3212  RNA polymerase sigma factor RpoS  79.79 
 
 
330 aa  459  9.999999999999999e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.487557  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0841  RNA polymerase sigma factor RpoS  79.08 
 
 
330 aa  454  1e-127  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.195933  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0872  RNA polymerase sigma factor RpoS  73.1 
 
 
330 aa  457  1e-127  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03517  hypothetical protein  76.79 
 
 
328 aa  448  1e-125  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002516  RNA polymerase sigma factor RpoS  76.79 
 
 
328 aa  448  1e-125  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0062  RNA polymerase sigma factor RpoS  67.78 
 
 
335 aa  442  1e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2506  RNA polymerase sigma subunit RpoS (sigma-38)  76.53 
 
 
321 aa  435  1e-121  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0677  RNA polymerase sigma-38 factor RpoS  75.09 
 
 
322 aa  434  1e-121  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.632708  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1253  RNA polymerase sigma factor RpoS  75.8 
 
 
333 aa  434  1e-120  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0395454  normal  0.0329408 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1308  RpoD family RNA polymerase sigma factor  67.39 
 
 
338 aa  415  9.999999999999999e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1623  RNA polymerase sigma factor RpoS  72.22 
 
 
335 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.406084  normal  0.159546 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1517  RNA polymerase sigma factor RpoS  72.38 
 
 
344 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4154  RNA polymerase sigma factor RpoS  72.22 
 
 
335 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.07893 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1177  RNA polymerase sigma factor RpoS  72.22 
 
 
335 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.440638 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17480  RNA polymerase sigma factor RpoS  72.38 
 
 
334 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4052  RNA polymerase sigma factor RpoS  72.47 
 
 
335 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.320425  hitchhiker  0.00000000847368 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1565  RNA polymerase sigma-38 factor  71.48 
 
 
335 aa  410  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.651604  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1374  RNA polymerase sigma factor RpoS  72.13 
 
 
335 aa  409  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.247864  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1132  RNA polymerase sigma factor RpoS  71.88 
 
 
335 aa  409  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38680  RNA polymerase sigma factor RpoS  69.44 
 
 
334 aa  410  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3020  RNA polymerase sigma factor RpoS  73.57 
 
 
335 aa  410  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000209414 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0930  RpoD family RNA polymerase sigma factor  71.94 
 
 
332 aa  402  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2631  sigma 28 (flagella/sporulation)  64.97 
 
 
325 aa  397  1e-109  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1436  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  71.01 
 
 
344 aa  397  1e-109  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.121871  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1825  RNA polymerase, sigma 28 subunit  67.38 
 
 
342 aa  388  1e-107  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1247  RNA polymerase sigma factor RpoS  67.03 
 
 
341 aa  377  1e-103  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1247  RNA polymerase sigma factor RpoS  67.03 
 
 
341 aa  377  1e-103  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1427  RpoD family RNA polymerase sigma factor  65.69 
 
 
336 aa  361  7.0000000000000005e-99  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.818946  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0183  RpoS  62.18 
 
 
321 aa  349  4e-95  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.122564  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3048  RNA polymerase sigma factor RpoS  76.79 
 
 
269 aa  345  4e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1284  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  57.86 
 
 
359 aa  336  2.9999999999999997e-91  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.920769  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1861  RNA polymerase sigma factor RpoS  58.52 
 
 
352 aa  333  2e-90  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0331  RNA polymerase sigma factor  58.52 
 
 
352 aa  333  2e-90  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0630  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  57.97 
 
 
317 aa  315  9.999999999999999e-85  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0470  RNA polymerase sigma-38 factor  57.97 
 
 
317 aa  315  9.999999999999999e-85  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1944  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  55.07 
 
 
343 aa  311  1e-83  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000945772  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0838  RNA polymerase sigma factor RpoS  52.78 
 
 
316 aa  301  1e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal  0.419056 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0498  RNA polymerase sigma factor RpoS  52.75 
 
 
317 aa  297  2e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.509946  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2521  RNA polymerase sigma factor RpoS  53.85 
 
 
309 aa  288  1e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00206126  normal  0.016684 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1207  RNA polymerase sigma factor RpoS  53.09 
 
 
377 aa  281  1e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1143  RNA polymerase sigma factor RpoS  53.09 
 
 
378 aa  280  2e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.420164 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1051  RNA polymerase sigma factor RpoS  53.09 
 
 
378 aa  280  3e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.230848  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2115  RNA polymerase sigma factor RpoS  53.09 
 
 
386 aa  278  6e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.213085  normal  0.555888 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2095  RNA polymerase sigma factor RpoS  52.73 
 
 
391 aa  277  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6259  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.25 
 
 
362 aa  275  6e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.295107  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1844  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.25 
 
 
362 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.104174 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1820  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.25 
 
 
362 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.735784  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1354  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.25 
 
 
359 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.19929  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2365  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.25 
 
 
359 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.335018  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5121  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.25 
 
 
362 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0496977  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2226  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.25 
 
 
363 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1731  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.25 
 
 
361 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.194795  normal  0.148712 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0053  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.25 
 
 
359 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0962717  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2198  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.25 
 
 
359 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.524707  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1453  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.25 
 
 
361 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.122572  normal  0.421204 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1758  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.25 
 
 
361 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6562  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1116  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.25 
 
 
359 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2236  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.25 
 
 
359 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1844  RNA polymerase sigma factor RpoS  51.25 
 
 
359 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.809  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1430  DNA-directed RNA polymerase, sigma 70/sigma 32 subunit  49.06 
 
 
347 aa  262  4.999999999999999e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000837712  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1702  RpoS  51.72 
 
 
303 aa  261  1e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0629652  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2617  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.86 
 
 
336 aa  259  6e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000623193  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1421  sigma 28 (flagella/sporulation)  46.86 
 
 
326 aa  257  2e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000137657  normal  0.258497 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>