119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_0980 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_0980  3'-5' exonuclease  100 
 
 
303 aa  614  1e-175  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1014  3'-5' exonuclease  94.06 
 
 
303 aa  578  1e-164  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0976  3'-5' exonuclease  92.74 
 
 
299 aa  568  1e-161  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0707907 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1153  exonuclease, putative  79.85 
 
 
261 aa  424  1e-118  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2929  3'-5' exonuclease  62.26 
 
 
298 aa  368  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00209751  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3291  3'-5' exonuclease  53.87 
 
 
315 aa  312  3.9999999999999997e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000349721  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3387  3'-5' exonuclease  53.56 
 
 
315 aa  299  5e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.395277  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3512  3'-5' exonuclease  52.63 
 
 
315 aa  298  8e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.643646  normal  0.0140367 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1066  3'-5' exonuclease  53.05 
 
 
320 aa  294  1e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0869717  normal  0.0179577 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3433  3'-5' exonuclease  39.73 
 
 
292 aa  190  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.271229  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2737  3'-5' exonuclease  38.61 
 
 
198 aa  93.6  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2621  3'-5' exonuclease  35.62 
 
 
198 aa  87.4  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1397  3'-5' exonuclease  37.42 
 
 
195 aa  88.2  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.937954  normal  0.609265 
 
 
-
 
NC_002950  PG0365  3'-5' exonuclease domain-containing protein  36.08 
 
 
188 aa  87.4  3e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.628059 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1912  3'-5' exonuclease  41.32 
 
 
202 aa  86.7  4e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.254298  normal  0.272354 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0883  3'-5' exonuclease  40.91 
 
 
201 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0280341 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2827  3'-5' exonuclease  39.61 
 
 
198 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0393048  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2388  3'-5' exonuclease  36.75 
 
 
201 aa  83.2  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000109184  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0888  3'-5' exonuclease  35.12 
 
 
238 aa  82.8  0.000000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.329161  normal  0.376556 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1964  3'-5' exonuclease  37.04 
 
 
214 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2470  3'-5' exonuclease  36.62 
 
 
217 aa  74.7  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.774502  normal  0.494629 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1697  3'-5' exonuclease  32.05 
 
 
203 aa  73.9  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4830  3'-5' exonuclease  36.13 
 
 
294 aa  69.3  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0991293  normal 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46734  predicted protein  32.32 
 
 
894 aa  65.1  0.000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  31.85 
 
 
392 aa  63.2  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  29.71 
 
 
393 aa  61.2  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3861  ribonuclease D (RNase D)  30.13 
 
 
384 aa  60.5  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623671  normal  0.66998 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3138  ribonuclease D  29.94 
 
 
382 aa  58.9  0.00000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.340789 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_27893  predicted protein  31.58 
 
 
389 aa  58.5  0.0000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.70309 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  29.49 
 
 
382 aa  57.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  27.86 
 
 
385 aa  57.4  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  31.06 
 
 
385 aa  57.4  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  27.86 
 
 
385 aa  56.2  0.0000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  29.65 
 
 
386 aa  55.8  0.0000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3922  ribonuclease D  32.9 
 
 
377 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  28.85 
 
 
392 aa  55.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  28.74 
 
 
399 aa  55.5  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_93442  predicted protein  29.59 
 
 
389 aa  55.5  0.000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0733722 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  30.32 
 
 
392 aa  55.5  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  26.32 
 
 
383 aa  55.5  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  30.77 
 
 
381 aa  55.5  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  32.33 
 
 
392 aa  55.5  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  29.03 
 
 
381 aa  55.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1589  ribonuclease D  28.21 
 
 
382 aa  54.7  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  27.56 
 
 
384 aa  54.3  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2803  ribonuclease D  29.14 
 
 
400 aa  54.7  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1563  ribonuclease D  32.9 
 
 
377 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459041  hitchhiker  0.00529979 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  29.03 
 
 
381 aa  54.3  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  35.29 
 
 
377 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2762  ribonuclease D  34.76 
 
 
358 aa  53.5  0.000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.713242 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  27.98 
 
 
392 aa  53.5  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01138  ribonuclease D  29.44 
 
 
385 aa  53.1  0.000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000796428  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  31.49 
 
 
371 aa  52.8  0.000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000115292  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2112  ribonuclease D  30.86 
 
 
396 aa  52.4  0.000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3389  3'-5' exonuclease  29.09 
 
 
382 aa  52  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  28.66 
 
 
427 aa  52.4  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32970  ribonuclease D protein  36.13 
 
 
375 aa  52  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.789666  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  29.11 
 
 
394 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0221  3'-5' exonuclease  31.61 
 
 
377 aa  51.2  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2176  ribonuclease D  30.06 
 
 
384 aa  50.8  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000267525  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2253  ribonuclease D  30.06 
 
 
384 aa  51.2  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000377901  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1734  ribonuclease D  29.94 
 
 
370 aa  51.2  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  27.39 
 
 
384 aa  51.2  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4287  3'-5' exonuclease  30.3 
 
 
409 aa  51.6  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.276505  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0237  3'-5' exonuclease  31.61 
 
 
377 aa  51.2  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000118749  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2385  ribonuclease D  30.06 
 
 
388 aa  50.8  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000005746  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  28.32 
 
 
405 aa  50.8  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0042  ribonuclease D  26.34 
 
 
395 aa  50.1  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00728921  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0736  ribonuclease D  29.11 
 
 
381 aa  50.1  0.00005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0989413  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2187  ribonuclease D  31.28 
 
 
368 aa  50.1  0.00005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000120269  hitchhiker  0.0000305333 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3191  3'-5' exonuclease  26.63 
 
 
382 aa  50.1  0.00005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  32.82 
 
 
377 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1389  ribonuclease D  28.03 
 
 
388 aa  49.7  0.00006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2580  ribonuclease D  30.25 
 
 
367 aa  49.3  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  26.16 
 
 
379 aa  48.9  0.00009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0443  ribonuclease D, putative  26.01 
 
 
381 aa  48.5  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  25.82 
 
 
405 aa  48.5  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47460  ribonuclease D  31.13 
 
 
374 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  33.06 
 
 
377 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  30.97 
 
 
388 aa  47.8  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0323  RNase D  29.31 
 
 
375 aa  48.1  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.85777e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1252  ribonuclease D  27.78 
 
 
386 aa  47.8  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000481962 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  33.06 
 
 
377 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0869  ribonuclease D  28.57 
 
 
391 aa  47.4  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0942058  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1762  ribonuclease D  30.81 
 
 
367 aa  47.4  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000618336  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  28.48 
 
 
395 aa  47.8  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  28.3 
 
 
385 aa  47  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  27.22 
 
 
389 aa  47  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1887  putative ribonuclease D  30.33 
 
 
385 aa  47  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0137487  normal  0.150443 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  32.2 
 
 
396 aa  46.6  0.0005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1865  ribonuclease D  29.81 
 
 
369 aa  46.6  0.0005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000800647  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1892  ribonuclease D  29.81 
 
 
369 aa  46.6  0.0005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000212189  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1899  ribonuclease D  29.81 
 
 
369 aa  46.6  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000359973  normal  0.61142 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2427  ribonuclease D  29.81 
 
 
369 aa  46.6  0.0005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000162598  normal  0.100948 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  30.99 
 
 
386 aa  46.2  0.0006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1338  ribonuclease D  25.26 
 
 
386 aa  46.2  0.0006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30755  predicted protein  27.98 
 
 
497 aa  46.2  0.0006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.213052  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1501  DNA polymerase I  28.99 
 
 
1024 aa  46.6  0.0006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4097  ribonuclease D  30.46 
 
 
393 aa  46.2  0.0007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2522  ribonuclease D  29.17 
 
 
369 aa  46.2  0.0007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000280385  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>