More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_0284 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_0284  pseudouridine synthase Rlu family protein  100 
 
 
229 aa  473  1e-132  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.44017e-05  hitchhiker  3.09962e-08 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0283  pseudouridine synthase Rlu family protein  89.47 
 
 
228 aa  425  1e-118  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  1.23479e-09 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3738  pseudouridine synthase Rlu family protein  88.6 
 
 
228 aa  422  1e-117  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.605712  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0288  pseudouridine synthase Rlu family protein  83.77 
 
 
230 aa  390  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0399  pseudouridine synthase Rlu family protein  82.53 
 
 
229 aa  392  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0325553  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0296  pseudouridine synthase Rlu family protein  83.33 
 
 
230 aa  387  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0300  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  81.14 
 
 
230 aa  380  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0295  pseudouridine synthase Rlu family protein  82.02 
 
 
230 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.859464  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0099  pseudouridine synthase Rlu family protein  71.18 
 
 
224 aa  329  2e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000500513  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4390  pseudouridine synthase Rlu family protein  69.3 
 
 
224 aa  325  3e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  4.80203e-06 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4781  pseudouridine synthase Rlu family protein  67.98 
 
 
224 aa  323  1e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134814  unclonable  1.01532e-08 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0111  pseudouridine synthase RluA-like protein  68.83 
 
 
226 aa  320  1e-86  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0092  pseudouridine synthase Rlu family protein  64.78 
 
 
225 aa  320  2e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.752208  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4108  pseudouridine synthase Rlu family protein  69.91 
 
 
229 aa  317  1e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3536  pseudouridine synthase RluA-like protein  67.25 
 
 
224 aa  285  4e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1142  RNA psedouridine synthase  52.86 
 
 
228 aa  243  2e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1290  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  50.88 
 
 
237 aa  227  9e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.392817 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4080  pseudouridine synthase Rlu family protein  49.79 
 
 
230 aa  214  8e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1318  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.52 
 
 
242 aa  210  1e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1273  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.92 
 
 
235 aa  206  2e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003802  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  44.21 
 
 
230 aa  200  1e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02690  hypothetical protein  44.21 
 
 
230 aa  197  2e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3245  pseudouridine synthase  46.09 
 
 
232 aa  192  3e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1363  pseudouridine synthase Rlu family protein  47.11 
 
 
238 aa  188  7e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0824413  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  44.05 
 
 
238 aa  184  1e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02767  tRNA pseudouridine synthase A  49.75 
 
 
279 aa  183  2e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1914  copper-resistance protein CopA  46.38 
 
 
209 aa  175  5e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.290092  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1929  pseudouridine synthase Rlu family protein  43.78 
 
 
223 aa  174  1e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.975546 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_10480  predicted protein  45 
 
 
178 aa  160  2e-38  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00789821 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  36.08 
 
 
305 aa  106  3e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  40.71 
 
 
297 aa  95.5  7e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.02 
 
 
224 aa  95.1  8e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  41.89 
 
 
295 aa  93.6  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0023  putative ribosomal pseudouridine synthase  33.18 
 
 
300 aa  94  2e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.835317  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  39.71 
 
 
306 aa  93.2  3e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09301  putative pseudouridylate synthase  34.9 
 
 
207 aa  92.4  5e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.47365 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0347  pseudouridine synthase, RluA family  28.89 
 
 
303 aa  92.4  5e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.03 
 
 
300 aa  91.7  8e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  4.47138e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.55 
 
 
300 aa  91.7  9e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  2.04845e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  34.57 
 
 
297 aa  90.9  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  36.13 
 
 
548 aa  90.9  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.8 
 
 
307 aa  91.3  1e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.18 
 
 
308 aa  91.7  1e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  5.79613e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2148  pseudouridine synthase  33.16 
 
 
222 aa  91.3  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00375326  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.67 
 
 
308 aa  90.1  2e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.81 
 
 
543 aa  90.5  2e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  32.83 
 
 
314 aa  90.9  2e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  32.09 
 
 
304 aa  90.5  2e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  34.74 
 
 
560 aa  89.7  3e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.84 
 
 
221 aa  90.1  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  33.85 
 
 
297 aa  89.7  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.17 
 
 
212 aa  89.7  4e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  37.41 
 
 
307 aa  89.4  5e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  33.15 
 
 
246 aa  89.4  5e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.69 
 
 
321 aa  88.6  7e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.27015  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.26 
 
 
276 aa  88.6  7e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  29.65 
 
 
243 aa  88.6  7e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  32.65 
 
 
310 aa  88.6  7e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  37.35 
 
 
239 aa  88.2  8e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  32.8 
 
 
304 aa  88.6  8e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.22 
 
 
218 aa  88.6  8e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4400  pseudouridine synthase  31.31 
 
 
248 aa  87.4  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  32.28 
 
 
299 aa  87.8  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.19 
 
 
308 aa  88.2  1e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.85 
 
 
330 aa  87.8  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.66 
 
 
322 aa  87.4  2e-16  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  33.51 
 
 
302 aa  87  2e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.87 
 
 
316 aa  87  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0878  pseudouridine synthase  31.28 
 
 
277 aa  87  2e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  37.4 
 
 
224 aa  86.3  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48756  predicted protein  34.92 
 
 
383 aa  86.3  4e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0290752  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  32.95 
 
 
240 aa  85.9  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  34.08 
 
 
363 aa  85.5  6e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  32.08 
 
 
311 aa  85.5  6e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  32.02 
 
 
323 aa  85.1  7e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0584  RluA family pseudouridine synthase  30.57 
 
 
298 aa  85.5  7e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.460121  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
310 aa  85.5  7e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  30.05 
 
 
307 aa  85.5  7e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0574  RluA family pseudouridine synthase  32.63 
 
 
301 aa  85.1  8e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  1.15636e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  31.94 
 
 
325 aa  85.1  8e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  35.29 
 
 
249 aa  85.1  9e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.94 
 
 
333 aa  85.1  9e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0283  pseudouridine synthase, RluD  30.13 
 
 
343 aa  84.7  1e-15  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.131037 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.61 
 
 
308 aa  84.7  1e-15  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  32.8 
 
 
304 aa  84.3  1e-15  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  35.54 
 
 
239 aa  84  2e-15  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0175  RluA family pseudouridine synthase  31.18 
 
 
296 aa  84  2e-15  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.408906  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  36.59 
 
 
376 aa  83.6  2e-15  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1446  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  30.05 
 
 
307 aa  83.6  2e-15  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1453  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  33.33 
 
 
285 aa  84.3  2e-15  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3182  pseudouridine synthase  34.9 
 
 
551 aa  84  2e-15  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.186572  normal  0.110581 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.6 
 
 
330 aa  83.6  2e-15  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_006686  CND02470  conserved hypothetical protein  35.47 
 
 
520 aa  83.6  2e-15  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0281406  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2914  pseudouridine synthase  34.9 
 
 
551 aa  84.3  2e-15  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.05 
 
 
307 aa  84  2e-15  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2089  pseudouridylate synthase family protein, yabo  31.41 
 
 
298 aa  83.2  3e-15  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  32.84 
 
 
306 aa  83.6  3e-15  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1348  RluA family pseudouridine synthase  30 
 
 
303 aa  83.2  3e-15  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.628416  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2377  RluA family pseudouridine synthase  31.41 
 
 
298 aa  83.2  3e-15  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0047  pseudouridine synthase, RluD  36.03 
 
 
295 aa  83.2  3e-15  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.816819 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>