158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3868 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3868  ribonuclease P  100 
 
 
120 aa  246  1e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.77263e-09  unclonable  2.45558e-06 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0004  ribonuclease P  85.83 
 
 
120 aa  217  6e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  9.36038e-09  unclonable  6.97895e-11 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4065  ribonuclease P  85.59 
 
 
118 aa  216  9e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  1.40717e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4259  ribonuclease P  85.83 
 
 
120 aa  214  2e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  7.42435e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4004  ribonuclease P  86.44 
 
 
118 aa  213  6e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.19749e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3942  ribonuclease P  85.59 
 
 
118 aa  213  8e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.39461e-09  unclonable  2.08872e-11 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0008  ribonuclease P  85.59 
 
 
118 aa  213  8e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  4.50646e-09  unclonable  3.97397e-11 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4034  ribonuclease P  85.59 
 
 
118 aa  213  8e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  3.19179e-06  hitchhiker  0.000155322 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0006  ribonuclease P  86.44 
 
 
118 aa  213  8e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4931  ribonuclease P  87.07 
 
 
119 aa  210  5e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  5.9586e-09  unclonable  7.49508e-09 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4382  ribonuclease P  83.9 
 
 
118 aa  210  7e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  3.48711e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4327  ribonuclease P  83.9 
 
 
118 aa  210  7e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  7.94478e-11  unclonable  1.88803e-12 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4523  ribonuclease P  83.9 
 
 
118 aa  210  7e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  2.1378e-08  hitchhiker  0.000108776 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4381  ribonuclease P  83.9 
 
 
118 aa  210  7e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.90839e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3777  ribonuclease P  83.9 
 
 
118 aa  209  1e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  5.56747e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0011  ribonuclease P  74.58 
 
 
118 aa  191  4e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  6.76804e-10  hitchhiker  0.000546181 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4155  ribonuclease P  59.46 
 
 
119 aa  139  1e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.58759e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4266  ribonuclease P  55.26 
 
 
119 aa  137  6e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000515429  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4221  ribonuclease P  54.24 
 
 
119 aa  134  4e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03587  ribonuclease P  54.24 
 
 
119 aa  134  4e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.201936  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4071  ribonuclease P  54.24 
 
 
119 aa  134  4e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00679811  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3917  ribonuclease P  54.24 
 
 
119 aa  134  4e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.73614e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4214  ribonuclease P  54.24 
 
 
119 aa  134  4e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  3.96678e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03531  hypothetical protein  54.24 
 
 
119 aa  134  4e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.118507  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4037  ribonuclease P  53.51 
 
 
119 aa  134  6e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.438672  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4068  ribonuclease P  54.24 
 
 
119 aa  133  7e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  5.99062e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4232  ribonuclease P  54.24 
 
 
119 aa  133  7e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000722418  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4125  ribonuclease P  54.24 
 
 
119 aa  133  7e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00333224  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0030  ribonuclease P  54.39 
 
 
119 aa  133  7e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00687472  normal  0.199191 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4175  ribonuclease P  54.24 
 
 
119 aa  133  7e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.936833  normal  0.955569 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4053  ribonuclease P  54.24 
 
 
119 aa  133  7e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000316737  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5134  ribonuclease P  54.24 
 
 
119 aa  133  8e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00130238  normal  0.0222111 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3609  ribonuclease P protein component  50.85 
 
 
118 aa  132  1e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4248  ribonuclease P  57.69 
 
 
108 aa  130  8e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  1.57593e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4151  ribonuclease P protein component  54.21 
 
 
108 aa  125  2e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  7.47963e-08  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4262  ribonuclease P protein component  54.21 
 
 
108 aa  124  3e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.117782  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4291  ribonuclease P  53.27 
 
 
108 aa  124  5e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000762  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0135  ribonuclease P  52.83 
 
 
119 aa  122  2e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  1.66605e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5052  ribonuclease P protein component  46.03 
 
 
128 aa  118  2e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.107995  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0001  ribonuclease P  49.57 
 
 
134 aa  115  1e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4314  ribonuclease P protein component  51.35 
 
 
120 aa  116  1e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00101008  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0008  ribonuclease P  49.57 
 
 
134 aa  114  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  2.55186e-05 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5311  ribonuclease P  49.57 
 
 
134 aa  114  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0346243 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4622  ribonuclease P  50.43 
 
 
134 aa  114  6e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0004  ribonuclease P  48.28 
 
 
117 aa  112  2e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00123584  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52470  ribonuclease P  48.7 
 
 
130 aa  111  4e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00437  ribonuclease P  44.92 
 
 
118 aa  108  2e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2513  ribonuclease P  44.92 
 
 
118 aa  107  4e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  4.77039e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73420  ribonuclease P  48.7 
 
 
135 aa  106  8e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0472215  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5745  ribonuclease P  46.9 
 
 
133 aa  106  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00936025  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3317  ribonuclease P  43.48 
 
 
128 aa  106  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6370  ribonuclease P  47.83 
 
 
135 aa  105  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5614  ribonuclease P protein component  46.02 
 
 
133 aa  103  8e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5136  ribonuclease P  46.02 
 
 
133 aa  103  9e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3035  ribonuclease P protein component  40.52 
 
 
128 aa  103  1e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.216945  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0134  ribonuclease P protein component  41.28 
 
 
115 aa  101  4e-21  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0423414  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4486  ribonuclease P protein component  43.1 
 
 
132 aa  99.4  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  1.75876e-05  hitchhiker  1.29187e-09 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4016  ribonuclease P protein component  40.35 
 
 
135 aa  98.2  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0116419  normal  0.164418 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3320  ribonuclease P protein component  40.74 
 
 
120 aa  94.7  4e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002014  ribonuclease P protein component  42.06 
 
 
107 aa  94  6e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.92203e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2198  ribonuclease P protein component  42.2 
 
 
162 aa  89.7  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000952989  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2602  ribonuclease P protein component  40 
 
 
116 aa  85.9  2e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.201057  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3088  ribonuclease P protein  37.74 
 
 
119 aa  85.5  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3897  ribonuclease P protein component  37.61 
 
 
132 aa  84.7  4e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0590207  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1229  ribonuclease P protein component  44.76 
 
 
122 aa  81.3  4e-15  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0151351  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2413  ribonuclease P protein component  33.04 
 
 
123 aa  80.9  5e-15  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0343106  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3076  hypothetical protein  33.33 
 
 
114 aa  79.7  1e-14  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2932  hypothetical protein  33.33 
 
 
114 aa  79.7  1e-14  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2883  ribonuclease P protein component  38.53 
 
 
123 aa  75.5  3e-13  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0117467  normal  0.419637 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2760  ribonuclease P  36.07 
 
 
127 aa  72.4  2e-12  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000461705  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2146  ribonuclease P protein component  33.33 
 
 
123 aa  71.2  4e-12  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  1.64935e-11  unclonable  1.1472e-06 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2390  ribonuclease P protein component  30.09 
 
 
130 aa  69.3  2e-11  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  1.02633e-08  hitchhiker  7.53131e-08 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0001  ribonuclease P protein component  33.33 
 
 
123 aa  66.6  1e-10  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0001269  unclonable  4.73513e-05 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0203  ribonuclease P protein component  33.03 
 
 
122 aa  63.2  1e-09  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2120  ribonuclease P protein component  32.11 
 
 
121 aa  61.6  4e-09  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4203  ribonuclease P protein  37.07 
 
 
123 aa  61.2  5e-09  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0154701  decreased coverage  0.00202105 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3759  ribonuclease P protein component  34.58 
 
 
130 aa  60.5  8e-09  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0100  ribonuclease P protein component  31.62 
 
 
121 aa  59.7  1e-08  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3625  ribonuclease P protein component  30.28 
 
 
135 aa  58.9  2e-08  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.284043  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3644  ribonuclease P protein component  29.91 
 
 
123 aa  57.4  6e-08  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00220014  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2826  ribonuclease P protein component  50.94 
 
 
99 aa  57.4  7e-08  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1542  ribonuclease P protein component  37.4 
 
 
162 aa  57.4  7e-08  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.200332  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4516  ribonuclease P protein component  42.65 
 
 
116 aa  56.6  1e-07  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4508  ribonuclease P protein component  40 
 
 
170 aa  55.1  4e-07  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4360  ribonuclease P protein component  41.18 
 
 
116 aa  53.9  7e-07  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4497  ribonuclease P protein component  41.18 
 
 
116 aa  53.9  7e-07  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2333  ribonuclease P protein component  55.1 
 
 
120 aa  53.1  1e-06  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3217  ribonuclease P protein component  38.37 
 
 
153 aa  52.8  1e-06  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.626846  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2413  ribonuclease P  29.13 
 
 
116 aa  53.1  1e-06  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  2.05817e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2949  ribonuclease P protein component  33.01 
 
 
120 aa  52.4  2e-06  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  5.12551e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4044  ribonuclease P protein component  32.26 
 
 
152 aa  52.4  2e-06  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.534814 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0002  ribonuclease P  25.23 
 
 
115 aa  52.8  2e-06  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  6.762e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3183  ribonuclease P protein component  37.21 
 
 
153 aa  51.6  3e-06  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.204926 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3165  ribonuclease P protein component  37.21 
 
 
153 aa  51.6  3e-06  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.46639  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04102  ribonuclease P  41.18 
 
 
55 aa  52  3e-06  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  3.63404e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2551  ribonuclease P protein component  37.21 
 
 
153 aa  51.6  3e-06  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2778  ribonuclease P protein component  43.1 
 
 
86 aa  51.2  5e-06  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.07678  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6522  ribonuclease P protein  36.05 
 
 
153 aa  51.2  5e-06  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2399  ribonuclease P protein component  32.77 
 
 
118 aa  50.8  6e-06  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.71543  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1738  ribonuclease P protein component  32.1 
 
 
116 aa  50.4  9e-06  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  2.04064e-05  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>